divendres, 9 abril de 2010

El Frau científic també arriba al PDB

El frau científic és una d'aquelles coses que fa molt de mal a la ciència i a la comunitat científica i que a vegades és difícil de detectar. Com a frau científic podem entendre diferents coses, com la invenció dels resultats, la falsificació o manipulació de les dades o el plagi. En l'article "Historia reciente del fraude en la investigación biomédica" d'en Xavier Bosch, publicat al número 156 de la revista de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular trobareu una descripció d'alguns dels casos més recents de frau en la investigació biomèdica en general. En aquest blog trobareu el que consideren com els 10 casos de frau més importants. Quins poden ser els motius per què alguns científics cometen fraus? Guanyar prestigi o reconeixement o el fet d'inventar-se resultats que beneficien a alguna empresa (inventar-se o exagerar els efectes beneficiosos d'un fàrmac, per exemple) podrien ser algunes de les causes. Per aquest motiu, molts dels articles científics tenen una secció anomenada "Conflic of interests" o "Competing interests" on els autors han d'esmentar per exemple si han rebut finançament d'una empresa per fer l'estudi que presenten.

Quan es demostra un cas de frau científic o hi ha dubtes sobre la veracitat d'uns resultats, la revista en la que es va publicar pot demanar als autors que es retractin de l'article o articles fraudulents o poden fer-ho ells mateixos. Aquests articles apareixen en les bases de dades sota la categoria de "Retracted Publication". Veieu alguns exemples:
  • En aquest cas els mateixos autors es retracten d'alguns dels seus resultats anteriors en dos revistes, per falta de reprodubilitat dels seus resultats (No tindria perquè tractar-se d'un frau, podria ser també un cas d'error).

  • En aquest altre cas és l'editorial de la revista que manifesta que un dels autors va manipular les imatges de l'article.

En el cas de les bases de dades que contenen informació biològica, el procés de retractació fins ara no ha estat gaire corrent, potser perquè no s'havia previst que podia donar-se algun cas. Els casos han començat a sortir, però la reacció d'algunes de les bases de dades no ha estat prou ràpida. Aquest és el cas de 11 estructures de proteïnes de la base de dades PDB. Tot i que a l'agost del 2009 en un comunicat de premsa la University of Alabama at Birmingham va manifestar els dubtes sobre els resultats d'una de les seves treballadores, que diferents mitjans van difondre la notícia i que la revista PNAS en una editorial posa en dubte dos dels seus articles, a dia d'avui (9 d'abril del 2010), 10 d'aquestes estructures encara estan a la base de dades del PDB, sense cap nota de que podrien ser estructures inventades. Sembla ser que la política per retirar una estructura d'aquesta base de dades és que es substitueixi per una estructura millor, o que es retiri per què l'article on es descriu hagi estat retractat per la revista a on es va publicar. En el cas que ens ocupa, només 1 dels articles ha estat retractat i només 1 de les estructures ha estat retirada. La retractació d'un article pot ser un procés llarg i crec que les bases de dades no poden esperar tant, si cal s'han de canviar les normes, no creieu?

dimecres, 7 abril de 2010

Nature Supplement on visualizing biological data

Diuen que una imatge val més que mil paraules. Aquest mes la revista Nature methods publica un suplement on-line sobre visualització de dades biològiques. Molt recomanable. Aquí teniu els links:

Foreword

Supplement on visualizing biological data pS1

Daniel Evanko
doi:10.1038/nmeth0310-S1



Commentary

Visualizing biological data—now and in the future ppS2 - S4

Seán I O'Donoghue, Anne-Claude Gavin, Nils Gehlenborg, David S Goodsell, Jean-Karim Hériché, Cydney B Nielsen, Chris North, Arthur J Olson, James B Procter, David W Shattuck, Thomas Walter & Bang Wong
doi:10.1038/nmeth.f.301



Reviews

Visualizing genomes: techniques and challenges ppS5 - S15

Cydney B Nielsen, Michael Cantor, Inna Dubchak, David Gordon & Ting Wang
doi:10.1038/nmeth.1422


Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution ppS16 - S25

James B Procter, Julie Thompson, Ivica Letunic, Chris Creevey, Fabrice Jossinet & Geoffrey J Barton
doi:10.1038/nmeth.1434

Visualization of image data from cells to organisms ppS26 - S41

Thomas Walter, David W Shattuck, Richard Baldock, Mark E Bastin, Anne E Carpenter, Suzanne Duce, Jan Ellenberg, Adam Fraser, Nicholas Hamilton, Steve Pieper, Mark A Ragan, Jurgen E Schneider, Pavel Tomancak & Jean-Karim Hériché
doi:10.1038/nmeth.1431

Visualization of macromolecular structures ppS42 - S55

Seán I O'Donoghue, David S Goodsell, Achilleas S Frangakis, Fabrice Jossinet, Roman A Laskowski, Michael Nilges, Helen R Saibil, Andrea Schafferhans, Rebecca C Wade, Eric Westhof & Arthur J Olson
doi:10.1038/nmeth.1427

Visualization of omics data for systems biology ppS56 - S68

Nils Gehlenborg, Seán I O'Donoghue, Nitin S Baliga, Alexander Goesmann, Matthew A Hibbs, Hiroaki Kitano, Oliver Kohlbacher, Heiko Neuweger, Reinhard Schneider, Dan Tenenbaum & Anne-Claude Gavin
doi:10.1038/nmeth.1436