dilluns, 28 de setembre de 2009

Manifiesto sobre la Financiación de la Ciencia en España

Aquests dies els mitjans de comunicació es fan un tip de parlar sobre els pressupostos de l'any vinent que han de ser aprovats al congrés durant el mes d'octubre. Es destaquen principalment dues coses: les crítiques de quasi tots els partits polítics per la pujada dels impostos i la mala gestió de la crisis econòmica. Ningú no fa esment però d'un altre fet molt rellevant per al futur de la Ciència en aquest país, i és que les primeres dades sobre la inversió del govern en I+D per l'any vinent es parlava de que es reduiria més d'un 30%. Això venien a ser uns 580 mil·lions d'euros, el preu d'uns sis 'ronaldos'. Veieu l'article "¿Hundir la ciencia por el precio de seis 'ronaldos'?" Al final sembla que la retallada no serà tan gran, però continua sent una molt mala notícia pel futur científic d'aquest país. Ja s'han sentit algunes reaccions a través d'alguna carta als diaris, blogs i també a través de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular que ha elaborat un breu manifest. Aquest blog s'afegeix a aquest manifest, feu-lo córrer.



Oviedo, 24 de Septiembre de 2009

El presidente y los ex presidentes de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular, con ocasión del 32 Congreso Nacional de Bioquímica y Biología Molecular,

MANIFIESTAN:
  • Que deben mantenerse las dotaciones presupuestarias destinadas a la investigación científica básica y, en particular, al Plan Nacional y a los programas de investigación en red.

  • Que el Plan de Economía Sostenible del Gobierno no puede llevarse a efecto con éxito sin contar con una sólida base científica.

  • Que la inversión en I+D es esencial para consolidar, tanto en España, como en Europa, una economía basada en el conocimiento, según lo acordado en la cumbre europea de Lisboa del año 2000.


Firman:

Miguel Ángel de la Rosa Acosta
Federico Mayor Zaragoza
Margarita Salas Falgueras
Carlos Gancedo Rodríguez
Joan J. Guinovart Cirera
Jesús Ávila de Grado
Vicente Rubio Zamora

divendres, 25 de setembre de 2009

Ingredients per elaborar una bona cervesa

Quins són els ingredients per fer una bona cervesa? Bàsicament quatre: Malta, aigua, llúpol i llevat. De fet en certs països com Alemanya, per llei la cervesa només pot estar formada per aquests quatre ingredients. Anem per parts:
  • Malta: La malta no es res més que l'ordi (barley en anglès o cebada en castellà) germinat. El primer pas del procés d'elaboració de la cervesa, anomenat Maltatge o malting té com a objectiu transformar l'ordi, germinant-lo en malta. En aquest procés es sintetitzen els enzims (amilases, cel·lulases i proteases principalment del propi ordi, amb l'objectiu de que la llavor creixi per regenerar una nova planta) per a transformar el midó en glucosa i maltosa. En aquest procés cal controlar molt bé la Temperatura i humitat. Obtenir una bona cervesa depèn en bona part de la qualitat de l'ordi i malta obtinguts.

  • Aigua: No calen més observacions sobre aquest ingredient, oi? Un cop l'ordi ha germinat es molt i s'afegeix aigua. L'objectiu és degradar el midó en sucres fermentables (glucosa i maltosa principalment) és a dir fer una sacarificació. La producció de proteases i cel·lulases i el fet de moldre la malta ajudaran a que les amilases accedeixin més fàcilment al midó. Les proteases també ens serviran per treure la terbolesa i són importants en l'estabilitat i formació de l'escuma del producte final. Cal destacar que l'aigua participa directament en el mecanisme de reacció dels enzims de la classe de les hidrolases (amilases, cel·lulase i proteases entre altres).

  • Llúpol (lúpulo en castellà o hop en anglès): És un producte vegetal que es va introduir l'any 1133 per conservar millor el producte final. Això és pels seus efectes bactericides. Avui en dia no caldria afegir-ho per aquest motiu, però resulta que és l'ingredient que li dóna el característic gust amarg a la cervesa, així doncs el gust d'una cervesa sense llúpol ja no ens semblaria cervesa. S'afegeix en el procés de cocció del most o boiling. El temps i T de la cocció influiran en el producte final. La cervesa negra està més "torrada" que la rosa.

  • Llevat: Microorganisme encarregat de transformar la glucosa i altres sucres fermentables originats en la hidròlisis del midó de l'ordi en etanol i CO2. Aquest procés conegut com fermentació alcohòlica té lloc en condicions anaeròbiques (absència d'oxigen) i té lloc en els anomenats fermentadors. Bàsicament s'utilitzen dues espècies de llevat: Saccharomyces cerevisiae (el mateix llevat utilitzat en l'elaboració del vi, elaboració del pa, ....) i Saccharomyces carlsbergensis. El llevat no pot utilitzar el midó, doncs li manquen els enzims necessaris per la seva hidròlisi. Així doncs, les primeres etapes de l'elaboració de la cervesa es centren en obtenir a partir del midó, glucosa i altres sucres fermentables. Com a curiositat, el CO2 obtingut durant la fermentació es recull i s'afegeix més tard, en el procés anomenat carbonatació.


Tot i que la cervesa es pot elaborar sense l'adició de cap enzim extern això no vol dir que no intervinguin enzims en la seva elaboració. Els enzims es trobem en les matèries primeres (ordi, llevats que afegim per fer la fermentació) i s'hauran de controlar les condicions perquè actuïn correctament. En la producció industrial de cervesa, però, cada cop s'utilitzen més enzims "externs" que afegim entre altres coses per poder utilitzar altres matèries primeres, estalviar costos, millorar el procés d'elaboració i el que és més important, perquè el producte final tingui sempre les mateixes característiques. Els enzims "externs" que es poden afegir són amilases, amiloglucosidases, cel·lulases, beta-glucanases i proteases en les fases de la maceració i abans i després de la fermentació per tal de millorar la degradació del midó, reduir la terbolesa, augmentar els rendiments o facilitar els filtratges.

Hi pot haver però altres ingredients per elaborar cervesa? Només cal que ens fixem en les etiquetes d'algunes de les cerveses més populars. Per exemple:
  • Budweiser: Si ens fixem en els ingredients que figuren en l'etiqueta d'aquesta cervesa hi podrem llegir: "Brewed by our original all natural process using the Choicest Hops, Rice and Best Barley Malt", una cosa com Elaborada fent servir un procés original i natural fent servir Llúpols seleccionats, Arròs i la millor Malta d'ordi. Arròs? Sí. Una possibilitat en la elaboració de la cervesa és afegir juntament amb la Malta, altres tipus de cereal o arròs. Així es dóna a la cervesa un toc diferent. Segons la web de Budweiser: "We brew our lager using fresh, verdant rice -milled, polished, graded and immediately brewed -never stored- to give Budweiser its light, crisp and refreshing taste"

  • Fosters: Si ens fixem en els ingredients que figuren en l'etiqueta d'aquesta cervesa australiana hi trobarem: "Agua, Cebada Malteada, Jarabe de Glucosa, Lúpulo" Xarop de Glucosa? Sí, normalment obtingut també a partir de la hidròlisis enzimàtica del midó de l'ordi. L'objectiu de les primeres etapes de l'elaboració de la cervesa és l'obtenció de sucres fermentables a partir del midó, per què no afegir directament glucosa per a que els llevats la transformin en etanol? M'imagino que així s'estalvien ordi i bona part de les etapes del seu processat. El gust d'aquesta cervesa és molt menys intens que les altres. De totes maneres la cervesa no és només etanol i CO2. Fixeu-vos que en cap cas es substitueix tot l'ordi per xarop de glucosa i és que en l'ordi també hi trobem altres substàncies que trobem en el producte final.

  • Una altra possibilitat és afegir ordi o altres cereals sense germinar després del maltatge. Així podem augmentar la producció perquè part de l'ordi no cal que germini o podem obtenir cerveses amb característiques finals diferents. Si es fa això és important afegir els enzims (amilases, proteases, cel·lulases) per fer la maceració correctament. En últim extrem es podria partir directament de l'ordi sense germinar si afegim els enzims necessaris per degradar el midó. Recentment l'empresa Novozymes acaba de comercialitzar un enzim o còctel d'enzims per fer precisament això: cervesa a partir d'ordi sense germinar, i ja hi ha una empresa que comercialitzarà aquesta cervesa. Ja veurem quina és la seva qualitat.


En relació al procés d'elaboració de la cervesa, fa un temps us vaig parlar de les cerveses light, per tant no cal afegir res més sobre aquest tema.

Finalment us deixo el vídeo del programa Quèquicom va dedicar a la cervesa:

dilluns, 21 de setembre de 2009

Structural Biology Rankings

Els científics tenen la mania de fer rànquings, organitzar competicions i premis científics. I és que els científics són molt competitius. Un dels darrers rànquings que he trobat és l'anomenat Structural Biology Rankings (rànquing sobre Biologia Estructural). Aquest rànquing pretén destacar les estructures de proteïnes (així com els investigadors que les han obtingut) que han tingut més repercussió científica, mesurada segons el nombre de cops que una estructura ha estat descarregada d'Internet (en concret del repositori Worldwide Protein Data Bank) i el nombre de cites dels articles que les descriuen. Com tot rànquing, els criteris utilitzats per fer-lo són subjectius i si es canviessin, el rànquing seria totalment diferent.

Jo potser faria un esment especial a la primera estructura d'una proteïna que es va obtenir: la de l'hemoglobina, determinada al 1959 per Max Perutz, per la que guanyaria el premi Nobel de Química al 1962. I és que obtenir l'estructura d'una proteïna (és a dir, determinar la posició tridimensional exacte de tots els àtoms que la formen) no es senzill. Primer de tot cal purificar-la i després cristal·litzar-la. Un cop s'han obtingut els cristalls (feina no gaire fàcil, ja que no totes les proteïnes cristal·litzen amb facilitat) el mètode més emprat per determinar la seva estructura és utilitzar la informació del resultat de la difracció de raigs X a través dels cristalls de la proteïna per deduir la posició exacte de tots els àtoms.



Aquí us deixo el Rànquing de les 10 primeres estructures:
MoleculeRelease dateCitationsDownloadsFinal score
POTASSIUM CHANNEL (KCSA) FROM STREPTOMYCES LIVIDANS
1998-07-291118392496880
CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN
2000-08-04642394414387
COMPLEX BETWEEN NUCLEOSOME CORE PARTICLE (H3,H4,H2A,H2B) AND 146 BP LONG DNA FRAGMENT
1998-09-301009220543516
CRYSTAL STRUCTURE OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI AT 2.4 ANGSTROM RESOLUTION
2000-08-14645208952339
High resolution crystal structure of human B2-adrenergic G protein-coupled receptor
2007-10-30111525282222
Crystal structure of calcium ATPase with two bound calcium ions
2004-05-04449175681781
HIV-1 GP120 CORE COMPLEXED WITH CD4 AND A NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY
1998-07-08619174701691
GREEN FLUORESCENT PROTEIN FROM AEQUOREA VICTORIA
1996-11-08280413281689
BOVINE MITOCHONDRIAL F1-ATPASE
1996-12-07685163541640
Mammalian Shaker Kv1.2 potassium channel- beta subunit complex
2005-07-12243229271425


I el rànquing per funcionalitat:

Top Functionality


  1. Photosystem II

  2. Thylakoid membrane

  3. Photosystem II reaction center

  4. Photosynthesis

  5. Positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway

  6. Estrogen response element binding

  7. Thylakoid

  8. Chromatin remodeling complex

  9. Estrogen receptor activity

  10. Estrogen receptor signaling pathway


dijous, 17 de setembre de 2009

Homenatge a Mary Travers

Mary Travers, del trio Peter, Paul and Mary ens ha deixat a l'edat de 72 anys, després d'una malaltia. Mary va formar juntament Peter Yarrow i Noel (Paul) Stookey, cap al 1962 el grup Peter, Paul and Mary. Grup que va perdurar fins els nostres dies, després de quasi 50 anys cantant i fent cantar. Peter, Paul and Mary va ser i és un dels referents més importants del que podem anomenar com Folk americà. Moltes de les seves cançons han estat i continuen sent cantades per generacions d'arreu del mon. També a Catalunya, doncs moltes d'elles van ser traduïdes al català. A més, Peter, Paul and Mary van cantar i popularitzar cançons (500 miles, BLOWIN' IN THE WIND, DON'T THINK TWICE, IT'S ALL RIGHT, IF I HAD A HAMMER, IF I HAD MY WAY) d'altres autors com Bob Dylan o Rev. Gary Davis. El tercet que formaven Peter, Paul and Mary era d'una simplicitat meravellosa: dues guitarres tocant amb l'estil fingerpicking, lletres compromeses i tres veus que combinaven a la perfecció. Però és que no calia res més. No se m'acut altra manera de rendir homenatge a aquesta gran cantant que escoltant alguns dels seus grans temes. Jo us recomano Puff the Magic Dragon (Paf, el drag màgic).

Puff the Magic Dragon









diumenge, 6 de setembre de 2009

Personal Genomes (ii)

Fa temps que es diu que en uns anys serà possible la seqüenciació del genoma de tots aquells que s'ho puguin pagar. Per a que això sigui possible es parla del repte d'arribar a que la seqüenciació del genoma d'un individu costi uns 1000$. Les seqüencies dels nostres genomes de ben segur revolucionaran la medicina, des de la predicció de susceptibilitats a patir alguna malaltia, la prevenció i el seu tractament, l'efecte o efectes secundaris d'alguns fàrmacs, .... De moment estem encara lluny d'aquesta fita, però cada cop estem més a prop i ja disposem de la seqüència del genoma de diversos individus. Per anar fent boca, fa uns anys es va crear l'anomenat "Personal Genome Project" per tal de catalitzar els avenços necessaris per a fer-ho possible. Al 2006 es van reclutar 10 voluntaris (no anònims) dels quals es van prendre mostres de sang, saliva i pell per tal de seqüenciar el seus genomes. Les seqüències dels genomes d'aquests individus, juntament amb els historials mèdics i característiques físiques d'aquests individus han de servir com a banc de proves de la informació que es pot extreure, dificultats que poden sorgir, implicacions ètiques i morals, ...

Per divulgar més aquesta iniciativa i conèixer alguns dels participants i del procés seguit fins ara, la productora "Necessary Films" ha elaborat un documental força interessant. Aquí en podeu veure els tres primers Webisodes (Nota: Els primers minuts de cada episodi corresponen a una petita introducció sobre el projecte):

GENOME: The Future Is Now WEBISODE 1


WEBISODE 2



WEBISODE 3


P.D: La companyia Illumina acaba d'anunciar fa pocs dies que ofereix el servei de seqüenciació del genoma d'un individu, de moment per 48.000$