Vallve's Blog

10è aniversari del genoma humà

2010-06-26T00:01:00.017+02:00

Avui és el desè aniversari de la conferència de premsa conjunta que el Sr Bill Clinton, el Sr. Tony Blair (per videoconferència des del Regne Unit), el Dr Craig Venter (com a representant de la companyia Celera Genomics) i el Dr Francis Collins (com a representant del consorci públic) van fer el 26 de Juny del 2000 per anunciar a tot el món que finalment s'havia seqüenciat el genoma humà. Es posava fi així, amb un empat tècnic, a la "guerra" oberta entre un consorci públic que feia anys que havia engegat el projecte de seqüenciació del genoma humà i una companyia privada, Celera Genomics, que al 1998 va anunciar que entrava en la cursa per a seqüenciar el genoma humà.

Després de 10 anys és un bon moment per fer balanç. Com no podia ser d'una altra manera, la notícia de la seqüenciació del genoma humà va tenir molta repercussió mediàtica. Alguns dels titulars de fa 10 anys van ser:

El fet de disposar de la seqüència del genoma humà no ha tingut tanta repercussió, especialment en el camp biomèdic, com es pensava. Possiblement perquè la realitat és més complexa del que pensem i encara no en sabem prou. Tot i això, ja es comença a utilitzar la informació dels genomes dels individus i sembla que dintre d'uns anys, seqüenciar-nos el genoma de cada un serà una possibilitat per a les persones que es vulguin/puguin gastar 1000$. Aquest és el preu que es pensa que s'hauria d'arribar per a que comencés la seqüenciació en massa del genoma humà. I sembla que no estem tant lluny d'arribar-hi. S'estima que avui en dia seqüenciar el genoma humà d'un individu costa al voltant dels 3000$, molt lluny dels 3000 mil·lions de $ que es creu que es va gastar el consorci públic fa 10 anys.

Com a curiositat en aquest desè aniversari us transcric el discurs de la conferència de premsa abans esmentada. També la podeu sentir en aquest enllaç.

THE WHITE HOUSE

Office of the Press Secretary
______________________________________________________________________________

For Immediate Release June 26, 2000

REMARKS BY THE PRESIDENT,
PRIME MINISTER TONY BLAIR OF ENGLAND (VIA SATELLITE),
DR. FRANCIS COLLINS, DIRECTOR OF THE NATIONAL
HUMAN GENOME RESEARCH INSTITUTE, AND
DR. CRAIG VENTER, PRESIDENT AND CHIEF SCIENTIFIC
OFFICER, CELERA GENOMICS CORPORATION,
ON THE COMPLETION OF THE FIRST SURVEY OF
THE ENTIRE HUMAN GENOME PROJECT

The East Room

10:19 A.M. EDT

THE PRESIDENT: Good morning. I want to, first of all, acknowledge Prime Minister Blair, who will join us by satellite in just a moment, from London. I want to welcome here the Ambassadors from the United Kingdom, Japan, Germany, France. And I'd also like to acknowledge the contributions not only that their scientists, but also scientists from China, made to the vast international consortium that is the Human Genome Project.

I thank Secretary Shalala, who could not be here today; and Secretary Richardson, who is here. Dr. Ruth Kirschstein, Dr. Ari Patrinos, scientists of the Department of Health and Human Services and the Department of Energy, who have played an important role in the Human Genome Project.

I want to say a special word of thanks to my Science Advisor, Dr. Neal Lane. And of course, to Dr. Francis Collins, the Director of the International Human Genome Project; and to the Celera President, Craig Venter. I thank Senator Harkin and Senator Sarbanes for being here, and the other distinguished guests.

Nearly two centuries ago, in this room, on this floor, Thomas Jefferson and a trusted aide spread out a magnificent map -- a map Jefferson had long prayed he would get to see in his lifetime. The aide was Meriwether Lewis and the map was the product of his courageous expedition across the American frontier, all the way to the Pacific. It was a map that defined the contours and forever expanded the frontiers of our continent and our imagination.

Today, the world is joining us here in the East Room to behold a map of even greater significance. We are here to celebrate the completion of the first survey of the entire human genome. Without a doubt, this is the most important, most wondrous map ever produced by humankind.

The moment we are here to witness was brought about through brilliant and painstaking work of scientists all over the world, including many men and women here today. It was not even 50 years ago that a young Englishman named Crick and a brash even younger American named Watson, first discovered the elegant structure of our genetic code. "Dr. Watson, the way you announced your discovery in the journal 'Nature,' was one of the great understatements of all time. This structure has novel features, which are of considerable biological interest." (Laughter.) Thank you, sir. (Applause.)

How far we have come since that day. In the intervening years, we have pooled the combined wisdom of biology, chemistry, physics, engineering, mathematics and computer science; tapped the great strengths and insights of the public and private sectors. More than 1,000 researchers across six nations have revealed nearly all 3 billion letters of our miraculous genetic code. I congratulate all of you on this stunning and humbling achievement.

Today's announcement represents more than just an epic-making triumph of science and reason. After all, when Galileo discovered he could use the tools of mathematics and mechanics to understand the motion of celestial bodies, he felt, in the words of one eminent researcher, "that he had learned the language in which God created the universe."

Today, we are learning the language in which God created life. We are gaining ever more awe for the complexity, the beauty, the wonder of God's most divine and sacred gift. With this profound new knowledge, humankind is on the verge of gaining immense, new power to heal. Genome science will have a real impact on all our lives -- and even more, on the lives of our children. It will revolutionize the diagnosis, prevention and treatment of most, if not all, human diseases.

In coming years, doctors increasingly will be able to cure diseases like Alzheimer's, Parkinson's, diabetes and cancer by attacking their genetic roots. Just to offer one example, patients with some forms of leukemia and breast cancer already are being treated in clinical trials with sophisticated new drugs that precisely target the faulty genes and cancer cells, with little or no risk to healthy cells. In fact, it is now conceivable that our children's children will know the term cancer only as a constellation of stars.

But today's historic achievement is only a starting point. There is much hard work yet to be done. That is why I'm so pleased to announce that from this moment forward, the robust and healthy competition that has led us to this day and that always is essential to the progress of science, will be coupled with enhanced public-private cooperation.

Public and private research teams are committed to publishing their genomic data simultaneously later this year, for the benefit of researchers in every corner of the globe. And after publication, both sets of teams will join together for an historic sequence analysis conference. Together, they will examine what scientific insights have been gleaned from both efforts, and how we can most judiciously proceed toward the next majestic horizons.

What are those next horizons? Well, first, we will complete a virtually error-free final draft of the human genome before the 50th anniversary of the discovery of the double helix, less than three years from now. Second, through sustained and vigorous support for public and private research, we must sort through this trove of genomic data to identify every human gene. We must discover the function of these genes and their protein products, and then we must rapidly convert that knowledge into treatments that can lengthen and enrich lives.

I want to emphasize that biotechnology companies are absolutely essential in this endeavor. For it is they who will bring to the market the life-enhancing applications of the information from the human genome. And for that reason, this administration is committed to helping them to make the kind of long-term investments that will change the face of medicine forever.

The third horizon that lies before us is one that science cannot approach alone. It is the horizon that represents the ethical, moral and spiritual dimension of the power we now possess. We must not shrink from exploring that far frontier of science. But as we consider how to use new discovery, we must also not retreat from our oldest and most cherished human values. We must ensure that new genome science and its benefits will be directed toward making life better for all citizens of the world, never just a privileged few.

As we unlock the secrets of the human genome, we must work simultaneously to ensure that new discoveries never pry open the doors of privacy. And we must guarantee that genetic information cannot be used to stigmatize or discriminate against any individual or group.

Increasing knowledge of the human genome must never change the basic belief on which our ethics, our government, our society are founded. All of us are created equal, entitled to equal treatment under the law. After all, I believe one of the great truths to emerge from this triumphant expedition inside the human genome is that in genetic terms, all human beings, regardless of race, are more than 99.9 percent the same.

What that means is that modern science has confirmed what we first learned from ancient fates. The most important fact of life on this Earth is our common humanity. My greatest wish on this day for the ages is that this incandescent truth will always guide our actions as we continue to march forth in this, the greatest age of discovery ever known.

Now, it is my great pleasure to turn to my friend, Prime Minister Tony Blair, who is joined in the State Dining Room at 10 Downing Street by Dr. Fred Sanger and other world-renowned scientists. With the generous support of the Wellcome Trust, British scientists have played an invaluable role in reaching this milestone.

On behalf of the American people, I would like to thank the Prime Minister, the scientists, and the British nation for the brilliant work you have brought to this international effort.

And, Mr. Prime Minister, I would like to salute not only your unwavering support for genome research, but also your visionary commitment to sparking ever-greater innovation across the full spectrum of science and technology.

And, on a personal note, I can't help but think that the year of your son's birth will always be remembered for the remarkable achievements we announce today. I think his life expectancy has just gone up by about 25 years. (Laughter.)

PRIME MINISTER BLAIR: Well, thank you very much, President Clinton; Bill. It's a great pleasure to join you, and I think of my little boy, Leo, growing up and learning and knowing things that his grandfather, after whom he was named, could not even have dreamt of. And when you contemplate that, it's almost not like different generations, but different eras of human existence. And there are enormous possibilities for him and his generation, but also some dangers, and our job is to try and develop the possibilities and thwart the dangers.

Thank you also, Ambassadors and distinguished guests, for being with us here in London on this momentous day. And as we have this link, can I not for the first time, thank President Clinton for his role in a different topic, the Northern Ireland peace process. He's been an absolutely unstinting friend to me and to the process of peace in Northern Ireland. And as we continue progress with another important step forward today, I want, if I can, Bill, to underline our gratitude for your enormous contribution to that process. Thank you. (Applause.)

I would also like to pay tribute to President Clinton's support for the Human Genome Project, and for the huge role the United States has played in it. As befits an undertaking that can benefit the whole of humankind, this project has also brought together the best of the global scientific community. Many of the giants of our generation have been involved. Nobel prize-winners, like Fred Sanger and Max Peruts, who are here with me today, thank you for all that you have done.

Scientists from Japan and Germany, France, China, and around the world have been involved, as well as the U.K. and the U.S. And this undertaking, therefore, has brought together the public, private and non-profit sectors in an unprecedented international partnership. In particular, I would like to single out the Wellcome Trust, without whose vision and foresight, Britain's 30-percent contribution to the overall result would not have been possible. And I would like, too, to mention the imaginative work of Celera and Dr. Craig Venter, who in the best spirit of scientific competition, has helped accelerate today's achievement.

For let us be in no doubt about what we are witnessing today -- a revolution in medical science whose implications far surpass even the discovery of antibiotics, the first great technological triumph of the 21st century. And every so often in the history of human endeavor there comes a breakthrough that takes humankind across a frontier and into a new era. And like President Clinton, I believe that today's announcement is such a breakthrough -- a breakthrough that opens the way for massive advances in the treatment of cancer and hereditary diseases, and that is only the beginning.

Ever since Francis Crick and Jim Watson and other great Anglo-American scientific partnership made their historic discovery in the middle of the last century, we've known that DNA was the code to life on Earth. And yet, I guess for Crick and Watson, the process of identifying the billions of units of DNA and piecing them together to form a working blueprint of the human race must have seemed almost a superhuman task, beyond the reach of their generation. And yet, today, it is all but complete.

Nothing better demonstrates the way technology and science are driving us, fast-forwarding us all into the future. But with the power of this discovery comes, of course, the responsibility to use it wisely. As with the greatest scientific achievements, the ethical and the moral questions raised by this astonishing breakthrough are profound. We, all of us, share a duty to ensure that the common property of the human genome is used freely for the common good of the whole human race; to ensure that the powerful information now at our disposal is used to transform medicine, not abused, to make man his own creator or invade individual privacy.

For most of us, today's developments are almost too awesome fully to comprehend. They underline the extraordinary scale of economic, technological, scientific change that sweeps across the modern world. I'm proud that Britain has played, with others, a pioneering role in that. But I believe it says something very important about the process of change. We cannot resist change, but our job, indeed our duty, is to make sense of change, to help people through it, to seize the massive opportunities for better health and a better quality of life; and then, with equal vigor, to minimize the threats such developments pose.

The scientists have presented us with that opportunity that now we, all of us, accept the responsibility to make these advances work for all our people in all our countries for the common good of all humankind.

So, Bill, I believe that this underlines the fact that we do, indeed, as we've often said together, live in a global community, and the importance now of working across national frontiers to safeguard our shared values and put this remarkable scientific achievement at the service of all humankind. (Applause.)

THE PRESIDENT: Tony, if I could, I would like to pick up on your last remark. I think everybody genuinely is concerned about the issues you raised, the privacy issues, and the whole general set of ethical, social and legal issues.

And it strikes me that our scientists -- the British and the American scientists, our French, German, Chinese counterparts who worked on this -- were working toward a single, clearly-defined goal in all those countries and in the other countries of the world that will have to live with both the benefits and the challenges of these discoveries.

There are different legal systems, different social mores, but I think that it would be a very good thing if the U.S, the U.K., and anybody else that wants to work with us, could have the same sort of joint endeavor we've had with the Human Genome, to deal with the implications of this; to deal with the legal, the social, the ethical implications. We may have differences from country to country, but I think that, if we work together, we'll give a higher sense of urgency to the project, and we'll get a better product.

And so I'm offering you another partnership. It's easy for me to do, because you'll have to do it, and I'll be gone. (Laughter.)

PRIME MINISTER BLAIR: Well, Bill, I entirely agree with that. And I think the fascinating possibilities of this scientific breakthrough is that it gives us a chance to do so much for our people, but it will raise really difficult ethical and moral and legal questions.

And the decision for us really as humanity is whether we are going to engage in the right cooperation across national frontiers so that we shape our destiny in a way that genuinely does benefit all our people, that makes the most of the possibilities, and faces up to the challenges and the dangers that it poses. And in a way, I think that the scientists that have been involved in this great undertaking have shown the spirit of cooperation that should now motivate the governments in taking this forward another step. They have given us this opportunity that we, all of us, are going to have a common responsibility in using it in the right way.

So as we now go to join our separate events on either side of the Atlantic, I think and believe that that spirit of cooperation, along with the scientific achievement, is something that we can all celebrate. And I'm, once again, proud to have taken part in this event with you, Bill. And all the very best to you and all your team for the work that you've done.

THE PRESIDENT: Thank you. (Applause.) Thank you very much, Tony.

Now, in a few moments, we'll hear from Celera President, Dr. Craig Venter, who shares in the glory of this day, and deservedly so because of his truly visionary pursuit of innovative strategies to sequence the human genome as rapidly as possible. And I thank you, Craig, for what you have done to make this day possible.

And now I'd like to invite Dr. Francis Collins to the lectern. I also want to congratulate him. From his development of some of the central methods for finding human disease genes, to his successful application of those methods, to the discovery of the cystic fibrosis gene in 1989, to his current leadership for the International Human Genome Project, he has combined the talents of rigorous science and a profound sensitivity to ethical, legal and social issues. He is a physician scientist of great faith, compassion, energy and integrity. And he has truly helped us, more than anyone else, to understand how the marvels of genome science will actually improve human health.

So Dr. Collins, please come up to the lectern. (Applause.)

DR. COLLINS: Mr. President, distinguished Ambassadors, ladies and gentlemen. It is truly a humble -- humbling and profound experience to be asked to speak here this morning. First of all, I would like to thank, most sincerely, President Clinton for his remarkable leadership in getting us to this point.

His strong and consistent voice for the importance of innovative science and its responsible uses to better the human condition has been an inspiration to all of us. He knows that genomics is one of the truly interdisciplinary fields of science requiring vigorous and creative involvement from physics, chemistry, engineering, computer science and biology.

I have also had the privilege to witness time and again the President's personal conviction that we must apply just as much energy and attention to solving the ethical, legal and social issues as we do to the bench research, and you saw that demonstrated again a few moments ago. His effective leadership in this area has moved us substantially closer to the time when no American need fear that information about their genome will be used against them.

Science is a voyage of exploration into the unknown. We are here today to celebrate a milestone along a truly unprecedented voyage, this one into ourselves. Alexander Pope wrote, "Know then thyself. Presume not God to scan. The proper study of mankind is man." What more powerful form of study of mankind could there be than to read our own instruction book?

I've been privileged over the last seven years to lead an international team of more than a thousand of some of the best and brightest scientists of our current generation, some of them here in this room, who have been truly dedicated to this goal. Today, we celebrate the revelation of the first draft of the human book of life.

Now, this milestone could only have come about with the happy combination of vision, determination, creative innovation and teamwork, and we stand on many shoulders here today. Beginning 15 years ago, leaders in the Department of Energy, the National Academy of Sciences and the National Institutes of Health, began to dream this dream.

At first, many thought it unrealistic and unattainable; yet, inspired by visionaries such as James Watson, who is here with us this morning, creative geniuses, such as Waterston, Sulston, Lander, Branscomb, Gibbs and many others here with us this morning, entered the fray. The vigorous involvement of talented colleagues in other countries, now including China, France, Germany, Japan and the United Kingdom, have made this project particularly gratifying to me. I would also like to recognize, publicly, the dedicated leadership of my friend and colleague, Ari Patrinos, of the Department of Energy, in moving this project forward so effectively here in the U.S.

Surely, the human genome is our shared inheritance, and it is fitting and proper that we are all working on it together. Now, thus far, every milestone set by the International Human Genome Project has been met -- on schedule or in some cases, ahead of schedule.

Today, we deliver, ahead of schedule again, the most visible and spectacular milestone of all. Most of the sequencing of the human genome by this international consortium has been done in just the last 15 months. During that time, this consortium has developed the capacity to sequence 1,000 letters of the DNA code per second, seven days a week, 24 hours a day. We have developed a map of overlapping fragments that includes 97 percent of the human genome, and we have sequenced 85 percent of this.

The sequence data is of higher quality than expected with half of it in finished or near-finished form. And all of this information has been placed in public databases every 24 hours, where any scientist with an Internet connection can use it to help unravel the mysteries of human biology. Already, more than a dozen genes, responsible for diseases from deafness to kidney disease to cancer, have been identified using this resource just in the last year.

So there is much to celebrate. But I have to tell you that this morning is also a bitter-sweet experience for me, personally. Less than 24 hours ago, I attended the funeral of my beloved sister-in-law, a wonderful marionette artist who brought magic and joy to thousands of children with her art. She died much too soon of breast cancer. The hope and promise of understanding all of the genes in the genome and applying this knowledge to the development of powerful new tools came just too late for her.

I think I speak for all of us in this room, and for the millions of others who have come to believe in the remarkable promise of biomedical research, that we must redouble our efforts to speed the application of these profound and fundamental observations about the human genome to the cure of disease. That most desirable of all outcomes will only come about with a continued powerful and dedicated partnership between basic science investigators and academia, and their colleagues in the biotechnology and pharmaceutical industries.

As the President has said, we still have much to do. Many tasks lie ahead if we are to learn how to speak the language of the genome fluently. Today is most certainly not the end of genomics, but perhaps it's the end of the beginning. Together we must develop the advances in medicine that are the real reason for doing this work. And with just as much vigor, we must provide the protections against potential misuses of genetic information. If there is anyone within the sound of my voice who has not seen that as a priority, I hope today's announcement is the necessary wake-up call.

It's a happy day for the world. It is humbling for me and awe-inspiring to realize that we have caught the first glimpse of our own instruction book, previously known only to God. What a profound responsibility it is to do this work. Historians will consider this a turning point. Researchers in a few years will have trouble imagining how we studied human biology without the genome sequence in front of us.

I particularly welcome the opportunity to celebrate this moment jointly with our scientific colleagues at Celera Genomics, and I wish to express my personal gratitude to Dr. Craig Venter for his openness in the cooperative planning process that led to this joint announcement. I congratulate him and his team on the work done at Celera, which uses an elegant and innovative strategy that is highly complementary to the approach taken by the public project. Much will be learned from a comparison of the two.

I'm happy that today, the only race we are talking about is the human race. (Applause.)

It is now my distinct pleasure to introduce to you Dr. J. Craig Venter, the President of Celera Genomics. Inspired by a life-changing experience as a medical corpsman in Vietnam, Craig charged into the field of human biology with remarkable energy and determination. Never satisfied with the status quo, always seeking new technology, inventing new approaches when the old ones wouldn't do, he has made profound contributions to the field of genomics.

His development of the expressed sequence tag, or EST, approach for sampling the expressed part of the genome, reduced to practice the notion of considering the human genome as a bounded, but ascertainable set of information. Just a few years later, he electrified the scientific community by publishing, with his colleague, Hamilton Smith, the complete sequence of a free-living organism, the bacterium hemophilus influenzae. And just three months ago, using the innovative whole genome shotgun approach he developed, and working with Gerry Rubin of the University of California at Berkeley, he and his colleagues published a sequence of the fruit fly, drosophila, another remarkable milestone in biology.

Articulate, provocative, and never complacent, he has ushered in a new way of thinking about biology. Now under his leadership, Celera Genomics has accomplished a remarkable goal, their own first assembly of the human genome sequence.

It is an honor and a pleasure the invite him to tell you about this landmark achievement. (Applause.)

DR. VENTER: I'm shorter than the previous two speakers. (Laughter.)

Mr. President, Mr. Prime Minister, members of the Cabinet, honorable members of Congress, ambassadors and distinguished guests. Today, June 26, in the year 2000, marks an historic point in the 100,000-year record of humanity. We're announcing today, for the first time our species can read the chemical letters of its genetic code.

At 12:30 p.m. today, at a joint press conference with the public genome effort, Celera Genomics will describe the first assembly of the human genetic code from the whole genome shotgun method. Starting only nine months ago, on September 8, 1999, 18 miles from the White House, a small team of scientists headed by myself, Hamilton Smith, Mark Adams, Gene Myers, and Granger Sutton, began sequencing the DNA of the human genome using a novel method pioneered by essentially the same team five years earlier at the Institute for Genomic Research.

The method used by Celera has determined the genetic code of five individuals. We have sequenced the genome of three females and two males, who have identified themselves has Hispanic, Asian, Caucasian, or African-American. We did this sampling not in an exclusionary way, but out of respect for the diversity that is America, and to help illustrate that the concept of race has no genetic or scientific basis.

In the five Celera genomes, there is no way to tell one ethnicity from another. Society and medicine treats us all as members of populations, where as individuals we are all unique, and population statistics do not apply.

I would like to acknowledge and congratulate Francis Collins and our colleagues in the public genome effort in the U.S., Europe and Asia, for their tremendous effort in generating a working draft of the human genome. I'd also like to personally thank Francis for his direct actions in working with me to foster cooperation in the genome community, and to shift our collective focus to this historic moment and its future impact on humanity. I would also like to thank the President for his commitment to public-private cooperation, and for making this day even more an historic event.

Obviously, our achievements would not have been possible without the efforts of the thousands of scientists around the world who have gone before us in the quest to better understand life at its most basic level. The beauty of science is that all-important discoveries are made by building on the discoveries of others. I continue to be inspired by the work of the pioneering men and women in the broad array of disciplines that had been brought together to enable this great accomplishment.

I would like to particularly acknowledge Charles DeLisi from the Department of Energy, and Jim Watson from Cold Spring Harbor, both here, for their vision in helping to initiate the Genome Project. The completion of the human genetic blueprint would not have possible without the continued investment of the U.S. Government and basic research. I applaud the President's efforts and the work of Congress during the last several years in producing the largest funding increases to fuel the engines of basic science.

At the same time, we could not overlook the investment of the private sector in research in America. There would be no announcement today if it were not for the more than $1 billion that P.E. Biosystems invested in Celera, and into the development of the automated DNA sequencer that both Celera and the public effort used to sequence the genome. In turn, some of the investment was driven by the public investment in science.

Thirty-three years ago, as a young man serving in the medical corps in Vietnam, I learned firsthand how tenuous our hold on life can be. That experience inspired my interest in learning how the trillions of cells in our bodies interact to create and sustain life. When I witnessed firsthand that some men live through devastating trauma to their bodies, while others died after giving up from seemingly small wounds, I realized that the human spirit was at least as important as our physiology.

We're clearly much, much more than the sum total of our genes, just as our society is greater than the sum total of each of us. Our physiology is based on complex and seemingly infinite interactions amongst all our genes and the environment, just as our civilization is based on the interactions amongst all of us.

One of the wonderful discoveries that my colleagues and I have made while decoding the DNA of over two dozen species, from viruses to bacteria to plants to insects, and now human beings, is that we're all connected to the commonality of the genetic code in evolution. When life is reduced to its very essence, we find that we have many genes in common with every species on Earth, and that we're not so different from one another.

You may be surprised to learn that your sequencers are greater than 90 percent identical to proteins in other animals. It's my belief that the basic knowledge that we're providing the world will have a profound impact on the human condition and the treatments for disease, and our view on our place in the biological continuum.

The genome sequence represents a new starting point for science and medicine, with potential impact on every disease. Taking the example, cancer, each day approximately 2,000 die in America from cancer. As a consequence of the genome efforts that you've heard described by Dr. Collins and myself this morning, and the research that will be catalyzed by this information, there's at least the potential to reduce the number of cancer deaths to zero during our lifetimes. The development of new therapeutics will require continued public investment in basic science, and the translations of discoveries into new medicine by the biotechs and pharmaceutical industry.

However, I am concerned, as many of you are, that there are some who will want to use this new knowledge as a basis of discrimination. A CNN-Time poll this morning reported that 46 percent of Americans polled believe that the impact of the Human Genome Project will be negative. We must work together toward higher science literacy and the wise use of our common heritage.

I know from personal discussions with the President over the past several years, and his comments here this morning, that genetic discrimination has been one of his major concerns about the impact of the genomic revolution. While those who will base social decisions on genetic reductionism will be ultimately defeated by science, new laws to protect us from genetic discrimination are critical in order to maximize the medical benefits from genome discoveries.

Some have said to me that sequencing the human genome will diminish humanity by taking the mystery out of life. Poets have argued that genome sequencing is an example of sterilizing reductionism that will rob them of their inspiration. Nothing could be further from the truth. The complexities and wonder of how the inanimate chemicals that are our genetic code give rise to the imponderables of the human spirit should keep poets and philosophers inspired for the millenniums.

Thank you. (Applause.)

THE PRESIDENT: Well, thank you both for those remarkable statements. I suppose, in closing, the most important thing I could do is to associate myself with Dr. Venter's last statement. When we get this all worked out and we're all living to be 150 -- (laughter) -- young people will still fall in love, old people will still fight about things that should have been resolved 50 years ago -- (laughter) -- we will all, on occasion, do stupid things, and we will all see the unbelievable capacity of humanity to be noble. This is a great day.

Thank you very much. (Applause.)

END 10:50 A.M. EDT

El Frau científic també arriba al PDB

2010-04-09T09:37:00.008+02:00

El frau científic és una d'aquelles coses que fa molt de mal a la ciència i a la comunitat científica i que a vegades és difícil de detectar. Com a frau científic podem entendre diferents coses, com la invenció dels resultats, la falsificació o manipulació de les dades o el plagi. En l'article "Historia reciente del fraude en la investigación biomédica" d'en Xavier Bosch, publicat al número 156 de la revista de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular trobareu una descripció d'alguns dels casos més recents de frau en la investigació biomèdica en general. En aquest blog trobareu el que consideren com els 10 casos de frau més importants. Quins poden ser els motius per què alguns científics cometen fraus? Guanyar prestigi o reconeixement o el fet d'inventar-se resultats que beneficien a alguna empresa (inventar-se o exagerar els efectes beneficiosos d'un fàrmac, per exemple) podrien ser algunes de les causes. Per aquest motiu, molts dels articles científics tenen una secció anomenada "Conflic of interests" o "Competing interests" on els autors han d'esmentar per exemple si han rebut finançament d'una empresa per fer l'estudi que presenten.

Quan es demostra un cas de frau científic o hi ha dubtes sobre la veracitat d'uns resultats, la revista en la que es va publicar pot demanar als autors que es retractin de l'article o articles fraudulents o poden fer-ho ells mateixos. Aquests articles apareixen en les bases de dades sota la categoria de "Retracted Publication". Veieu alguns exemples:

En aquest cas els mateixos autors es retracten d'alguns dels seus resultats anteriors en dos revistes, per falta de reprodubilitat dels seus resultats (No tindria perquè tractar-se d'un frau, podria ser també un cas d'error).

En aquest altre cas és l'editorial de la revista que manifesta que un dels autors va manipular les imatges de l'article.

En el cas de les bases de dades que contenen informació biològica, el procés de retractació fins ara no ha estat gaire corrent, potser perquè no s'havia previst que podia donar-se algun cas. Els casos han començat a sortir, però la reacció d'algunes de les bases de dades no ha estat prou ràpida. Aquest és el cas de 11 estructures de proteïnes de la base de dades PDB. Tot i que a l'agost del 2009 en un comunicat de premsa la University of Alabama at Birmingham va manifestar els dubtes sobre els resultats d'una de les seves treballadores, que diferents mitjans van difondre la notícia i que la revista PNAS en una editorial posa en dubte dos dels seus articles, a dia d'avui (9 d'abril del 2010), 10 d'aquestes estructures encara estan a la base de dades del PDB, sense cap nota de que podrien ser estructures inventades. Sembla ser que la política per retirar una estructura d'aquesta base de dades és que es substitueixi per una estructura millor, o que es retiri per què l'article on es descriu hagi estat retractat per la revista a on es va publicar. En el cas que ens ocupa, només 1 dels articles ha estat retractat i només 1 de les estructures ha estat retirada. La retractació d'un article pot ser un procés llarg i crec que les bases de dades no poden esperar tant, si cal s'han de canviar les normes, no creieu?

Nature Supplement on visualizing biological data

2010-04-07T20:39:00.005+02:00

Diuen que una imatge val més que mil paraules. Aquest mes la revista Nature methods publica un suplement on-line sobre visualització de dades biològiques. Molt recomanable. Aquí teniu els links:

Foreword

Supplement on visualizing biological data - pS1

Daniel Evanko

doi:10.1038/nmeth0310-S1

Full Text | PDF (188 KB)

Commentary

Visualizing biological data—now and in the future - ppS2 - S4

Seán I O'Donoghue, Anne-Claude Gavin, Nils Gehlenborg, David S Goodsell, Jean-Karim Hériché, Cydney B Nielsen, Chris North, Arthur J Olson, James B Procter, David W Shattuck, Thomas Walter & Bang Wong

doi:10.1038/nmeth.f.301

Abstract | Full Text | PDF (336 KB)

Reviews

Visualizing genomes: techniques and challenges - ppS5 - S15

Cydney B Nielsen, Michael Cantor, Inna Dubchak, David Gordon & Ting Wang

doi:10.1038/nmeth.1422

Abstract | Full Text | PDF (993 KB) | Supplementary information

Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution - ppS16 - S25

James B Procter, Julie Thompson, Ivica Letunic, Chris Creevey, Fabrice Jossinet & Geoffrey J Barton

doi:10.1038/nmeth.1434

Abstract | Full Text | PDF (867 KB) | Supplementary information

Visualization of image data from cells to organisms - ppS26 - S41

Thomas Walter, David W Shattuck, Richard Baldock, Mark E Bastin, Anne E Carpenter, Suzanne Duce, Jan Ellenberg, Adam Fraser, Nicholas Hamilton, Steve Pieper, Mark A Ragan, Jurgen E Schneider, Pavel Tomancak & Jean-Karim Hériché

doi:10.1038/nmeth.1431

Abstract | Full Text | PDF (1,682 KB)

Visualization of macromolecular structures - ppS42 - S55

Seán I O'Donoghue, David S Goodsell, Achilleas S Frangakis, Fabrice Jossinet, Roman A Laskowski, Michael Nilges, Helen R Saibil, Andrea Schafferhans, Rebecca C Wade, Eric Westhof & Arthur J Olson

doi:10.1038/nmeth.1427

Abstract | Full Text | PDF (2,317 KB) | Supplementary information

Visualization of omics data for systems biology - ppS56 - S68

Nils Gehlenborg, Seán I O'Donoghue, Nitin S Baliga, Alexander Goesmann, Matthew A Hibbs, Hiroaki Kitano, Oliver Kohlbacher, Heiko Neuweger, Reinhard Schneider, Dan Tenenbaum & Anne-Claude Gavin

doi:10.1038/nmeth.1436

Abstract | Full Text | PDF (1,469 KB) | Supplementary information

La historia de l'ós polar

2010-03-21T12:30:00.011+01:00

Aquests dies és notícia la recent seqüenciació del DNA mitocondrial d'un ós polar (Ursus maritimus). La notícia no tindria tanta repercussió si no fos pel fet que el DNA es va extreure d'una mandíbula parcialment fossilitzada trobada a Noruega al 2004 i d'una antiguitat de 110.000–130.000 anys.

Segons el comunicat de premsa de l'equip investigador, es tracta de la seqüència de DNA mitocondrial més antiga d'un mamífer que s'ha seqüenciat fins al moment. La seqüenciació del DNA mitocondrial es descriu en l'article publicat a la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) i posa de manifest que l'ós polar és una espècie relativament recent (va divergir fa uns 150.000 anys de l'actual ós bru) que es va adaptar molt ràpidament a l'entorn de l'àrtic. Es podrà adaptar aquesta espècie al canvi climàtic causat per la humanitat? Esperem que aquesta seqüència de DNA no passi a ser una seqüència d'una espècie extingida.

Com definirieu Ciència?

2010-03-04T15:39:00.005+01:00

Tot i que aquest vídeo el podeu trobar en altres blogs, el meu primer impuls ha estat penjar-lo també aquí. Es tracta d'un dels vídeos creats en la iniciativa anomenada "Symphony of Science".

[Michael Shermer]
Science is the best tool ever devised
For understanding how the world works

[Jacob Bronowski]
Science is a very human form of knowledge
We are always at the brink of the known

[Carl Sagan]
Science is a collaborative enterprise
Spanning the generations
We remember those who prepared the way
Seeing for them also

[Neil deGrasse Tyson]
If you're scientifically literate,
The world looks very different to you
And that understanding empowers you

Refrain:
[Richard Dawkins]
There's real poetry in the real world
Science is the poetry of reality

[Sagan]
We can do science
And with it, we can improve our lives

[Jill Tarter]
The story of humans is the story of ideas
That shine light into dark corners

[Lawrence Krauss]
Scientists love mysteries
They love not knowing
[Richard Feynman]
I don't feel frightened by not knowing things
I think it's much more interesting

[Brian Greene]
There's a larger universal reality
of which we are all a part

[Stephen Hawking]
The further we probe into the universe
The more remarkable are the discoveries we make

[Carolyn Porco]
The quest for the truth, in and of itself,
Is a story that's filled with insights

(Refrain)

[Greene]
From our lonely point in the cosmos
We have through the power of thought
Been able to peer back to a brief moment
After the beginning of the universe

[PZ Myers]
I think that science changes the way your mind works
To think a little more deeply about things

[Dawkins]
Science replaces private predjudice
With publicly verifiable evidence
(Refrain)

Altres vídeos de Symphony of Science:

L'ADN de Tutankamon

2010-02-18T20:43:00.013+01:00

Aquests dies és notícia Tutankamon i les anàlisis de DNA que s'han fet per determinar la causa de la seva mort i establir les relacions genealògiques entre diverses mòmies. Els titulars dels articles dels diaris així ho reflexen. Per exemple: "El ADN de Tutankamón revela que murió de una enfermedad ósea relacionada con la malaria", "Nefertiti no era la madre del rey" o "El paludismo contribuyó a la muerte de Tutankamón, según un estudio de su ADN".

Els resultats dels anàlisis d'ADN ha portat sorpreses, com per exemple que els seus pares eren possiblement germans o que la seva mare no era Nefertiti, i ha permès obtenir una possible relació genealògica entre diverses mòmies:

Tot i que no hi ha cap novetat científica important en la notícia (no ha estat la primera mostra de "DNA antic" que s'ha extret i analitzat i per exemple la notícia recent de la seqüenciació del genoma humà d'un esquimal que va viure fa uns 4000 anys era científicament més novedosa), penso que s'ha perdut una molt bona oportunitat per fer una mica de difusió científica. En les notícies s'esmenta que tot aquest nou coneixement ha estat gràcies a l'anàlisi del DNA, però de quina mena d'anàlisi parlen? Sembla que haguin extret el DNA de les mòmies (això sí que queda prou clar), l'haguin possat en un barret i oh màgia! tenim les relacions genealògiques de les mòmies. A veure si podem profunditzar una mica més:

La clau per establir les relacions genealògiques ha estat l'estudi de les variacions que dins del genoma humà trobem entre diferents individus. En concret, s'han estudiat diverses variacions conegudes amb el nom de microsatèl·lits, que s'han utilitzat com a marcadors genètics. Podem definir un microsatèl·lit com una seqüència de DNA en les que un fragment, que pot anar des de 1 a 6 nucleòtids, es repeteix diverses vegades, de manera consecutiva. La variació del nombre de vegades que es repeteix pot variar entre individus i es pot utilitzar per establir si existeix una relació pare/mare-fill/a entre dos individus. Com que tenim 2 còpies de tots els cromosomes (un que heretem del pare i l'altre de la mare), el nombre de repeticions en un microsatèlit també l'hem heretat dels nostres progenitors, que el van heretar dels nostres avis, i així successivament. Per saber el nombre de repeticions que un individu té en un determinat microsatèl·lit només cal extreure una mostra de DNA (es pot treure d'un ós, pel, ...) i amplificar mitjançant una PCR la regió que conté les repeticions, utilitzant uns o encebadors primers.

En el cas de Tutankamon s'han utilitzat 8 microsatèl·lits i en la figura següent podem veure el nombre de repeticions de cada mòmia en cada microsatèl·lit:

Amb aquesta informació es pot fer una possible genealogia i establir que el pare de Tut (Akhenaten) i la seva mare (la mòmia KV35YL) possiblement eren germans:

El treball amb DNA antic es especialment dificultós. El DNA al cap dels anys es va trencant i el que s'obté són fragments petits, que dificulten l'assaig. Hi ha també el problema de la contaminació. Com es pot estar segur de que realment estem obtenint el DNA, en aquest cas de la mòmia, i no per exemple dels investigadors que fan l'anàlisi i que podrien haver contaminat la mostra. És per això que en aquest tipus d'anàlisi cal ser molt curós. Per a que un resultat segui creïble, cal repetir molts cops els assajos i comprovar que sempre surt el mateix. Normalment els assajos es fan simultàniament en dos laboratoris diferents, utilitzant investigadors diferents. Fins i tot cal analitzar el DNA dels investigadors per descartar contaminacions.

Article original: Z. Hawass et al. Ancestry and Pathology in King Tutankhamun's Family. JAMA. 2010;303(7):638-647.

Tanquem l'any Darwin amb regals ....

2009-12-18T16:26:00.004+01:00

Per acabar l'any Darwin algunes idees per fer un regal "evolutiu". N'hi ha per totes les edats i gustos. Bé, per tots els gustos (creacionistes o IDiots) potser no. Extret de l'"Evolver Zone", a resource for students, teachers, and researchers with an interest in evolution.

Gadgets sobre Bioinformatica

2009-12-12T08:00:00.002+01:00

Aquí van una serie de Gadgets sobre Bioinformàtica molt útils desenvolupats per Your Lab Data.

DNA to Protein

Translated DNA sequence to protein by using all genetic codes, including customised ones. All frames are translated.

Sequence Manipulation

The sequence is manipulate to remove non-coding characters, to get reverse and complement strands, to obtain both strands, to calculate G+C content and nucleotide composition, or may be converted to RNA.

Protein to DNA

Enter a protein sequence and obtain its reverse translation. Useful in design of degenerate oligonucleotides. All genetic codes are available.

Palindromic sequences finder

Will search the sequence to find palindromic subsequences. Allows selection of minimum and maximum size of palindromic subsequences.

Restriction digest of DNA

Restriction digestion of DNA sequences with endonucleases. Allows restriction of one or more sequences, and also the comparison of restriction patterns. All commercially available restriction enzymes are included as of REBASE version 711. This service recognizes 253 different cleavage patterns (from all 624 commercially available endonucleases).

Sequence:

Show code

Min. recognition size for each enzyme

Type of restriction enzyme

Use only this endonuclease

Only use enzymes with known bases (no N,R,Y...)

Include Type IIb restriction enzymes

Include Type IIs restriction enzymes

When two or more input sequences are searched:

Show only endonucleases showing different restriction patterns for searched sequences.

Reverse Complement Gadget

Reverse Complement - Bioinformatics Tools

Description:"Reverse Complement - Bioinformatics Tools" Reverse Complement converts a DNA sequence into its reverse, complement, or reverse-complement counterpart. You may want to work with the reverse-complement of a sequence if it contains an ORF on the reverse strand.
Author: Your Lab Data

Melting Temperature (Tm) calculator

This tool will calculate melting temperature for an oligonucleotide. Formulas for basic tm calculation are explained in the script. For Base-Stacking Tm computing, references are provided.

Microsatellite Repeats Finder

This tool finds microsatellites in DNA sequences. Microsatellites are copies ofsimple di, tri, tetra, and pentanucleotides which lie adjacent to each other. For example the sequence ACGTACGTACGTACGTACGT is a microsatellite repeat of tetranucleotide ACGT.

In Silico PCR Amplification

In Silico PCR Amplification

Description: Simulation of PCR amplification. Allows one mismatch between primer and template.
Author: Your Lab Data

Primer3 (Basic Edition)

Primer3 (Basic Edition)

Description:Primer3 is a widely used program for designing PCR primers (PCR = 'Polymerase Chain Reaction'). PCR is an essential and ubiquitous tool in genetics and molecular biology. Primer3 can also design hybridization probes and sequencing primers. This is a basic edition with only basic input. A full featured edition is comming soon.
Author: Your Lab Data

Els Bioquímics també la saben tocar ....

2009-12-03T23:27:00.007+01:00

En José González és un bioquímic Suec, fill de pares argentins. És famós però per les seves cançons. Acompanyat d'una guitarra clàssica té un estil que alguns anomenen com Indie folk. Declara que el seu artista favorit és en Sílvio Rodríguez. Va publicar el seu primer disc al 2003 (que es va editar als EEUU i UK al 2005) mentre feia el doctorat en Bioquímica a la Universitat de Gothenburg. L'èxit musical però el va fer deixar els estudis de tercer cicle per dedicar-se al món de la música. El segon disc, titulat In our nature, el va presentar al Setembre del 2007. Ha declarat que algunes de les lletres d'aquest disc van ser influenciades per la lectura del llibre "El espejismo de Dios" (The God Delusion, 2006) d'en Richard Dawkins. Algunes de les seves cançons o versions han estat utilitzades en diferents episodis d'algunes de les sèries de més èxit com Bones o Brothers & Sisters i en algun anunci. La seva versió de la cançó "Massive Attack" va ser utilitzada en un episodi de la quarta temporada de la sèrie House (Massive Attack és la cançó utilitzada com a sintonia principal en aquesta sèrie).

Aquí van alguns vídeos seus:

Aquest post inaugura la secció de Bioquímics il·lustres, encara que el primer bioquímic il·lustre del que hem parlat en aquest blog ha estat en Craig Venter.

Tests genetics i Genealogies

2009-11-26T21:49:00.001+01:00

Des de fa uns anys ençà han sorgit tot una sèrie d'empreses relacionades amb el món dels tests genètics. L'usuari els hi envïa una mostra del seu DNA, l'empresa l'analitza i et ven els resultats. Un tipus d'aquestes empreses et venen "anàlisis d'origen", per exemple:

Un test .... le permitirá investigar su origen mediante una simple muestra de saliva. Se determinarán su haplogrupo, su pueblo originario y su región de origen. Dependiendo de su perfil genético, una categorización en un solo pueblo antiguo no es posible. Al ser este el caso, recibirá una lista con cada pueblo antiguo posible. El test incluye un acceso sin restricción de tiempo al mayor banco de datos de genealogía ADN en el mundo. Allí puede encontrar familiares que hasta el momento le eran desconocidos.

Un del tests de la companyia iGenea t'ofereixen descobrir si ets descendent de Napoleò:

La gran oportunidad de comparar los perfiles genéticos de los descendientes masculinos directos de Napoleón : compare su perfil con los de otros posibles descendientes.

iGENEA busca personas que tengan ascendencia directa por la línea masculina de Napoleón Bonaparte I. La línea directa masculina incluye a su vez los siguientes parentescos con Napoleón.

I és que es tenen dades genètiques d'alguns personatges famosos, veieu el link següent, entre d'altres:

La família Romanov
Marie Antoinette
Jesse James
Francesco Petrarca
Nicholas Copernicus
Otzi o l'home de gel
Thomas Jefferson
Genghis Khan

La majoria d'aquestes dades genètiques corresponen als anomenats DNA Haplotypes, és a dir variants en una posició del genoma (coneguts amb el nom de SNPs) normalment del genoma mitocondrial o del cromosoma Y, obtinguts a partir de l'anàlisi genètic dels óssos, pèls o altres restes dels personatges. Fins i tot es comença a disposar de més informació genètica d'un sol individu. L'extrem és disposar de la seqüència complerta del genoma. Entre altres, les persones (algunes anònimes, altres amb noms i cognoms) de les quals s'ha seqüenciat el seu genoma són (veieu un llistat més extens en aquest link):

James Watson.
Craig Venter, el primer genoma diploide en ser seqüenciat.
Stephen Quake, un enginyer d'Stanford que ha desenvolupat un nou seqüenciador.
George Church, un dels impulsors del Personal Genome Project.
Marjolein Kriek, la primera dona a ser seqüenciada.
Hermann Hauser, el primer en contractar els serveis de l'empresa Illumina.
Un xinès
Seong-Jin Kim.
Dos koreans.
Un Yoruba de Ibadan, Nigèria.
14 individus seqüenciats per Complete Genomics.
6 genomes (i 180 amb un baix coverage) del projecte 1000 Genomes Project.

Hi ha força gent interessada en la Genealogia i la cerca dels seus ancestres. Per fer-ho, però, no calen anàlisis de DNA, només molta paciència per cercar tota la informació. Això sí, et pots trobar amb sorpreses i es que tots (en més o menys mesura) estem relacionats. Fixeu-vos per exemple en les relacions genealògiques dels presidents dels Estats Units. Com a curiositat us diré que resulta que un servidor és descendent d'un fill bastard del "Señor de Neboeyro", de contrades galleges.

Fa 150 anys .....

2009-11-24T12:09:00.010+01:00

El 24 de Novembre de 1859 (avui fa 150 anys) es va publicar la primera edició de l'origen de les espècies de Charles Darwin. A Internet hi han forces llocs on es fan ressò d'aquest fet. Jo us aconsello la visita als següents:

El buit del temps:El segle i mig de L'origen de les espècies.
Charles Darwin's Beagle Diary: Podeu llegir el que va escriu Darwin el 24 de Novembre de 1834 mentre era a bord del Beagle.
Com a curiositat podeu veure totes les modificacions que Darwin va fer al llarg de les sis edicions de l'obra a l'adreça http://benfry.com/traces/.
En el llibre següent podreu llegir algunes dades sobre el nombre de còpies, el benefici que en va treure Darwin o l'editor John Murray, o va ser realment el 24 de Novembre la data de publicació?

Made with molecules

2009-10-30T22:25:00.001+01:00

La unió d'art i ciència no està gaire explotada. Si l'altre dia veiem tatuatges amb motius científics, avui li toca el torn a les arracades, polseres i collars. Disponibles a http://www.madewithmolecules.com/:

Com explorar l’estat de la grip a tot el món

2009-10-16T17:50:00.012+02:00

Es pot fer un seguiment "a temps real" de l'estat de la grip a tot el món? Es pot fer a partir de la informació que el cercador google emmagatzema sobre la freqüència d'ús de certes paraules i combinacions quan els usuaris utilitzen aquest cercador?
Segons el nou servei que acaba de llançar Google, anomenat "Flu Trends":

"Ens hem adonat que certs termes de cerca són bons indicadors de la incidència de la grip. "Google Flu Trends" utilitza dades globals de la Cerca de Google per calcular la incidència actual de la grip a tot el món pràcticament en temps real.

Cada setmana, milions d'usuaris de tot el món cerquen informació relacionada amb la salut en línia. Com és d'esperar, hi ha més cerques relacionades amb la grip durant la seva temporada, més cerques relacionades amb les al·lèrgies durant la seva temporada i més cerques relacionades amb les cremades solars durant l'estiu. Podeu explorar tots aquests fenòmens amb Estadístiques de cerca de Google. Però, poden proporcionar les tendències de les consultes la base d'un model precís i fiable sobre els fenòmens del món real? Els nostres resultats s'han publicat a la revista Nature (en anglès).

Hem detectat una estreta relació amb la quantitat de persones que cerquen temes relacionats amb la grip i la quantitat de persones que presenten símptomes de grip. Per descomptat, no tothom que cerca la paraula "grip" té la malaltia, però sorgeix un patró quan totes les consultes de cerca relacionades amb la grip se sumen. Hem comparat els nostres nombres de consultes amb els sistemes tradicionals de monitoratge de la grip i hem detectat que moltes consultes de cerca tendeixen a ser populars en el moment exacte en què es produeix la temporada de la grip. En comptar la freqüència amb què veiem aquestes consultes de cerca, podem calcular quanta grip circula en diversos països i regions de tot el món. Els nostres resultats s'han publicats a la revista Nature (en anglès)."

Criteris de cerca (en anglès) utilitzats per a predir els casos de grip. En blau: Càlcul de Google. En groc: Dades reals de casos de grip a Espanya

Incidència de la grip a Espanya. En blau: Càlcul de Google. En groc: Dades reals de casos de grip a Espanya

La idea em sembla bona. L'article on es descriu és del febrer del 2009 i per tant feia referència a l'anomenada grip estacional. Aprofitant la "pandèmia" actual de la grip nova s'han decidit a possar-ho a Internet, creant el "Google Flu Trends". Però no m'imagino un pitjor moment per a fer-ho. Resulta que ara les cerques a Internet sobre la grip segur que han augmentat però degut a l'alarma social i no per un augment del nombre de casos.

Altres recursos sobre la grip:

El joc dels disbarats

2009-10-10T07:00:00.001+02:00

Qui no ha jugat de petit al joc dels disbarats? En rotllana cada un fa una pregunta i escolta la resposta a qui té a un costat i alhora escolta la pregunta i contesta a qui té a l'altre costat. Després es combinen les preguntes amb les respostes de l'altre costat i els disbarats estan assegurats. Una versió diària d'aquest joc es dóna quan algú li explica a una altre persona una cosa, aquest li explica a l'altre, que li explica a un altres, ..... si comparem la primera versió amb la darrera pot ser que siguin totalment diferents.

Una cosa així és el que ha passat amb la notícia del premi Nobel de Química d'aquest any, especialment la notícia que va aparèixer en les versions digitals dels diaris el mateix dia que es va fer públic els premis, el dia 7 d'octubre. (Nota: per entendre plenament aquest post calen uns coneixements mínims d'anglès i unes nocions molt bàsiques de biologia. Els periodistes doncs, no cal que continueu llegint):

El comunicat de premsa de La Reial Acadèmia Sueca de les Ciències, en la seva versió anglesa, començava d'aquesta manera:

"The Nobel Prize in Chemistry for 2009 awards studies of one of life's core processes: the ribosome's translation of DNA information into life. Ribosomes produce proteins, which in turn control the chemistry in all living organisms. As ribosomes are crucial to life, they are also a major target for new antibiotics.

This year's Nobel Prize in Chemistry awards Venkatraman Ramakrishnan, Thomas A. Steitz and Ada E. Yonath for having showed what the ribosome looks like and how it functions at the atomic level. All three have used a method called X-ray crystallography to map the position for each and every one of the hundreds of thousands of atoms that make up the ribosome.

Inside every cell in all organisms, there are DNA molecules. They contain the blueprints for how a human being, a plant or a bacterium, looks and functions. But the DNA molecule is passive. If there was nothing else, there would be no life."

Hi ha una versió en Suec i una versió en hebreu d'aquest comunicat de premsa, però no una versió en castellà. Encara que el text en anglès no es gaire difícil d'entendre, un es pot plantejar utilitzar un traductor automàtic per a traduir-ho al castellà. Si per exemple utilitzem un dels molts traductors que trobem en línea, el Google translate, obtindrem la següent versió:

"El Premio Nobel de Química en 2009 los estudios de los premios de uno de los procesos básicos de la vida: la traducción del ribosoma de la información del ADN en la vida. Los ribosomas producen proteínas, que a su vez, el control de la química en todos los organismos vivos. Como los ribosomas son cruciales para la vida, también son un blanco importante de nuevos antibióticos.

Nobel de este año los premios Nobel de Química Venkatraman Ramakrishnan, Thomas A. Steitz y Ada E. Yonath por haber demostrado lo que el ribosoma, como se ve y cómo funciona a nivel atómico. Los tres han usado un método llamado cristalografía de rayos X para trazar la posición de todos y cada uno de los cientos de miles de átomos que componen el ribosoma.

Dentro de cada célula en todos los organismos, hay moléculas de ADN. Contienen los planos de cómo un ser humano, una planta o una bacteria, se ve y funciona. Sin embargo, la molécula de ADN es pasiva. Si no había nada más, no habría vida."

Està clar que a un traductor automàtic no li podem demanar meravelles i la traducció es bastant deficient, més si recordes alguna cosa bàsica de biologia. Bé d'acord, qui fa servir un traductor automàtic? Seria millor anar a l'edició electrònica d'algun diari i llegir la notícia, normalment provinent d'alguna agència de notícies com l'agència EFE. La versió, provinent de l'agència EFE, que va sortir en molts diaris digitals o pàgines d'emissores de TV (per exemple el Diari de Tarragona, adn, la vozlibre, antena3noticias, cuatro) el mateix 7 d'octubre era:

"La Real Academia Sueca de las Ciencias concedió hoy el Premio Nobel de Química 2009 a tres científicos por descifrar el funcionamiento de los ribosomas, que producen las proteínas necesarias para mantener con vida el ADN.

Los científicos estadounidenses Venkatraman Ramakrishnan y Thomas A. Steitz y la israelí Ada E. Yonath lograron mostrar el aspecto y funcionamiento de los ribosomas a nivel molecular mediante un método denominado cristalografía de rayos X.

En toda célula de un organismo hay moléculas de ADN que contienen las huellas personales de cada ser vivo, bien sea humano, planta o bacteria.

La molécula de ADN, sin embargo, es pasiva y no sería nada si no fuera convertida en materia viva, proceso en el que los ribosomas desempeñan un papel crucial, pues son los responsables de crear las proteínas, las herramientas universales de la vida."

Fins i tot pitjor que el traductor automàtic .... Em pensava que l'agència EFE era una agència seriosa i que les notícies passaven alguna mena de filtre. No se què es pitjor, que no hagi passat cap filtre, o que ningú s'hagués adonat de que la notícia era bastant deficient. Bé, em podeu dir que he anat a fixar-me en el pitjor, que podria buscar una font de notícies més seriosa com el canal 3/24. Doncs la versió que va aparèixer al teletext i a la web va ser:

"Nobel de Química per als pioners de la genètica per al desenvolupament de nous antibiòtics.

Els científics nord-americans Venkatraman Ramakrishnan i Thomas A. Steitz i la israeliana Ada E. Yonath han guanyat el Nobel de Química 2009 pels seus estudis sobre l'estructura i la funció del ribosoma, que produeix les proteïnes necessàries per mantenir amb vida l'ADN. Es tracta dels pioners de la genètica per al desenvolupament de nous antibiòtics. L'Acadèmia Sueca lliurarà el premi el proper 10 de desembre, en l'aniversari de la mort del seu fundador, Alfred Nobel."

Aquesta versió és en part, una versió traduïda al català de la versió de l'agència EFE, però hi apareixen nous elements: "la genètica" Suposo que està de moda parlar de genètica i la notícia tindrà més impacte si fem servir la paraula en algun lloc, oi?

Premi Nobel de (Bio)Química 2009

2009-10-07T20:43:00.021+02:00

La Reial Acadèmia Sueca de les Ciències ha anunciat avui la concessió del Premi Nobel de Química 2009 als científics nordamericans Venkatraman Ramakrishnan (del MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK), Thomas A. Steitz (del Howard Hughes Medical Institute, Yale University) i la científica israeliana Ada E. Yonath (del Weizmann Institute of Science, Israel) pels "seus estudis sobre l'estructura i funció dels ribosomes". Els ribosomes (orgànuls formats per una part proteica i RNA ribosòmic, on té lloc la traducció) són peces essencials per a la vida ja que en ells té lloc la síntesi de proteïnes. Els ribosomes, doncs, els trobem en tots els éssers vius. Hi ha però algunes diferències, especialment de mida, entre els ribosomes dels bacteris i els de les cèl·lules eucariotes. Són precisament aquestes diferències les que han permès dissenyar antibiòtics que inhibeixen selectivament la funció dels ribosomes dels bacteris. I és que inhibir la funció dels ribosomes representa la mort per a les cèl·lules.

Les investigacions sobre l'estructura dels ribosomes es van iniciar fa més de 30 anys i van culminar l'any 2000 amb la determinació, per part dels equips de recerca dels tres guardonats, de l'estructura tridimensional de les dues subunitats que formen els ribosomes. En concret, l'equip dirigit pel Dr Steitz va determinar l'estructura tridimensional de la subunitat gran del bacteri Haloarcula marismortui, i els equips dels Dr Yonath i Ramakrishnan van determinar, de forma independent, l'estructura de la subunitat petita del bateri Thermus thermophilus. Determinar l'estructura tridimensional d'una proteïna significa conèixer la posició tridimensional de tots els àtoms que la formen, i encara que no és tasca senzilla, en l'actualitat es coneixen les estructures de milers de proteïnes.

En el cas de l'estructura tridimensional del ribosoma, es valora la gran complexitat que suposa l'obtenció de cristalls (pas previ a la difracció de raigs X i a la determinació de l'estructura) i la determinació estructural d'un complex format per desenes de subunitats proteiques i subunitats formades per RNA ribosòmic. Aquesta part formada per RNA participa també directament en el mecanisme catalític i per això els ribosomes sovint es posen com a exemple quan es parla dels ribozims (cadena de RNA que té activitat catalítica).

Disposar de l'estructura tridimensional dels ribosomes ha permès descobrir els detalls moleculars de la interacció de certs antibiòtics amb els ribosomes i ha proporcionat noves eines per al disseny de nous antibiòtics, alguns d'ells ja en fase d'experimentació, per guanyar així la batalla contra la resistència bacteriana a aquests fàrmacs.

A part de la notícia, durant el procés de cerca d'informació sobre la notícia, m'he fet les següents reflexions:

Fixeu-vos la importància que va adquirint la recerca en Biociències (i en Bioquímica) en l'actualitat. Ja van tota una sèrie de premis Nobel de Química relacionats amb aquests temes (per exemple el de l'any passat i el d'aquest). Haurien de canviar de nom i anomenar-se Premis Nobel de Bioquímica? Veieu també els Premis Nobel de Fisiologia i Medecina.
El mal redactat que alguns mitjans de comunicació i pàgines web fan de la notícia. I és que no n'encerten ni una, barregen les coses, exageren desmesuradament el descobriment, o es centren en aspectes secundaris. Aquest punt ja el desenvoluparé amb més detall en un post posterior.
L'embolic que es fan alguns amb les nacionalitats: "Los científicos estadounidenses Venkatraman Ramakrishnan y Thomas A. Steitz y la israelí Ada E. Yonath ....", "El indio Venkatraman Ramakrishkan, el estadounidense Thomas A. Steiltz y la israelí Ada Yonath ...." i "El británico Venkatraman Ramakrishnan, el estadounidense Thomas Steitz y la israelí Ada Yonath ...." Tres versions diferents sobre la nacionalitat del Dr Venkatraman Ramakrishnan que va néixer a l'Índia, és ciutadà americà però actualment treballa a Gran Bretanya ....
Sempre es diu que els premis Nobel es donen després d'uns 20 anys o més del descobriment/s, investigacions o publicació pels quals són mereixedors dels premis. S'assegura així que els premis es donin a descobriments que hagin tingut una gran repercussió en la societat, recerca, salut, .... Els articles que descriuen les estructures tridimensonals dels ribosomes són de l'any 2000. Només 9 anys, un període curt si el comparem amb altres premis Nobel.
L'anterior punt en porta a pensar que potser el premi Nobel per la seqüenciació del genoma humà (2001) caurà aviat
Finalment em suggereixen que un post seriós sobre aquest tema hauria d'incloure la informació de quin dia es donen els premis Nobel i la quantia del premi. Doncs els premis es donaran el 10 de Desembre i el premi (en aquest cas a repartir en tres terceres parts) és de 10 milions de corones Sueques.....

Edició il·lustrada de l'origen de les espècies en Català

2009-10-05T00:01:00.011+02:00

Per fi tinc entre les mans una nova edició en català i il·lustrada de l'"origen de les espècies" de Charles Darwin. Es tracta d'un llibre de gran format per la seva mida però també per la seva curada edició. No estem davant d'una reedició d'una traducció ja existent, si no que es tracta d'una traducció feta pels investigadors de la Universitat de València Juli Peretò i Andrés Moya de la primera edició. Tal i com els autors esmenten en el pròleg "Hi ha una opinió general que, de les sis que es publicaren al llarg de quasi vint anys, la primera edició de L'origen és la més vívida i audaç, la que presenta el pensament de Darwin d'una manera més original i directa, sense la càrrega afegida de les respostes a la pluja de crítiques rebudes, moltes de les quals, vistes d'avui, tenen un escàs valor i interès.". Com a curiositat podeu veure totes les modificacions que Darwin va fer al llarg de les sis edicions de l'obra a l'adreça http://benfry.com/traces/.

Aquesta nova versió catalana ha estat però "alleugerida", així s'han escurçat la diversitat d'exemples de l'obra original i s'ha suprimit el capítol on es parla de l'herència, "atès que la informació de la qual disposava l'autor és actualment poc o gens rellevant i té, per tant, un interès purament històric.". M'ha fet gràcia també el fet que com diuen els autors "En alguna part del llibre, que no revelarem, hem deixat anar algun anacronisme: hem emprat el text de Darwin amb exemples contemporanis, només per reforçar la seua condició de clàssic, de plena vigència de les propostes originals." A veure si trobem aquests anacronismes ...

Un altre fet molt destacable de l'obra és que es tracta d'una edició il·lustrada. El llibre conté unes dues-centes il·lustracions fetes per en Carles Puche, moltes d'elles exemplificant les variacions entre espècies molt relacionades d'animals o de plantes o mostrant alguna de les idees que Darwin ens volia transmetre a través del text. I és que de fet, en les sis edicions originals de l'"origen de les espècies", només hi apareix una única figura, la que en aquesta edició catalana apareix en la pàgina 50 i que correspon a un esquema de la divergència de les espècies.

M'ha fet gràcia també la figura de la última plana, provinent d'un dels quaderns de notes de Darwin del 1837, de "l'arbre de la vida de Darwin". Una de les primeres representacions de l'anomenat arbre de la vida o "tree of life".

En resum, un llibre molt recomanable, ideal per fer un regal. Per cert jo ja el tinc, us haureu de pensar un altre ....

Manifiesto sobre la Financiación de la Ciencia en España

2009-09-28T21:55:00.002+02:00

Aquests dies els mitjans de comunicació es fan un tip de parlar sobre els pressupostos de l'any vinent que han de ser aprovats al congrés durant el mes d'octubre. Es destaquen principalment dues coses: les crítiques de quasi tots els partits polítics per la pujada dels impostos i la mala gestió de la crisis econòmica. Ningú no fa esment però d'un altre fet molt rellevant per al futur de la Ciència en aquest país, i és que les primeres dades sobre la inversió del govern en I+D per l'any vinent es parlava de que es reduiria més d'un 30%. Això venien a ser uns 580 mil·lions d'euros, el preu d'uns sis 'ronaldos'. Veieu l'article "¿Hundir la ciencia por el precio de seis 'ronaldos'?" Al final sembla que la retallada no serà tan gran, però continua sent una molt mala notícia pel futur científic d'aquest país. Ja s'han sentit algunes reaccions a través d'alguna carta als diaris, blogs i també a través de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular que ha elaborat un breu manifest. Aquest blog s'afegeix a aquest manifest, feu-lo córrer.

Oviedo, 24 de Septiembre de 2009

El presidente y los ex presidentes de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular, con ocasión del 32 Congreso Nacional de Bioquímica y Biología Molecular,

MANIFIESTAN:

Que deben mantenerse las dotaciones presupuestarias destinadas a la investigación científica básica y, en particular, al Plan Nacional y a los programas de investigación en red.
Que el Plan de Economía Sostenible del Gobierno no puede llevarse a efecto con éxito sin contar con una sólida base científica.
Que la inversión en I+D es esencial para consolidar, tanto en España, como en Europa, una economía basada en el conocimiento, según lo acordado en la cumbre europea de Lisboa del año 2000.

Firman:

Miguel Ángel de la Rosa Acosta
Federico Mayor Zaragoza
Margarita Salas Falgueras
Carlos Gancedo Rodríguez
Joan J. Guinovart Cirera
Jesús Ávila de Grado
Vicente Rubio Zamora

Ingredients per elaborar una bona cervesa

2009-09-25T08:00:00.020+02:00

Quins són els ingredients per fer una bona cervesa? Bàsicament quatre: Malta, aigua, llúpol i llevat. De fet en certs països com Alemanya, per llei la cervesa només pot estar formada per aquests quatre ingredients. Anem per parts:

Malta: La malta no es res més que l'ordi (barley en anglès o cebada en castellà) germinat. El primer pas del procés d'elaboració de la cervesa, anomenat Maltatge o malting té com a objectiu transformar l'ordi, germinant-lo en malta. En aquest procés es sintetitzen els enzims (amilases, cel·lulases i proteases principalment del propi ordi, amb l'objectiu de que la llavor creixi per regenerar una nova planta) per a transformar el midó en glucosa i maltosa. En aquest procés cal controlar molt bé la Temperatura i humitat. Obtenir una bona cervesa depèn en bona part de la qualitat de l'ordi i malta obtinguts.
Aigua: No calen més observacions sobre aquest ingredient, oi? Un cop l'ordi ha germinat es molt i s'afegeix aigua. L'objectiu és degradar el midó en sucres fermentables (glucosa i maltosa principalment) és a dir fer una sacarificació. La producció de proteases i cel·lulases i el fet de moldre la malta ajudaran a que les amilases accedeixin més fàcilment al midó. Les proteases també ens serviran per treure la terbolesa i són importants en l'estabilitat i formació de l'escuma del producte final. Cal destacar que l'aigua participa directament en el mecanisme de reacció dels enzims de la classe de les hidrolases (amilases, cel·lulase i proteases entre altres).
Llúpol (lúpulo en castellà o hop en anglès): És un producte vegetal que es va introduir l'any 1133 per conservar millor el producte final. Això és pels seus efectes bactericides. Avui en dia no caldria afegir-ho per aquest motiu, però resulta que és l'ingredient que li dóna el característic gust amarg a la cervesa, així doncs el gust d'una cervesa sense llúpol ja no ens semblaria cervesa. S'afegeix en el procés de cocció del most o boiling. El temps i T de la cocció influiran en el producte final. La cervesa negra està més "torrada" que la rosa.
Llevat: Microorganisme encarregat de transformar la glucosa i altres sucres fermentables originats en la hidròlisis del midó de l'ordi en etanol i CO₂. Aquest procés conegut com fermentació alcohòlica té lloc en condicions anaeròbiques (absència d'oxigen) i té lloc en els anomenats fermentadors. Bàsicament s'utilitzen dues espècies de llevat: Saccharomyces cerevisiae (el mateix llevat utilitzat en l'elaboració del vi, elaboració del pa, ....) i Saccharomyces carlsbergensis. El llevat no pot utilitzar el midó, doncs li manquen els enzims necessaris per la seva hidròlisi. Així doncs, les primeres etapes de l'elaboració de la cervesa es centren en obtenir a partir del midó, glucosa i altres sucres fermentables. Com a curiositat, el CO₂ obtingut durant la fermentació es recull i s'afegeix més tard, en el procés anomenat carbonatació.

Tot i que la cervesa es pot elaborar sense l'adició de cap enzim extern això no vol dir que no intervinguin enzims en la seva elaboració. Els enzims es trobem en les matèries primeres (ordi, llevats que afegim per fer la fermentació) i s'hauran de controlar les condicions perquè actuïn correctament. En la producció industrial de cervesa, però, cada cop s'utilitzen més enzims "externs" que afegim entre altres coses per poder utilitzar altres matèries primeres, estalviar costos, millorar el procés d'elaboració i el que és més important, perquè el producte final tingui sempre les mateixes característiques. Els enzims "externs" que es poden afegir són amilases, amiloglucosidases, cel·lulases, beta-glucanases i proteases en les fases de la maceració i abans i després de la fermentació per tal de millorar la degradació del midó, reduir la terbolesa, augmentar els rendiments o facilitar els filtratges.

Hi pot haver però altres ingredients per elaborar cervesa? Només cal que ens fixem en les etiquetes d'algunes de les cerveses més populars. Per exemple:

Budweiser: Si ens fixem en els ingredients que figuren en l'etiqueta d'aquesta cervesa hi podrem llegir: "Brewed by our original all natural process using the Choicest Hops, Rice and Best Barley Malt", una cosa com Elaborada fent servir un procés original i natural fent servir Llúpols seleccionats, Arròs i la millor Malta d'ordi. Arròs? Sí. Una possibilitat en la elaboració de la cervesa és afegir juntament amb la Malta, altres tipus de cereal o arròs. Així es dóna a la cervesa un toc diferent. Segons la web de Budweiser: "We brew our lager using fresh, verdant rice -milled, polished, graded and immediately brewed -never stored- to give Budweiser its light, crisp and refreshing taste"
Fosters: Si ens fixem en els ingredients que figuren en l'etiqueta d'aquesta cervesa australiana hi trobarem: "Agua, Cebada Malteada, Jarabe de Glucosa, Lúpulo" Xarop de Glucosa? Sí, normalment obtingut també a partir de la hidròlisis enzimàtica del midó de l'ordi. L'objectiu de les primeres etapes de l'elaboració de la cervesa és l'obtenció de sucres fermentables a partir del midó, per què no afegir directament glucosa per a que els llevats la transformin en etanol? M'imagino que així s'estalvien ordi i bona part de les etapes del seu processat. El gust d'aquesta cervesa és molt menys intens que les altres. De totes maneres la cervesa no és només etanol i CO₂. Fixeu-vos que en cap cas es substitueix tot l'ordi per xarop de glucosa i és que en l'ordi també hi trobem altres substàncies que trobem en el producte final.
Una altra possibilitat és afegir ordi o altres cereals sense germinar després del maltatge. Així podem augmentar la producció perquè part de l'ordi no cal que germini o podem obtenir cerveses amb característiques finals diferents. Si es fa això és important afegir els enzims (amilases, proteases, cel·lulases) per fer la maceració correctament. En últim extrem es podria partir directament de l'ordi sense germinar si afegim els enzims necessaris per degradar el midó. Recentment l'empresa Novozymes acaba de comercialitzar un enzim o còctel d'enzims per fer precisament això: cervesa a partir d'ordi sense germinar, i ja hi ha una empresa que comercialitzarà aquesta cervesa. Ja veurem quina és la seva qualitat.

En relació al procés d'elaboració de la cervesa, fa un temps us vaig parlar de les cerveses light, per tant no cal afegir res més sobre aquest tema.

Finalment us deixo el vídeo del programa Quèquicom va dedicar a la cervesa:

Structural Biology Rankings

2009-09-21T19:30:00.039+02:00

Els científics tenen la mania de fer rànquings, organitzar competicions i premis científics. I és que els científics són molt competitius. Un dels darrers rànquings que he trobat és l'anomenat Structural Biology Rankings (rànquing sobre Biologia Estructural). Aquest rànquing pretén destacar les estructures de proteïnes (així com els investigadors que les han obtingut) que han tingut més repercussió científica, mesurada segons el nombre de cops que una estructura ha estat descarregada d'Internet (en concret del repositori Worldwide Protein Data Bank) i el nombre de cites dels articles que les descriuen. Com tot rànquing, els criteris utilitzats per fer-lo són subjectius i si es canviessin, el rànquing seria totalment diferent.

Jo potser faria un esment especial a la primera estructura d'una proteïna que es va obtenir: la de l'hemoglobina, determinada al 1959 per Max Perutz, per la que guanyaria el premi Nobel de Química al 1962. I és que obtenir l'estructura d'una proteïna (és a dir, determinar la posició tridimensional exacte de tots els àtoms que la formen) no es senzill. Primer de tot cal purificar-la i després cristal·litzar-la. Un cop s'han obtingut els cristalls (feina no gaire fàcil, ja que no totes les proteïnes cristal·litzen amb facilitat) el mètode més emprat per determinar la seva estructura és utilitzar la informació del resultat de la difracció de raigs X a través dels cristalls de la proteïna per deduir la posició exacte de tots els àtoms.

Aquí us deixo el Rànquing de les 10 primeres estructures:

Molecule	Release date	Citations	Downloads	Final score
POTASSIUM CHANNEL (KCSA) FROM STREPTOMYCES LIVIDANS
	1998-07-29	1118	39249	6880
CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN
	2000-08-04	642	39441	4387
COMPLEX BETWEEN NUCLEOSOME CORE PARTICLE (H3,H4,H2A,H2B) AND 146 BP LONG DNA FRAGMENT
	1998-09-30	1009	22054	3516
CRYSTAL STRUCTURE OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI AT 2.4 ANGSTROM RESOLUTION
	2000-08-14	645	20895	2339
High resolution crystal structure of human B2-adrenergic G protein-coupled receptor
	2007-10-30	111	52528	2222
Crystal structure of calcium ATPase with two bound calcium ions
	2004-05-04	449	17568	1781
HIV-1 GP120 CORE COMPLEXED WITH CD4 AND A NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY
	1998-07-08	619	17470	1691
GREEN FLUORESCENT PROTEIN FROM AEQUOREA VICTORIA
	1996-11-08	280	41328	1689
BOVINE MITOCHONDRIAL F1-ATPASE
	1996-12-07	685	16354	1640
Mammalian Shaker Kv1.2 potassium channel- beta subunit complex
	2005-07-12	243	22927	1425

I el rànquing per funcionalitat:

Top Functionality

Photosystem II

Thylakoid membrane

Photosystem II reaction center

Photosynthesis

Positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway

Estrogen response element binding

Thylakoid

Chromatin remodeling complex

Estrogen receptor activity

Estrogen receptor signaling pathway

Homenatge a Mary Travers

2009-09-17T17:04:00.017+02:00

Mary Travers, del trio Peter, Paul and Mary ens ha deixat a l'edat de 72 anys, després d'una malaltia. Mary va formar juntament Peter Yarrow i Noel (Paul) Stookey, cap al 1962 el grup Peter, Paul and Mary. Grup que va perdurar fins els nostres dies, després de quasi 50 anys cantant i fent cantar. Peter, Paul and Mary va ser i és un dels referents més importants del que podem anomenar com Folk americà. Moltes de les seves cançons han estat i continuen sent cantades per generacions d'arreu del mon. També a Catalunya, doncs moltes d'elles van ser traduïdes al català. A més, Peter, Paul and Mary van cantar i popularitzar cançons (500 miles, BLOWIN' IN THE WIND, DON'T THINK TWICE, IT'S ALL RIGHT, IF I HAD A HAMMER, IF I HAD MY WAY) d'altres autors com Bob Dylan o Rev. Gary Davis. El tercet que formaven Peter, Paul and Mary era d'una simplicitat meravellosa: dues guitarres tocant amb l'estil fingerpicking, lletres compromeses i tres veus que combinaven a la perfecció. Però és que no calia res més. No se m'acut altra manera de rendir homenatge a aquesta gran cantant que escoltant alguns dels seus grans temes. Jo us recomano Puff the Magic Dragon (Paf, el drag màgic).

Puff the Magic Dragon

Personal Genomes (ii)

2009-09-06T00:10:00.002+02:00

Fa temps que es diu que en uns anys serà possible la seqüenciació del genoma de tots aquells que s'ho puguin pagar. Per a que això sigui possible es parla del repte d'arribar a que la seqüenciació del genoma d'un individu costi uns 1000$. Les seqüencies dels nostres genomes de ben segur revolucionaran la medicina, des de la predicció de susceptibilitats a patir alguna malaltia, la prevenció i el seu tractament, l'efecte o efectes secundaris d'alguns fàrmacs, .... De moment estem encara lluny d'aquesta fita, però cada cop estem més a prop i ja disposem de la seqüència del genoma de diversos individus. Per anar fent boca, fa uns anys es va crear l'anomenat "Personal Genome Project" per tal de catalitzar els avenços necessaris per a fer-ho possible. Al 2006 es van reclutar 10 voluntaris (no anònims) dels quals es van prendre mostres de sang, saliva i pell per tal de seqüenciar el seus genomes. Les seqüències dels genomes d'aquests individus, juntament amb els historials mèdics i característiques físiques d'aquests individus han de servir com a banc de proves de la informació que es pot extreure, dificultats que poden sorgir, implicacions ètiques i morals, ...

Per divulgar més aquesta iniciativa i conèixer alguns dels participants i del procés seguit fins ara, la productora "Necessary Films" ha elaborat un documental força interessant. Aquí en podeu veure els tres primers Webisodes (Nota: Els primers minuts de cada episodi corresponen a una petita introducció sobre el projecte):

GENOME: The Future Is Now WEBISODE 1

WEBISODE 2

WEBISODE 3

P.D: La companyia Illumina acaba d'anunciar fa pocs dies que ofereix el servei de seqüenciació del genoma d'un individu, de moment per 48.000$

Science tattoos

2009-08-31T00:01:00.000+02:00

Com que fer-se tatuatges està de moda, per què no un tatuatge amb un tema científic? En aquest blog trobareu algunes idees. Jo us deixo els que he triat per alguns de vosaltres.

Per a un amant dels arbres filogenètics. El que et pot passar però és que es tatuï un "tree of life" i després l'hagi de canviar per un "forest of life":

Pels nomades que viatgen i que ara sembla que l'èxit els porta a estar entre les estrelles:

Una cinta de Moebius (que mai s'acaba) com les que representava M.C. Escher:

Per a un amb el mateix nom que aquest personatge i que per fi ja no busca més solapaments:

Per a qualsevol malalt dels ordinadors

Una altra manera de portar el teu nom de pila tatuat

El gos d'Obama i com fer un comunicat de premsa

2009-08-28T11:24:00.001+02:00

Potser haureu vist la notícia de que ahir la revista Science va publicar en la secció ScienceExpress un article on es descriu que només 3 gens (RSPO2, FGF5 i KRT71) controlen la variabilitat del pelatge en els gossos. En concret el gen RSPO2 és el responsable de que els gossos tinguin o no bigoti i celles grans, el gen FGF5 està relacionat amb la longitud del pèl i el KRT71 determina si el pèl és ondulat o rissat.

Remenant una mica per trobar més detalls sobre la notícia, m'ha fet gràcia el comunicat de premsa que ha fet la Universitat de Utah (dos dels 20 coautors de l'article són d'aquesta Universitat) per difondre la notícia. El títol del comunicat de premsa "Why Obama's Dog Has Curly Hair" (Per què el gos d'Obama té el pèl rissat) ja ho diu tot. Resulta que un dels gossos utilitzats per fer l'estudi és de la raça "Gos d'aigua Portuguès", la raça del gos d'Obama. I és precisament aquest fet el que utilitzen com a "ganxo" per a la notícia.

Us copio aquí baix el comunicat de premsa (en anglès):

Why Obama's Dog Has Curly Hair
Utah-aided NIH Study Finds 3 Dog Coat Genes

Aug. 27, 2009 - University of Utah researchers used data from Portuguese water dogs - the breed of President Barack Obama's dog Bo - to help find a gene that gives some dogs curly hair and others long, wavy hair.
It was part of a National Institutes of Health (NIH) study - published online Thursday, Aug. 27 by the journal Science - showing that variations in only three genes account for the seven major types of coat seen in purebred dogs. The findings also point the way toward understanding complex human diseases caused by multiple genes.
"We were part of a team that found three genes that control 90 percent of the seven coat types that characterize different breeds of purebred dogs," says K. Gordon Lark, one of 20 co-authors of the study and a distinguished professor emeritus of biology at the University of Utah.
"We helped identify the gene that controls curly or wavy coats," adds study co-author Kevin Chase, a University of Utah research specialist in biology.
The study's first author is Edouard Cadieu, and its senior author is Elaine Ostrander, both of the National Human Genome Research Institute in Bethesda, Md. Other authors came from that institute, which is part of NIH, and from the University of California's Davis and Los Angeles campuses, Cornell University in Ithaca, N.Y., and Affymetrix Corp., in Santa Clara, Calif.
The study showed that combinations of various forms of only three genes - named RSPO2, FGF5 and KRT71 - account for seven major coat types in purebred dogs.
By analyzing more than 1,000 dogs from 80 domestic breeds, the researchers found that RSPO2 is the gene associated with whether or not a dog has a moustache and large eyebrows (known together as "furnishings"); FGF5 is linked to whether a dog's fur is long or short; and KRT71 determines if the hair is curly or wavy.

Mutant Genes and the Well-dressed Dog

All purebred dogs have the three genes, but the presence or absence of mutant, variant forms of those genes - rather than the ancestral forms inherited from wolves - determines coat types:

- Short-haired dogs like basset hounds have none of the variant genes, just the ancestral form of each gene.
- Wire-haired dogs such as Australian terriers have the variant form of only the RSPO2 gene.
- Dogs with wiry and curly hair - Airedale terriers, for example - have variants of both RSPO2 and KRT71 genes.
- Long-haired dogs like golden retrievers have a variant form of the FGF5 gene.
- Long-haired dogs with furnishings, such as the bearded collie, have variant forms of FGF5 and RSPO2.
- Curly haired dogs such as Irish water spaniels have the variant forms of the FGF5 and KRT71 genes.
- Curly haired dogs with furnishings - such as the bichon frise breed and some Portuguese water dogs, including President Obama's dog Bo - have the variant form of all three genes.

Portuguese water dogs come in both curly haired and wavy-haired varieties, depending on what form of the KRT71 gene they have. Chase says wavy-haired Portuguese water dogs fit in the new study's long-hair-with-furnishings category.
Chase says breeders characterized First Dog Bo as curly with furnishings, while Lark's Portuguese water dog, Mopsa, has wavy hair, even though she appears pretty curly. Chase notes that the KRT71 gene really controls the extent of curl, not curl versus no curl.
What about the fur characteristics of mutts? Because mutts are not part of a closed breeding population like each breed of purebred dog, it's difficult to separate the genetic contributors to their traits, Chase says.
"We don't know enough about the genetics of mutts," Lark adds.

From Portuguese Water Dogs to Human Disease

Chase and Lark assisted the NIH research by sharing data on Portuguese water dogs, which they have studied for years.
"Our contribution to this paper is data collected on the Portuguese water dog that indicated that keratin genes controlled the amount of curliness," Lark says. "Our data plus other data from the Ostrander group narrowed this down to KRT71."
KRT71 carries the code that produces keratin 71, a structural protein in hair.
Even though he and Chase studied the genetics of curliness stemming from KRT71, Lark says the other two genes involved in determining dog coat types are more interesting in the sense that they produce proteins that regulate a variety of processes in living organisms, not just the kind of coat a dog has. That makes them relevant to diseases of dogs and humans.
"Dogs share many diseases and other traits with humans," Lark says. "That's why they were used for many decades so extensively for pharmaceutical and medical-physiological-biochemical testing. Not surprisingly they share much of their genome [genetic blueprint] with humans also."
Lark says a dog bred for a desired trait may end up, years later, more vulnerable to cancer, immune disorders or other diseases of aging, and thus have a shorter life span.
"Ultimately the most important part of this paper - mostly the work of Ostrander's group - is that we will be able to get glimpses of how major regulatory genes interact with other genes to change the functioning of an animal in a way that does not kill it, but that may eventually compromise its longevity or its functioning as it ages," Lark says.
Earlier studies involving Ostrander and Lark revealed genetic variations that make small dogs small and account for longevity in dogs.

A Pup for a President and a Geneticist

Lark, once a soybean geneticist, has run a long-term dog genetics research effort known as the Georgie Project, after Georgie, a stray Portuguese water dog he adopted in 1986. Georgie died in 1996, and when Lark sought a replacement, a breeder sent him Mopsa - now 13 years old - and nagged him to study the breed's genetics.
Lark and Chase learned that the breed was ideal for genetics research because all Portuguese water dogs descended from a small group of "founders" and could help the search for genes responsible for complex traits - including human diseases caused by multiple interacting genes.
Portuguese water dogs gained publicity earlier this year when President Obama fulfilled his promise to get a dog for his daughters by obtaining Bo, a Portuguese water dog, reportedly as a gift from U.S. Sen. Edward Kennedy, D-Mass.
"As a supporter of Obama, I feel glad that he has a good dog," Lark says. "He has good taste and a good dog."

The portion of the new study conducted at the University of Utah was funded by NIH's National Institute of General Medical Sciences, the Judith L. Chiara Charitable Fund and the Nestle Purina PetCare Co.

University of Utah Public Relations
201 Presidents Circle, Room 308
Salt Lake City, Utah 84112-9017
(801) 581-6773 fax: (801) 585-3350
www.unews.utah.edu

Troben l'aminoacid glicina en el cometa Wild2

2009-08-26T19:50:00.021+02:00

Avui el diari el Pais es fa ressò d'una notícia apareguda fa uns dies sobre la descoberta en mostres agafades del cometa Wild2, de glicina. La glicina, un dels 20 aminoàcids que formen les proteïnes, està formada per un àtom de C unit a un grup àcid carboxílic (-COOH), dos hidrògens i un grup amino (-NH2). Això el fa l'aminoàcid més petit i que no presenti isomeria. La isomeria és una característica important en els aminoàcids, ja que dels dos enantiòmers possibles (anomenats isòmers D i L), en els éssers vius (a excepció de la paret cel·lular d'alguns bacteris) només trobem l'enantiòmer L.

De fet, la descoberta de que les mostres obtingudes de la cua del cometa Wild2 contenien glicina es va fer al 2006, però no ha estat fins ara que ha estat confirmada amb anàlisis més detallats. La història comença el dia 2 de Gener del 2004 quan la sonda Stardust va travessar la cua del cometa, agafant algunes mostres que després enviaria a la Terra. Les anàlisis de les mostres van revelar que en el cometa hi havia un dels aminoàcids més senzills, la glicina. El dubte però era poder afirmar si realment no es tractava d'una contaminació. Els anàlisis que s'han fet ara dels isòtops que contenen les mostres sembla concloure definitivament que la glicina provenia del cometa.

La descoberta és important per entendre l'origen de la vida i com a partir de molècules senzilles (existents en la Terra primitiva) es poden haver format molècules més complexes (com els aminoàcids) precursores de les biomolècules. De fet en els clàssics experiments de Miller ja s'obtenia l'aminoàcid glicina (a més d'altres molècules orgàniques) a partir de metà, amoníac, hidrogen i aigua, amb descàrregues elèctriques de 60.000 V.

Una de les teories (anomenada panspèrmia) que podria explicar la formació d'aquestes substàncies és precisament que aparegueren en la Terra portats per les col·lisions de cometes. Personalment, però, trobo que aquests tipus d'explicacions no expliquen com es van sintetitzar aquestes substàncies, si no que traslladen la qüestió a milers d'anys llums de distància. Llàstima també que en el cometa només hagin trobat l'aminoàcid glicina. L'anàlisi de la isomeria d'altres aminoàcids que s'haguessin trobat en el cometa, segur que hagués estat també molt interessant.

El telescopi un invent d'un catala

2009-08-25T14:39:00.017+02:00

Avui tal i com podeu veure en el logo del cercador Google, es celebra el 400 aniversari de la presentació del Telescopi. Sembla que tal dia com avui de fa 400 anys, en un sopar d'homenatge a Galileu es va presentar l'invent davant el senat de Venècia. Bona elecció la de fer un sopar, doncs després els assistents van poder fer us de l'invent presentat i observar els satèl·lits de Jupiter. Sembla que durant l'any 1609, l'astrònom Galileu Galilei va rebre la notícia de l'existència d'un aparell, el perspicilli o telescopi, que permetia engrandir els objectes llunyans i en va decidir construir un. Les seves observacions amb el telescopi publicades a Venècia al Maig del 1610 en un llibre titulat Sidereus Nuncius, un llibre en llatí de només 30 pàgines però que revolucionaria per sempre l'observació dels estels.

La invenció del telescopi es un aspecte polèmic. Segons la versió anglesa de la Wikipedia (i en l'article següent), hi ha controvèrsia sobre quin dels tres holandesos, Hans Lippershey, Zacharias Janssen, i Jacob Metius, va ser l'inventor. De fet, Hans Lipperhey va registrar la patent del telescopi el 2 d'octubre de 1608, però Jacob Metius ho va intentar el 14 d'octubre i Zacharias Janssen el 17 d'octubre del mateix any. La versió en espanyol de la Wikipedia, però, ens dóna altres dades. En l'article en espanyol es fa ressò d'una nova teoria segons la qual l'inventor va ser un català de Girona, en Joan Roget al 1590. La nova teoria la va publicar l'informàtic Nick Pelling a la revista anglesa History Today. Seguint les investigacions d'un altre català Josep Maria Simón de Guilleuma (1886-1965) en Nick descriu la hipòtesis de que algun dels telescopis fets per en Joan Roget van arribar a les mans de Zacharias Janssen que viatja a Holanda per a comprar unes lents noves per al Telescopi. Intenta que en Hans Lipperhey i Jacob Metius li construeixin unes lents noves, sense adonar-se'n que tots dos li roben la idea i intenten patentar l'invent. En Lipperhey va ser el més ràpid i encara que la patent li va ser denegada, va ser recompensat pel govern holandès pel seu invent. És doncs el telescopi un altre invent català?

Posa a prova els teus coneixements cientifics

2009-08-21T12:04:00.016+02:00

Us tradueixo d'un diari canadenc un altre test per a que poseu a prova els vostres coneixements científics (aquest una mica més seriós que el "The Science Knowledge Quiz").

1. Quina de les següents etapes No forma part de l’anomenat mètode científic?
a. Observació acurada de la natura
b. La construcció de teories per explicar el que observem
c. Provar les prediccions de les teories en contra de noves observacions
d. Totes les anteriors són part del mètode científic

2. La lluna té fases perquè ...
a. Passa a través de l'ombra de la Terra cada mes
b. Només el costat de la lluna que rep la llum del sol s'il•lumina
c. La lluna causa les marees en els oceans
d. Cap de les anteriors

3. Una vegada que es crema la benzina al teu cotxe, part de l'energia de la benzina
a. Entra a l’ambient en forma de calor
b. Es perd per sempre
c. Ha de ser substituïda per la perforació de més petroli
d. Cap de les anteriors

4. Quan en un dia fred toques l'interior d'una finestra que té un marc de fusta i trobes que el vidre està més fred que la fusta. Això és degut a que
a. El vidre està a una temperatura més baixa
b. La fusta condueix pitjor la calor que el vidre
c. La fusta genera més calor que el vidre
d. Cap de les anteriors

5. El llamp és el resultat de
a. Grans camps magnètics en núvols de tempesta
b. Flaixos intensos de llum als núvols
c. El flux de càrregues elèctriques entre el núvol i el sòl
d. Cap de les anteriors

6. La diferència entre les ones de ràdio i la llum visible és que
a. Les ones de radio generen camps elèctrics però la llum no
b. Les ones de radio generen camps magnètics però la llum no
c. La llum visible té una longitud d'ona més llarga que les ones de radio
d. La llum visible té una longitud d'ona més curta que les ones de radio

7. Segons la Teoria de la Relativitat
a. Cap objecte amb massa pot ser accelerat més enllà de la velocitat de la llum
b. Els rellotges en moviment van més a poc a poc que els que no es mouen
c. Els objectes que es mouen s'escurcen en la direcció del moviment
d. Totes les anteriors

8. Els nous materials són creats pels científics
a. Canviant les propietats dels àtoms
b. Descobrint nous tipus d'àtoms
c. Unint àtoms coneguts de maneres noves
d. Cap de les anteriors

9. El principi d'incertesa de Heisenberg diu que
a. No es pot mesurar la posició exacta d'un electró
b. No es pot mesurar la velocitat exacta d'un electró
c. No es pot mesurar simultàniament la posició i la velocitat de l'electró exactament
d. Mai es pot mesurar exactament qualsevol propietat dels electrons

10. Les reaccions químiques
a. Tenen lloc només en els tubs d'assaig
b. Sempre són perilloses
c. Tenen lloc a tot arreu en la natura
d. Tenen lloc només en l’interior dels éssers vius

11. Quin dels següents tipus de materials condueix millor l'electricitat?
a. Vidre
b. Metall
c. Fusta
d. Tots ells són bons conductors

12. La datació d’antics materials basada en el carboni és possible perquè
a. El carboni és negre i absorbeix la llum solar
b. El carboni és un element químic molt comú
c. Alguns dels isòtops de carboni són radioactius
d. Cap de les anteriors

13. Esmenta alguna diferència entre la fusió nuclear i la fissió nuclear
a. La fissió s'utilitza per generar electricitat, mentre que la fusió no
b. La fusió s'utilitza per generar electricitat, mentre que la fissió no
c. La fissió és la font d'energia de les estrelles, no així la fusió
d. Cap de les anteriors

14. Un accelerador de partícules serveix per
a. Fer cotxes experimentals que vagin més ràpids
b. Accelerar les reaccions químiques
c. Explorar l'estructura bàsica de la matèria
d. Cap de les anteriors

15. Quina edat té aproximadament el sol?
a. Milers d'anys
b. Milions d'anys
c. Milers de milions d'anys
d. Bilions d'anys

16. Quina de les següents opcions descriu millor l'edat del sistema solar i l'univers?
a. El sol és molt més jove que l'univers
b. El sol i l'univers són de la mateixa edat
c. El sol té aproximadament la mateixa edat que la Via Làctia
d. El sol és més jove que la Via Làctia

17. Quina edat té aproximadament la Terra?
a. Milers d'anys
b. Milions d'anys
c. Milers de milions d'anys
d. Bilions d'anys

18. Quina de les següents és una característica permanent de la superfície de la Terra?
a. a L'oceà Atlàntic
b. Les muntanyes Rocoses
c. El desert del Sàhara
d. Cap característica geològica de la superfície de la Terra ha estat sempre permanent

19.La majoria de l'aigua dolça en el món es troba a
a. L'est dels Estats Units
b. L’Antàrtida
c. Els Grans Llacs
d. Cap de les anteriors

20. La pluja àcida està causada principalment per
a. Àcids naturals que es troben en l'atmosfera
b. Material emès pels refrigerants dels equips d'aire acondicionat
c. Material emès per xemeneies industrials i automòbils
d. La destrucció de la capa d'ozó

21. Les espècies més abundants al món són
a. Mamífers
b. Peixos
c. Insectes
d. Aus

22. L'interior de les cèl•lules en el cos humà
a. Conté nombroses i complexes subunitats
b. Cap d'elles té nucli
c. No funciona per les mateixes regles de la química com en la matèria no viva
d. Cap de les anteriors

23. Una dieta saludable ha de contenir (amb moderació)
a. Greixos
b. Hidrats de carboni
c. Proteïnes
d. Totes les anteriors

24. El DNA o ADN
a. Conté la informació que permet a les cèl•lules catalitzar les reaccions químiques
b. Es troba en el citoplasma de les cèl•lules eucariotes
c. Està format per aminoàcids
d. Cap de les anteriors

25. Les cèl•lules mare
a. Només es troben en els éssers humans
b. Només es poden generar en el laboratori
c. Tenen la capacitat de produir qualsevol tipus de teixit en el cos
d. Cap de les anteriors

26. Quan van aparèixer a la Terra els primers homínids?
a. Fa milers d'anys
b. Fa milions d'anys
c. Fa milers de milions d'anys
d. Fa bilions d'anys

Cliqueu aquí per veure les RESPOSTES

Nota: Algunes de les preguntes originals han estat adaptades ja que eren poc clares o confoses.

Xesco Boix

2009-07-21T20:04:00.014+02:00

El 21 de Juliol de 1984 (avui tot just en fa 25 anys) moria, als 36 anys, el cantant, educador, conta-contes i amic dels nens Xesco Boix. Els qui no coneixeu les seves cançons i contes us recomano, molt especialment si teniu nens, que el descobriu. La digitalització de les hemeroteques dels diaris, l'accés a vídeos a través d'Internet i l'esforç de molta gent, fa que ara sigui possible recuperar aquest gran personatge a través d'Internet. Només cal que aneu a l'adreça http://www.xesco.cat/ o http://www.xescosantpedor.info/ o http://vol-oreneta.blogspot.com/ i a partir d'aquí navegueu i navegueu.

Només afegir la recomanació d'un recopilatori de contes que explicava en Xesco: "L'arbre generós" publicat per La Galera; una auca dedicada a ell, i alguns vídeos on se'l veu en plena acció.

Fragments de vídeo del programa de TV3 "Noms" dedicat a Xesco Boix.

Graus de Biociencies a Catalunya

2009-07-20T17:20:00.014+02:00

Avui s'han fet públiques les notes de tall dels diferents Ensenyaments de les Universitats Catalanes pel proper curs 2009-2010. El curs vinent ve marcat especialment per l'entrada de l'Espai Europeu d'Educació Superior (EEES). En aquest marc Europeu, les carreres passen a anomenar-se Graus i ser (la majoria d'elles) de 4 anys o 240 crèdits ECTS. També representa un gran canvi respecte a la situació actual, ja que desapareix el que s'anomenava Catàleg de títols, i les Universitats poden proposar nous noms i carreres diferents que fins ara no existien. La condició és que passin el que s'anomena un procés d'acreditació (o Verificació) per part de l'ANECA i també que la Comunitat Autònoma a la que pertany la Universitat doni el seu vistiplau.

En el camp del que podem anomenar BioCiències, pel curs vinent hi ha grans canvis. Les actuals llicenciatures de Biologia, Bioquímica (fins ara Ensenyament només de segon cicle) i Biotecnologia s'han adaptat al EEES i ara s'anomenaran Graus i seran de 4 anys de durada. La llicenciatura en Bioquímica de la Universitat Rovira i Virgili (URV) s'ha transformat en l'anomenat Grau de Bioquímica i Biologia Molecular, mentre que les llicenciatures de Bioquímica que ofertaven les Universitats de Barcelona (UB) i Autònoma de Barcelona (UAB) s'han transformat en un Grau en Bioquímica. Respecte a la Biotecnologia les novetats són que a més de la URV, UAB, Universitat de Vic (Uvic) i Universitat de Lleida (UdL), el curs vinent també ofertaran un Grau de Biotecnologia la UB i la Universitat de Girona (UdG).
A més han aparegut noves titulacions en aquest àmbit de les BioCiències. Entre elles:

Diversos Graus de Biomedicina o Ciències Biomèdiques a la UdL, UB i UAB
Un Grau de Medicina Molecular a la UB
Un Grau de Genètica a la UAB
Un Grau de Microbiologia a la UAB

La demanda de tots aquests Graus adaptats a l'EEES ha estat molt alta. Fixeu-vos en les notes de Tall de la següent imatge:

Fes click a la imatge per fer-la gran

Sembla que les BioCiències estan de moda, i és que el potencial que sembla que tenen les fa molt atractives. Veurem com evoluciona aquesta oferta i demanda en els propers anys.

Podeu veure també la següent notícia de "La Vanguardia"

The Science Knowledge Quiz

2009-07-14T12:37:00.004+02:00

Vols provar si els teus coneixements científics són més grans que la mitjana de la població americana? No sembla gaire difícil i així ho demostra aquest test que podeu fer on-line (això sí en anglès). Són només 12 preguntes molt senzilles.

I do 30: Campanya Europea per rentar a Temperatures mes baixes

2009-06-29T12:47:00.013+02:00

L'empresa danesa Novozymes ha començat una campanya titulada "I do 30" (Jo ho faig a 30) per tal de que la gent faci servir temperatures més baixes (fins a 30 graus) quan posem la rentadora. Quin benefici s'obtindria si tots els Europeus ho féssim? Segons aquesta empresa, la reducció de 60 a 40 o 30 graus C suposaria un estalvi energètic equivalent a un estalvi d'emissions de 12 milions de Tones de CO₂ a l'any, equivalent a les emissions anuals de 3 milions de cotxes.

La qüestió és que habitualment no calen Temperatures de 60 graus C per a rentar la roba a casa. De fet, la gran majoria de detergents per rentar roba (els de rentaplats també) que es venen a Europa, contenen enzims que permeten rentar d'una manera eficient a T més baixes (veieu el següent enllaç).

No a tots els països industrialitzats, però, les rentadores són iguals i es renta de la mateixa manera. Veieu la taula següent:
Els japonesos i americans fan rentades amb menys roba, temps de rentat més curts, però amb un gran consum d'aigua.

Fins i tot les taques no són iguals en tots els països. Si comparem per exemple les taques "estàndard" entre Espanya i Alemanya, les taques "espanyoles" són en major proporció taques d'oli i salsa de tomàquet, en canvi els alemanys tenen més taques de sang, orina, fang i oli de motor ....

Us adheriu a la campanya?

Especial sobre evolucio a la revista de la SEBBM

2009-06-25T21:41:00.011+02:00

El número de Juny de la revista de la "Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular (SEBBM)" inclou un dossier científic sobre l'estudi de l'evolució al Segle XXI. El dossier, coordinat pel Dr Juli Peretó, inclou un article introductori titulat "Sobre evolución, bioquímica y biología molecular: añada la palabra clave complejidad" del mateix Dr Peretó, i 5 articles:

"Diez días que no conmovieron al mundo" del Dr Ricardo Guerrero
"La selección natural en el siglo XXI" del Dr Jaume Bertranpetit
"¿Por qué aún cuesta tanto aceptar la teoría de la evolución? Algunas reflexiones" de la Dra María de la Luz Cárdenas Cerda
"Evolución y metástasis del cáncer" del Dr Joan Massagué

Tots ells molt recomanables. Però i el cinquè article? Sense ser gens objectiu, us recomano també que llegiu l'article que porta per títol "Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies.". Aquest article ha estat una petita contribució des de Tarragona i Bethesda ... ja em direu que us sembla. Per cert, en l'article no s'esmenta, però caldria agrair al Dr Pallejà la lectura d'un esborrany i la correcció d'algunes errades amb les dates ....

Ja que la revista està en castellà, us deixo almenys el resum d'aquest darrer article en català:

L'estudi de l'evolució i la recerca de l'arbre de la vida (tree of life) estan més vigents que mai. Les noves dades provinents de les seqüenciacions dels genomes de diferents espècies, al contrari del que es creia, no han permès la reconstrucció d'un únic arbre filogenètic on es representin totes les relacions evolutives de les espècies. Aquestes noves dades han provocat però la reconsideració d'alguns conceptes i la introducció de nous paradigmes. La representació de les relacions entre les espècies mitjançant un arbre filogenètic potser no és la més adient i han sorgit noves representacions com una xarxa (network of life) o un bosc (forest of life)"

Subasta benèfica per a sequenciar el teu genoma

2009-04-24T08:00:00.000+02:00

Voleu la seqüència del vostre genoma? Voleu afegir-vos a la llista de personatges il·lustres dels que s'ha seqüenciat el seu genoma i han fet pública la seqüència?
Doncs a partir d'avui i fins el 4 de Maig comença una subasta que ho pot fer possible. El preu de sortida comença amb 68.000$ i la persona que pugi més guanya aquest premi tan especial. A més el guanyador s'emporta:

Una còpia digital de la seqüència del seu genoma.
Accés a un sofware especialitzat d'una companyia privada per a navegar i explorar el seu genoma.
Una taula rodona privada amb experts genetistes, metges i bioinformàtics al Harvard Club de Boston on t'explicaran i discutiran totes les conclusions que es poden extreure avui en dia de la seqüència.
Un sopar privat amb el Professor George Church, co-fundador de l'empresa que s'encarregarà de la seqüenciació, i una visita exclusiva a aquesta empresa.
4 nits al Hotel exclusiu "Mandarin Oriental Hotel" a Boston.

Què us sembla? No em queda clar que en faran amb els diners. Sembla que aniran a parar a la X PRIZE Foundation, però per a què?

Més informació.

DNA Copernic

2009-04-04T12:00:00.000+02:00

Encara que amb una mica de retard, la notícia és de finals de Novembre del 2008, aquest blog vol fer ressò d'una troballa històrica més, confirmada gràcies als anàlisis de DNA. Es tracta de la identificació de les restes de Nicolau Copèrnic, enterrades a la catedral de Frombork, Polònia, la ciutat on va viure i morir al 1543. Les restes van ser trobades a l'agost del 2005 i els anàlisis forenses van posar de manifest que corresponien a un home d'uns 70 anys. L'edat de Copèrnic quan va morir. De fet estava documentat que Copèrnic havia estat enterrat en aquesta catedral, però no s'havien trobat les seves restes. A partir dels óssos trobats fins i tot es va fer una reconstrucció de com podia haver estat l'aparença de Copèrnic.

La confirmació de que les restes trobades corresponen a Copèrnic s'ha fet gràcies a la comparació del DNA extret de les dents i del fèmur de les restes trobades i el DNA extret d'un pel de Copèrnic i trobat en un llibre que se sabia que havia estat d'ell i que es conserva a la Universitat d'Uppsala, Suècia.

Tota la història de la identificació s'explica en un documental titulat "Copernicus Code Mystery", emès el 19 de Novembre del 2008 per la televisió Sueca. A manca de trobar el documental complert, us deixo un petítisim trailer:

El DNA posa fi al misteri de la princesa Anastasia

2009-03-12T20:53:00.013+01:00

1a part: La matinada del 17 de Juliol de 1918, l'últim Zar de Rússia, Nicolau II, és assassinat juntament amb la seva dóna, la Zarina Alexandra, els seus 5 fills i 4 servents. Els assassins tenen instruccions de mutilar i amagar els cossos per a que no puguin ser reconeguts. És per això que els cremen i ruixen amb àcids i els enterren.

2a part, 1991: Es fa públic que les restes d'una fossa trobada a Yekaterimburg, descoberta durant els anys 70 pel geòleg Alexander Avdonin, poden contenir els restes del Zar i la família Romanov. Anàlisis genètics posteriors (del 1994 i 1996) demostren que les restes trobades corresponen al Zar Nicolau II, la Zarina Alexandra, tres de les seves filles i 4 dels seus servents. No es troben però els restes del príncep Alexis i una de les filles. Això fa que es reobrin els rumors de que potser hi va haver algun supervivent, com la princesa Anastasia.

3a part, Juliol de 1997: A uns 70 metres de la fossa descoberta amb anterioritat es troba una segona fossa amb les restes de dues persones. Són els dos fills que falten?

4a part, 10 de Març del 2009: La revista científica PLOS one publica un article on es mostren les proves de que les dues últimes restes són les dels dos fills dels Romanov que quedaven per a identificar. Com podem estar segurs d'aquest fet? entre altres evidències, les anàlisis del DNA extret de les restes ho demostra clarament. Una de les dues persones, segons el anàlisis de DNA, correspon a un nen amb un cromosoma Y idèntic al de les restes extretes de la primera fossa, identificat com a corresponents al Zar Nicolau II. Com que el cromosoma Y només s'hereda de pare a fill, no queda dubte de que es tracten de les restes d'Alexis. Per una altra banda, la segona de les dues persones trobades a la segona fossa, corresponen a una nena, amb un DNA mitocondrial idèntic al de la Zarina i les altres filles trobades en la primera fossa. Com que el DNA mitocondrial només s'hereda de Mare a filles, les restes corresponen a la filla dels Zars de Rússia que quedava per trobar.

Com podem estar segurs però de que les restes de la primera fossa són realment els del Zar, la seva dóna i tres de les seves filles? Doncs perquè nous anàlisis genètics de les restes de la primera fossa posen de manifest la semblança genètica de les restes amb descendents vius de la família, i perquè el DNA suposadament del Zar coincideix amb el DNA extret d'una taca de sang d'una camisa que portava el Zar Nicolau II al 1891 al Japó i que es va conserva com a relíquia. Per tant, misteri ressol: Ni el Zar, la seva dóna ni cap dels seus fills va sobreviure.

Bé, hi ha però un petit detall encara per resoldre. Ni l'anàlisi de les restes trobades ni les anàlisis de DNA poden distingir entre les restes de les princeses Maria (de 19 anys quan va morir) i Anastasia (de 17 anys quan va morir), una enterrada en la primera fossa, i l'altre a la segona.

Celabrant el dia de Darwin

2009-02-12T00:01:00.008+01:00

Qualsevol blog que parli algun cop de Ciència, aquest any 2009 ha de fer referència, sens dubte, a Charles Darwin i al fet que aquest any es celebra el 200 aniversari del seu naixement (en concret, avui 12 de febrer és el Darwing Day) i el 150 aniversari de la publicació del seu llibre "Origen de les espècies". Coincidint amb la iniciativa Blog for Darwin, aquest blog hi contribueix amb un breu qüestionari sobre Darwin. T'atreveixes a contestar a les preguntes?

Si vols estudiar una mica abans de fer el qüestionari o descobrir noves coses al voltant de Darwin pots fer-ho en els enllaços següents:

Darwin online: trobareu on line tota la seva obra
Darwin Correspondence Project
aboutdarwin.com
Natural History Museum, London
Darwin Aloud:Una iniciativa on si et graves llegint un fragment de l'Origen de les espècies els ho envies i potser sortiràs en un muntatge que apareixerà el 23 de Març
Especial sobre Darwin a la revista Nature
Especial sobre Darwin a The New York Times
Especial sobre Darwin a Scientific American
Darwin 2009 del CSIC
Darwin Correspondence Project
darwin2009.cat
Darwin 200
Darwin at The Open University
BBC Darwin
National Geographic. Inclou un qüestionari de 10 preguntes en anglès

Preparant "The Darwin Day"

2009-02-03T12:43:00.008+01:00

Aneu-vos preparant pel Darwin day, el dia de Darwin. Serà el proper 12 de Febrer, dia en que es celebra el dia del seu naixement. Aquest any serà realment especial, doncs es celebra el 200 aniversari del seu naixement i el 150 aniversari de la publicació del seu llibre "Origen de les espècies". Hi ha un munt d'actes programats arreu del món per aquest dia i també haureu vist a les revistes, suplements dominicals, ... un munt de reportatges sobre Darwin. Una iniciativa molt encertada anomenada Blog for Darwin pretén recollir tots els blogs que durant el dia 12 o dies posteriors parlaran sobre Darwin. Ja us avanço que aquest blog contribuirà al dia Darwin i per això ja ha estat inscrit en aquesta iniciativa del Blog for Darwin. A més, per a que us aneu preparant he afegit un compte-enrera pels dies que queden.

Per a que aneu fent boca, us deixo una petita tira còmica sobre Darwin i com va salvar el món:

Comics de ciencia

2009-01-27T21:10:00.004+01:00

El material per divulgar la ciència sempre és benvingut. Com més divers sigui, més possibilitats tindrem i a més varietat de gent es podrà arribar. Acaba de sortir al mercat un còmic molt especial. S'anomena The Stuff of Life. A Graphic Guide to Genetics and DNA, i explica en forma de còmic un grapat de conceptes de Biologia Molecular. En el següent enllaç podeu veure una petita mostra. Què us sembla? Us deixo també a continuació un vídeo promocional de l'esmentat còmic.

Ciencia i humor (viii): A que es dedica un Professor Universitari?

2009-01-23T18:01:00.007+01:00

Voleu saber a què dedica el seu temps un professor universitari? Segons dades reals del 1999 del Higher Education Research Institute (HERI) un professor universitari americà dedicava un 59% del seu temps a la docència, un 18% a la recerca i un 23% en gestió.

Però què és el que espera d'ell la seva Universitat? Un 20% en docència, un 175% a la recerca i un 20% a la gestió.
http://www.phdcomics.com/

Però, finalment, els professors, com la gran majoria de mortals, preferirien que ningú els hi digués el que han de fer.

El genoma del tigre de Tasmania

2009-01-16T22:55:00.004+01:00

El llop marsupial, a vegades també anomenat tigre de Tasmània, és un animal extingit de la espècie Thylacinus cynocephalus que va viure a Austràlia i Tasmània. Va quedar restringit a Tasmània, on després de caceres abusives al llarg del segle XIX va anar desapareixent progressivament. L'últim exemplar va morir al zoo de Hobart l'any 1936.

Després de 73 anys de la seva extinció, aquest animal torna a ser notícia. El passat 13 de Gener un grup d'investigadors d'arreu del món (entre ells l'espanyol Juan Luis Arsuaga) liderats per científics de la Pennsylvania State University, han publicat un article on descriuen la seqüenciació, a partir de mostres extretes de dos espècimens conservats en un Museu, del genoma mitocondrial d'aquesta espècie. No és la primera espècie extingida de la que s'ha seqüenciat el seu genoma, doncs disposem ja de la seqüència del genoma nuclear quasi complert del Mamut, i el genoma mitocondrial i molt properament el genoma nuclear complert de l'home de Neardental. Però podríem dir que el tigre de Tasmània és el primer animal extingit del que hi han però fotografies (i alguna filmació) en vida, del que s'ha seqüenciat en la seva totalitat el genoma mitocondrial.

Al 1989, però, ja es va seqüenciar dos fragments corresponents a dos gens mitocondrials: un fragment de 108 parells de bases del gen que codifica per a la subunitat 12S del RNA ribosòmic i un fragment de 115 parells de bases del gen del citocrom b. I més tard al 1997 i al 2000 es van seqüenciar 950 (Gb:U87405) i 1146 (Gb:M99452) parells de base dels dos gens anteriors. A nivell més personal, la notícia de la seqüenciació del genoma mitocondrial del Tigre de Tasmània m'ha fet certa gràcia. Precisament aquest dies estic corregint un exercici on plantejava als meus alumnes que establissin a partir de la seqüència de 1146 nucleòtids del citocrom b del Tigre de Tasmània i la comparació amb altres seqüencies de citocrom b d'altres espècies, a quins animals s'assemblava més el Tigre de Tasmània, o dit d'altra manera quina era la seva posició en l'arbre de les espècies.

Tot i anomenar-se Tigre de Tasmània, es tractava d'un animal marsupial carnívor. Devia el seu nom (llop marsupial) a la seva semblança morfològica amb un llop, encara que aquesta semblança (i d'altres, per exemple amb un altre carnívor marsupial ja extingit de Sud-americà) era deguda al que en evolució s'anomena convergència evolutiva. L'anàlisi de les seqüències de DNA mostren, com han fet també els meus alumnes, que els animals més similars al Tigre de Tasmània son altres marsupials com els cangurs.

Més informació:

Involucio

2009-01-10T14:38:00.014+01:00

Segons l'Enciclopèdia catalana, podem definir involució com el "Conjunt de modificacions regressives naturals o per alteracions (regeneracions, reorganitzacions, malalties, etc) que s'esdevenen dins una cèl·lula, un òrgan o un organisme. Es desenvolupen progressivament, com és ara les senils o la del timus a la pubertat.".
El terme en anglès s'anomena "de-evolution", però no sembla que sigui un terme gaire científic ja que l'evolució no té cap propòsit ni direcció. Dir que l'home és l'espècie més evolucionada o complexa és una de les equivocacions més comunes que es fa al parlar d'evolució.

A vegades però sembla veritat que l'home està involucionant.
Però no patiu en el blog Abulafia trobareu la resposta. No us perdeu, senzillament GENIAL.

Feliç Any 2009

2009-01-01T00:05:00.000+01:00

FELIÇ ANY 2009 BLOGEROS

Per a que pensem també durant aquest nou any en els més desafavorits, us deixo una cançó. Feu Play i deixeu-vos empapar per la lletra.

CANCIÓN DE NAVIDAD

El fin de año huele a compras,
enhorabuenas y postales
con votos de renovación;
y yo que sé del otro mundo
que pide vida en los portales,
me doy a hacer una canción.
La gente luce estar de acuerdo,
maravillosamente todo
parece afín al celebrar.
Unos festejan sus millones,
otros la camisita limpia
y hay quien no sabe qué es brindar.

Mi canción no es del cielo,
las estrellas, la luna,
porque a ti te la entrego,
que no tienes ninguna.

Mi canción no es tan sólo
de quien pueda escucharla,
porque a veces el sordo
lleva más para amarla.

Tener no es signo de malvado
y no tener tampoco es prueba
de que acompañe la virtud;
pero el que nace bien parado,
en procurarse lo que anhela
no tiene que invertir salud.

Por eso canto a quien no escucha,
a quien no dejan escucharme,
a quien ya nunca me escuchó:
al que su cotidiana lucha
me da razones para amarle:
a aquel que nadie le cantó.

Autor:SILVIO RODRÍGUEZ DOMÍNGUEZ

Album:RODRÍGUEZ; 1994

Dedico estre trabajo a la memoria de mi padre, Dagoberto Rodríguez, nacido en Vereda Nueva en 1923, pensador, campesino, tallador de diamantes, quien descansó en La Habana en 1994 luego de hacerme ver que «la vida es bella y en colores».
Silvio Rodríguez, La Habana, Octubre de 1994.

En Silvio Rodríguez és un dels cantautors cubans més apreciats tant al seu país com a la resta del món. Un molt bon amic me'l va fer descobrir ja fa uns anys després d'una llarga estada a Nicaragua i des de llavors sempre m'ha acompanyat.

Nou equip Assessor d'Obama sobre ciencia

2008-12-30T09:00:00.003+01:00

El President Obama fa just uns dies que ha anunciat el seu nou equip que l'haurà d'assessorar sobre qüestions científiques. Aquí us deixo un vídeo del seu discurs, així com el text original i una traducció que m'he permès fer amb l'ajuda d'alguns traductors automàtics. Com a declaració d'intencions sobre el paper de la ciència en la nova Administració no està gens malamens. Esperem que sigui realment així.

Remarks of the President-Elect Barack Obama
Science Team Rollout Radio Address
Friday, December 17, 2008
Chicago, Illinois

Over the past few weeks, Vice President-Elect Biden and I have announced some of the leaders who will advise us as we seek to meet America’s twenty-first century challenges, from strengthening our security, to rebuilding our economy, to preserving our planet for our children and grandchildren. Today, I am pleased to announce members of my science and technology team whose work will be critical to these efforts.

Whether it’s the science to slow global warming; the technology to protect our troops and confront bioterror and weapons of mass destruction; the research to find life-saving cures; or the innovations to remake our industries and create twenty-first century jobs—today, more than ever before, science holds the key to our survival as a planet and our security and prosperity as a nation. It is time we once again put science at the top of our agenda and worked to restore America’s place as the world leader in science and technology.

Right now, in labs, classrooms and companies across America, our leading minds are hard at work chasing the next big idea, on the cusp of breakthroughs that could revolutionize our lives. But history tells us that they cannot do it alone. From landing on the moon, to sequencing the human genome, to inventing the Internet, America has been the first to cross that new frontier because we had leaders who paved the way: leaders like President Kennedy, who inspired us to push the boundaries of the known world and achieve the impossible; leaders who not only invested in our scientists, but who respected the integrity of the scientific process.

Because the truth is that promoting science isn’t just about providing resources—it’s about protecting free and open inquiry. It’s about ensuring that facts and evidence are never twisted or obscured by politics or ideology. It’s about listening to what our scientists have to say, even when it’s inconvenient—especially when it’s inconvenient. Because the highest purpose of science is the search for knowledge, truth and a greater understanding of the world around us. That will be my goal as President of the United States—and I could not have a better team to guide me in this work.

Dr. John Holdren has agreed to serve as Assistant to the President for Science and Technology and Director of the White House Office of Science and Technology Policy. John is a professor and Director of the Program on Science, Technology, and Public Policy at Harvard’s Kennedy School of Government, as well as President and Director of the Woods Hole Research Center. A physicist renowned for his work on climate and energy, he’s received numerous honors and awards for his contributions and has been one of the most passionate and persistent voices of our time about the growing threat of climate change. I look forward to his wise counsel in the years ahead.

John will also serve as a Co-Chair of the President’s Council of Advisors on Science and Technology—or PCAST—as will Dr. Harold Varmus and Dr. Eric Lander. Together, they will work to remake PCAST into a vigorous external advisory council that will shape my thinking on the scientific aspects of my policy priorities.

Dr. Varmus is no stranger to this work. He is not just a path-breaking scientist, having won a Nobel Prize for his research on the causes of cancer—he also served as Director of the National Institutes of Health during the Clinton Administration. I am grateful he has answered the call to serve once again.

Dr. Eric Lander is the Founding Director of the Broad Institute at MIT and Harvard and was one of the driving forces behind mapping the human genome—one of the greatest scientific achievements in history. I know he will be a powerful voice in my Administration as we seek to find the causes and cures of our most devastating diseases.

Finally, Dr. Jane Lubchenco has accepted my nomination as the Administrator of NOAA, the National Oceanic and Atmospheric Administration, which is devoted to conserving our marine and coastal resources and monitoring our weather. An internationally known environmental scientist and ecologist and former President of the American Association for the Advancement of Science, Jane has advised the President and Congress on scientific matters, and I am confident she will provide passionate and dedicated leadership at NOAA.

Working with these leaders, we will seek to draw on the power of science to both meet our challenges across the globe and revitalize our economy here at home. And I’ll be speaking more after the New Year about how my Administration will engage leaders in the technology community and harness technology and innovation to create jobs, enhance America’s competitiveness and advance our national priorities.

I am confident that if we recommit ourselves to discovery; if we support science education to create the next generation of scientists and engineers right here in America; if we have the vision to believe and invest in things unseen, then we can lead the world into a new future of peace and prosperity.

Thank you.

Comentaris del President Electe Barack Obama
Adreçat a la Ràdio sobre l'Equip de Ciència
Divendres, 17 de desembre, de 2008
Chicago, Illinois

Durant les passades setmanes, el Vice President electe Biden i jo hem anunciat alguns dels líders que ens han d'assessorar en la recerca de satisfer els reptes d'Amèrica del segle XXI i que ens han de portar a l'enfortiment de la nostra seguretat, la reconstrucció de la nostra economia, i a la preservació del nostre planeta per als nostres fills i néts. Avui, em plau anunciar els membres del meu equip de ciència i tecnologia la tasca del qual serà fonamental per aquests esforços.

Ja sigui en la ciència per alentir l'escalfament global, la tecnologia per protegir a les nostres tropes i fer front al bioterrorisme i les armes de destrucció massiva, la recerca per trobar cures que estalviïn vides, o les innovacions per refer les nostres indústries i per crear avui els llocs de treball del segle XXI, més que mai, la ciència és la clau per a la nostra supervivència com a planeta i la nostra seguretat i prosperitat com a nació. Ja és hora que, una vegada més, posem la ciència en les prioritats del nostre programa i treballem per restaurar el lloc dels Estats Units com a líder mundial en la ciència i tecnologia.

Ara mateix, en laboratoris, aules i empreses de tota Amèrica, les nostres principals ments estan treballant fort empaitant la propera gran idea, en la cúspide dels avenços que podrien revolucionar les nostres vides. Tanmateix, la història ens diu que no poden fer-ho sols. Des de l'aterrarratge a la lluna, fins a la seqüènciació del genoma humà, o la invenció d'Internet, els Estats Units han estat els primers en creuar la nova frontera, ja que hen tingut dirigents que han aplanat el camí: dirigents com el President Kennedy, que ens va inspirar per prémer els límits del món conegut i aconseguir l'impossible; dirigents que no solament invertien en els nostres científics, sinó que respectaven la integritat del procés científic.

Perquè la veritat és que la promoció de la ciència no és només proporcionar els recursos- es tracta de protegir la recerca lliure i oberta. Es tracta de garantir que els fets i les evidències no siguin enfosquits per la política o la ideologia. Es tracta d'escoltar el que els nostres científics han de dir, fins i tot quan no ens agrada, especialment quan no ens agrada. Degut a que el més alt propòsit de la ciència és la recerca del coneixement, la veritat i una comprensió més gran del món que ens envolta. Aquest serà el meu objectiu com a President dels Estats Units- i no podria tenir un millor equip per guiar-me en aquesta tasca.

El Dr. John Holdren ha acceptat servir com a Ajudant del President per a la Ciència i Tecnologia i Director de la oficina de Política de Ciència i Tecnologia de la Casa Blanca. John és professor i el Director del Programa sobre Ciència, Tecnologia, i Política Pública a la Harvard Kennedy School of Goverment, així com President i Director del Woods Hole Reserach Center. Un físic de renom pel seu treball sobre el clima i l'energia, que ha rebut nombrosos honors i premis per les seves contribucions i ha estat una de les més apassionades i persistents veus del nostre temps sobre la creixent amenaça del canvi climàtic. Espero amb interès els seus asenyats consells en els propers anys.

John també servirà com a Co-president del Consell d' Assessors de Ciència i Tecnologia o PCAST - igual que el Dr. Harold Varmus i el Dr. Eric Lander. Junts, treballaran per fer del PCAST un consell consultiu extern vigorós que formarà la meva manera de pensar sobre els aspectes científics de les meves prioritats polítiques.

El Dr. Varmus no és estrany a aquest treball. Ell no és només un científic pioner, després d'haver guanyat un Premi Nobel per les seves investigacions sobre les causes del càncer- també ha servit com a Director dels Instituts Nacionals de Salut durant l'Administració Clinton. Estic agraït que hagi respost a la crida a servir una vegada més.

El Dr. Eric Lander és el Director fundador del Broad Institute al MIT i Harvard i va ser una de les forces impulsores darrere de la seqüènciació dels genoma humà- un dels majors èxits científics de la història. Sé que serà una veu poderosa en la meva Administració quan tractem de trobar les causes i les cures de les nostres malalties més devastadores.

Finalment, la Dra. Jane Lubchenco ha acceptat el meu nomenament com Administradora de la NOAA, l'Administració Oceànica i Atmosfèrica Nacional, que es dedica a la conservació dels nostres recursos marins i costaners i es seguiment del nostre temps. Un científic mediambiental internacionalment conegut i ecòleg i anterior President de l'Associació Americana per a l'Avenç de la Ciència, Jane ha aconsellat al President i Congrés sobre matèries científiques, i estic segur que proporcionarà lideratge vehement i dedicació a la NOAA.

Treballant amb aquests dirigents, procurarem aprofitar el potencial de la ciència tant per a complir amb els nostres reptes com revitalitzar la nostra economia aquí a casa. Parlaré més després de l'Any Nou sobre com la meva Administració comprometrà als líders de la comunitat tecnològica i d'innovació per crear llocs de treball, millorar la competitivitat d'Amèrica i promoure les nostres prioritats nacionals.

Estic convençut que si volem renovar el nostre compromís amb el descobriment, si recolzem l'ensenyament de la ciència per a crear la propera generació de científics i enginyers aquí a Amèrica; si tenim la visió per creure i invertir en coses no tangibles, llavors podem portar al món a un futur nou de pau i prosperitat.

Gràcies.

Gens amb noms curiosos

2008-12-22T22:40:00.000+01:00

Posar noms als descobriments científics no sempre és fàcil. En el cas de la genètica, quan s’identifica un nou gen cal posar-li un nom. El nom ha de ser breu i per això tot sovint es fan servir acrònims. Hi ha diverses possibilitats per batejar un gen:

Hi ha qui tria un nom que expressi la funció (si es coneix) de la proteïna que codifica aquest gen, o un acrònim (com el gen EYS, acrònim en anglès de l'expressió "ulls tancats", involucrat en alguns dels casos de ceguera hereditària) o un codi numèric (si per exemple els gens provenen d’un projecte de seqüènciació d’un genoma complet). I és que això de batejar els gens no és gens fàcil i és més important del que sembla. Cal que a un gen se l’anomeni sempre de la mateixa manera (fins i tot en diferents espècies) per evitar confusions. I és que normalment el primer nom amb el que es bateja a un gen, té moltes probabilitats de que s’imposi. Hi ha qui a més, busca un nom divertit, o sense voler-ho, genera un nom que fa riure. Alguns noms curiosos o divertits que podem trobar de gens o mutacions són:

ken i barbie: De l'espècie Drosophila melanogaster. Anomenats així perquè els seus mutants els hi manquen els genitals externs, com als ninos ken i barbie
superman: De l'espècie Arabidopsis thaliana. Alguns mutants d'aquest gen tenen més estams en les flors. La mutació anomenada kryptonita suprimeix l'efecte del gen superman
Tequila: Un gen de la mosca Drosophila melanogaster que quan està mutat evita la formació de la memòria a llarg termini
pokemon
tango
merlin
Sonic Hedgehog
aladin (ALacrima-achalasia-ADrenal Insufficiency Neurologic disorder)
Pavarotti
ZZZ1

És habitual però que un gen tingui més d'un nom i que gens diferents tinguin el mateix nom o acrònim. Per tot això cal posar ordre. Hi han hagut casos de noms que han estat considerats ofensius i que han estat retirats o s’han mantingut els acrònims però s’ha canviat el seu nom. En alguns casos s’ha creat un grup d’experts per posar nom als gens. És el cas de l’HUGO Gene Nomenclature Committee que té com objectiu anomenar tots els gens humans d'una forma única i amb un nom que tingui un significat.

Una base de dades divertida s'anomena "Clever Gene names" i té com a objectiu recollir noms divertits de gens. Hi ha diverses categories com art, literatura, religió, sports, cultura popular, tràfic, ... amb diversos noms reals de gens per a cada categoria. Així si trobeu un nom d'un gen divertit, ho podeu compartir amb la resta de la comunitat.

El problema amb els noms dels gens no acaba aquí. Està descrit que alguns noms de gens (com el gen DEC1, NOV2, 2310009E13, ..., ) poden generar errors en el programa Microsoft Excel, doncs el programa els interpreta com una data o com un nombre i els canvia automàticament. Per tant si mai heu d'anomenar algun descobriment científic, penseu molt bé el nom ...

Craig Venter: un ferm candidat al Nobel

2008-12-05T21:30:00.005+01:00

Diuen que rectificar és de savis. Doncs bé, la meva opinió sobre el Dr J. Craig Venter ha canviat radicalment. La veritat és que fins ara, sense cap motiu concret, no era sant de la meva devoció. En una visió molt simplificada sobre la cursa/competició que va portar a principis del 2000 a la seqüenciació del genoma humà, el Dr Venter sempre ha estat el dolent de la pel·lícula. Ell representava una empresa comercial que volia fer diners (com totes les empreses), s'aprofitava de les dades del consorci públic i a més no feia públiques les seves dades. També en una visió molt idíl·lica de la realitat el consorci públic representava l'avenç de la ciència amb diners públics, l'altruisme i el fet de que tothom es pogués beneficiar dels avenços genòmics.

Què m'ha fet canviar d'opinió? Doncs la lectura del llibre del mateix Craig Venter "La vida descodificada". El llibre ve a ser unes memòries on explica tota la seva trajectòria humana i científica fins a l'actualitat, incloent informació sobre el seu genoma (un dels primers genomes humans que es va seqüenciar completament). I la veritat, els científics del consorci públic no queden gaire ben retratats. Segurament la veritat deu ser a mig camí del que diuen uns i el que diuen els altres. Respecte al llibre, la veritat és que si aconseguiu no abandonar-lo durant els primers capítols (on explica el principi de la seva vida i la seva experiència al Vietnam), que francament sobren, després s'anima amb la descripció de la ciència (però també sobre qüestions polítiques, comercials, ètiques, de relacions entre les persones, ...) que va viure com a protagonista. Sorprèn que al llarg del llibre, l'autor, va donant detalls del seu propi genoma, descrivint quines són les variants genètiques associades a la predisposició a patir alguna malaltia i quines variants té el seu propi genoma.

Ningú posa en dubte la contribució del Dr Venter en la seqüenciació del genoma humà (va rebre conjuntament amb altres investigadors de les dues parts, Celera i el consorci públic, el Premi Príncep d'Astúries de "Investigación Científica y Técnica" 2001), però sempre ha estat vist com el "noi dolent de la Biologia Molecular". Fixeu-vos si ha canviat la meva opinió sobre en Craig (ja no cal que el continuem anomenant tota l'estona Dr) que m'he fet del seu grup de fans del facebook ... i ja faig com els de l'editorial Espasa (editorial que ven la versió castellana del seu llibre) i considero ja al Dr Craig Venter com a guanyador del Premi Nobel, sense ser-ho (veieu el següent enllaç). De fet, les contribucions del Dr Craig Venter, que per cert és bioquímic, a la ciència són moltes i és que podem dir que sempre ha estat un innovador en tot el que ha fet. Algunes de les seves contribucions més importants són:

Desenvolupament dels ESTs, una estratègia per seqüènciar fragments de mRNA i que permet "caçar" els gens que s'expressen.
Va liderar el grup que va seqüenciar completament el primer genoma d'un organisme viu (sense contar els virus). En concret va seqüenciar el genoma del bacteri Haemophilus influenzae, al que van seguir els genomes de molts més microorganismes.
Va liderar el grup que va seqüenciar el genoma de la mosca de la fruita Drosophila melanogaster. Ho va fer com a banc de proves per a demostrar que l'estratègia de l'escopeta genòmica (que ja havia desenvolupat per seqüenciar els genomes bacterians) funciona en genomes més grans.
Va liderar el grup de l'empresa Celera genomics que va seqüenciar el genoma humà, utilitzant l'estratègia de l'escopeta genòmica.
Va ser l'iniciador dels projectes metagenòmics (consistents en aïllar i seqüenciar de forma global el DNA de diferents organismes que formen una comunitat). Així va agafar el seu veler, el Sorcerer II, i fent la volta al món, inspirat en el trajecte del Beagle que va fer Charles Darwin, va anar agafant mostres de l'aigua de diferents mars i oceans per aïllar i seqüenciar després el DNA que contenien.
Sintetitzar per primera vegada el genoma d'una espècie, en aquest cas el bacteri Mycoplasma genitalium, creant així un organisme nou (amb un missatge ocult inclòs en el seu genoma) batejat com Mycoplasma laboratorium.

Crec que qualsevol d'aquestes aportacions ja mereix per si sola el gran Premi ...

La privacitat genètica dels candidats presidencials

2008-11-27T22:00:00.000+01:00

Ara que ja ha estat escollit el proper president dels EEUU semblava que estaríem un temps tranquils, ja que, en principi, les properes eleccions presidencials americanes no seran fins d'aquí 4 anys, al 2012. Però sembla que ja es comença a parlar de la campanya del 2012. En un article recentment publicat a la prestigiosa revista New England Journal of Medicine es fan ressò dels debats que hi hagut sobre la salut dels candidats i la conveniència o no de que els candidats facin públics alguns detalls mèdics sobre la seva salut o les malalties patides pels seus familiars més directes. I és que d'aquí a 4 anys es possible que la seqüenciació del genoma humà de cada individu sigui molt més factible. Fins i tot discuteixen que obtindre una mostra del DNA d'un candidat presidencial (i d'una persona qualsevol) podria resultar relativament fàcil. Un got d'una festa o recepció, per exemple, podria ser aprofitat pel candidat de l'altre bàndol per obtindre una mostra de DNA i fer un assaig genètic per intentar aprofitar la informació obtinguda en el seu favor. Quin tipus d'informació es podria fer sevir contra un candidat? Doncs la susceptibilitat de patir alguna malaltia o trastorn psiquiàtric. Què us sembla?

Post inspirat en http://thepersonalgenome.com/2008/11/presidential-dna-dont-ask-dont-tel/

Ciencia amb humor (vii) - Genoma i comerç

2008-11-21T06:00:00.001+01:00

Continua la saga de les vinyetes còmiques sobre la seqüenciació del genoma humà. Ara sobre els aspectes més comercials.

Bioinformatica i Playstation

2008-11-17T06:00:00.005+01:00

Necessiteu una excusa per a comprar o que us regalin una Playstation3? Aquí en teniu una: Cada cop es fa servir més per fer Ciència. No, no és broma. Resulta que la gran potencia de càlcul del processador (anomenat Cell Broadband Engine, Cell BE) juntament amb el seu preu assequible, fan que sigui una opció interessant per a executar programes informàtics que requereixen una gran quantitat de càlculs. Així per exemple, alguns dels algoritmes bioinformàtics més usuals s'han implementat ja per poder-los executar en una Playstation 3. Algunes de les implementacions ja existents o en desenvolupament són:

De fet, una de les primeres notícies que vaig tenir sobre aquesta utilització provenia d'un grup de recerca de l'IMIM-UPF. Aquest grup ha iniciat el que s'anomena PS3GRID, una xarxa d'usuaris de videoconsoles que vulguin col·laborar en investigacions científiques. Consisteix en instal·lar un petit programa en una Playstation3, i cedir la potència de càlcul de la màquina durant les estones que està en marxa però en les que l'usuari no l'està fent servir, i col·laborar així en la recerca científica, en aquest cas sobre simulacions moleculars que estudien el plegament de les proteïnes. No és la única iniciativa de xarxa d'usuaris que cedeixen les seves CPUs. Al projecte Folding@Home també dedicat a la comprensió del plegament i agregació de les proteïnes i les malalties relacionades, es pot contribuir des de qualsevol ordinador i sistema operatiu. Però és a través de la Playstation3 que reben més resultats, tot i tenir menys usuaris. I qui no recorda el projecte SETI, l'impulsor d'aquest tipus de xarxes, en aquest cas per la recerca de vida extraterrestre.

Ciencia amb humor (vi) - Les implicacions etiques i morals de la seqüenciació del genoma humà

2008-11-11T06:00:00.003+01:00

Aquí continua les vinyetes còmiques en relació amb la seqüenciació del genoma humà. Aquí trobareu totes aquelles vinyetes més relacionades amb els aspectes ètics. I és que l'ús (o millor dit el mal ús) que es pot derivar de la informació continguda en el genoma humà, sempre ha estat un motiu de preocupació per a la societat. De fet al voltant d'un 4% del pressupost del consorci públic es va dedicar a l'estudi de les implicacions ètiques, legals i socials (Ethical, Legal, and Social Implications -ELSI-). De fet, el fet de dedicar un percentatge del pressupost per aquestes qüestions ho va improvisar el primer president del consorci públic, el famós James Watson, durant una conferència de premsa. Va dir:"El 3% dels diners nostres haurien de dedicar-se a temes ètics. Si us digués el 1%, la gent pensaria que és purament simbòlic, S us digués el 20% la gent pensaria que estic boig." Al final va ser un 4%.

Personal genomes

2008-11-06T21:40:00.004+01:00

Un dels temes recurrents últimament en aquest blog ha estat el de la seqüenciació del genoma humà. Doncs bé, avui hi ha hagut novetats importants en aquest camp, i és que avui la revista Nature publica diversos articles etiquetats com a "Personal genomes" (Genomes personals), relacionat amb la idea de que algun dia serà econòmicament viable la seqüenciació del genoma humà de cada individu. Fins avui, podem dir que hi havia 4 genomes humans completament seqüenciats:

El genoma seqüenciat pel consorci públic al 2001 utilitzant entre 10 i 20 mostres anònimes d'individus de diferents grups ètnics.
El genoma seqüenciat per Celera Genomics al 2001, utilitzant 5 donants anònims (3 dones i 2 homes) corresponents a un Hispà, un asiàtic, un africà, un afroamericà i un caucàsic. Respecte a aquests donants anònims, ràpidament es va estendre el rumor de que un d'ells (i el donant majoritari) era el mateix Craig Venter.
El genoma d'en James Watson, anunciat al 2007 i publicat al 2008 com el primer genoma humà seqüenciat d'una persona coneguda.
El genoma d'en Craig Venter, anunciat al 2007 com el primer genomà humà diploide seqüenciat (això vol dir que es va seqüenciar les dues còpies, la que prové del pare i la que prové de la mare). Encara que en algun blog s'ha posat en entredit que realment s'hagi seqüenciat el genoma diploide.

Doncs bé, avui a la revista Nature apareixen ni més ni menys que dos nous genomes completament seqüenciats:

El genoma d'un Yoruba de Ibadan, Nigèria.
El genoma diploide d'un xinès.

A més però, es presenta la seqüenciació del genoma complert extret d'una cèl·lula d'un tumor i la seva comparació amb el genoma del mateix individu extret d'una cèl·lula no cancerosa.

En els dos casos el preu gastat en seqüenciar completament el genoma humà ha estat inferior als $500,000. Els avanços tècnics han estat crucials en la seqüenciació del genoma humà. Cal recordar que darrera de l'empresa Celera Genomics hi havia l'empresa de seqüenciadors abans anomenada PerKin Elmer, i que el genoma d'en James Watson va ser seqüenciat per demostrar el gran avanç tecnològic que representaven els nous seqüenciadors 454 de l'empresa Roche. Doncs en el cas d'avui, el desenvolupament de nous mètodes de seqüenciació del DNA ha permès obtenir aquestes noves seqüències.

Veieu també la notícia aperguda a Nature Review Genetics.

Un aspecte a tenir en compte quan es parla de seqüenciar completament un genoma, és el terme que s'anomena coverage. El coverage ens diu quantes vegades (de mitjana) s'ha seqüenciat cada base del genoma. Com que només es poden seqüenciar fragments relativament curts de DNA (d'uns 500 parells de base com a molt), per seqüenciar completament un genoma cal seqüenciar mil·lions de fragments curts i després ajuntar computacionalment els trossets. Això només es possible si els trossets es solapen, és a dir tenen seqüències en comú que han estat seqüenciades més d'un cop. Així per exemple un dels genomes anunciats avui s'ha seqüenciat amb un coverage de 36. Això vol dir que no només s'han hagut de seqüenciar més de tres mil mil·lions de bases (o més de sis mil mil·lions si parlem del genoma diploide), si no que ho hem de multiplicar per 36 per saber el nombre de bases que ha calgut seqüenciar.

Segur que aquests nous genomes avivaran les discussions ètiques relacionades amb l'accés a aquesta informació.

Ciencia amb humor (v) - Més sobre el genoma humà

2008-11-03T06:00:00.001+01:00

Aquesta secció continua amb les vinyetes còmiques relacionades amb la seqüenciació del genoma humà:

Noves notícies sobre l'home de gel

2008-10-30T22:50:00.005+01:00

"Estem a la regió de l'Ötzal, als Alps tirolesos, en un punt situat en la frontera actual entre Àustria i Itàlia, fa al voltant de 5.000 anys. Un home provinent de la vall de Vinschgan es dirigeix cap al pas del Hauslabjoch, per intentar passar a l'altre costat de les muntanyes. Som a començaments de la tardor i el temps no és gaire bo. El nostre home va perfectament equipat per moure's per una zona que probablement coneix: porta unes sabates plenes de fenc per a mantenir els peus calents, un petit braser per transportar foc, una gruixuda samarra de fibres vegetals trenades i una gorra de pell per a protegir-se el cap. Hi ha, però, alguns detalls que indiquen que ha patit algun tipus de desastre: té el carcaix on guarda les fletxes trencat, les fletxes mateixes inservibles, l'arc inacabat, i és possible que vagi ferit i que s'hagi trencat algunes costelles. Té entre 20 i 30 anys, el cabell i els ulls foscos i fa al voltant d'un metre seixanta d'alçada. És possible que sigui un pastor que s'encarregava de guardar un ramat en els prats alpins durant l'estiu i que tot just hagi tornat al seu poblat, en el fons de la vall. No ho sabrem mai el que allí li ha passat; el cert és que ha perdut una part essencial del seu equipament i ara intenta creuar el difícil Hauslabjoch en unes condicions meteorològiques adverses. A més de tres mil metres d'altura, es troba enmig d'una forta tempesta de neu. Cada cop més esgotat, es dirigeix cap a una fondalada arrecerada per unes cornises rocalloses; deixa l'arc recolzat contra unes roques i s'estira exhaust sobre la neu. En poc temps passa de la inconsciència a la mort, i la neu l'acaba cobrint amb una capa fina. Probablement, la capa de neu el va ocultar de la mirada dels ocells carronyaires, mentre que l'aire sec de les muntanyes va afavorir la ràpida deshidratació del cos i en va evitar la descomposició. Amb l'arribada de l'hivern, va quedar definitivament sepultat en el gel."

Extret del llibre "Missatges del passat" de Carles Lalueza. Edicions Bromera 1999
Quan el dia 19 de Setembre de 1991, el matrimoni format per Erika i Helmut Simon va trobar en un glacial de la vall d'Ötz el cadàver d'un home de mitjana edat, res podia fer imaginar que es tractava de l'ésser humà de major antiguitat trobat pràcticament intacte. La mòmia u home de gel, batejat com a Ötzi o Öetzi, va passar més de 5.000 anys sota el gel. La troballa de l'home de gel va tenir una gran repercussió mediàtica. De fet, va aparèixer entre les 25 personalitats més famoses de l'any 1991, en companyia, entre d'altres d'Elizabeth Taylor, la princesa Diana, George Bush pare i Magic Johnson. El seu excel·lent estat de conservació i un gran nombre d'objectes i roba d'ús quotidià trobats al seu costat va permetre a un grup interdisciplinari de científics reconstruir la seva història (tal i com teniu explicada més amunt). Fins i tot, a partir de l'anàlisi del contingut del seu estómac, esbrinar quin va ser el seu últim àpat.

Un nombrós equip internacional, format per alguns dels millors especialistes en DNA antic, es va encarregar de portar a terme un estudi genètic per a intentar obtenir i seqüenciar DNA de l'Ötzi. Van seqüenciar un segment de 353 parells de bases del genoma mitocondrial que va revelar que tot i tenir dos variants (una C en comptes d'una T en les posicions 16.224 i 16.311 de la regió de control del DNA mitocondrial) relativament poc freqüents, era típicament europeu. És a dir, que la seqüència de DNA mitocondrial que van obtenir, era igual a la d'alguna població europea actual. De fet, tal i com em va dir en persona al 1998 a Cambridge, en Svante Pääbo, un dels experts en DNA antic que van participar en l'anàlisi del DNA de l'Ötzi, quan li vaig preguntar sobre el tema, 5.000 anys eren pocs anys en termes evolutius per observar gaires canvis en una regió de DNA tan petita. Amb aquests resultats era possible que hi hagessin descendents (si en va tenir) actuals de l'Otzi (o altres humans emparentats amb ell).

Avui l'Ötzi, ha tornat a l'actualitat. S'ha publicat a la revista Current Biology la seqüenciació de tot el genoma mitocondrial de l'Otzi. Ha resultat que les variants en el DNA mitocondrial de l'Otzi són úniques i no es corresponen completament a cap població humana actual o seqüència humana mai trobada. Això vol dir que possiblement pertanyia a una població humana avui extingida, és a dir que no va deixar descendents. Els titulars ja els podeu imaginar: "Ancient mummy has no modern children" (L'home de gel no té descendència actual). Encara que com que els mitocondris només es transmeten de mares a fills, potser hauríem de dir que en l'actualitat no queden descendents de la mare de l'Otzi.

La Ciència de la ciència ficció

2008-10-27T06:00:00.000+01:00

Una manera divertida d'apropar-se a la ciència és a través dels llibres o pel·lícules de ciència ficció. Ho podem fer de diverses maneres, poques vegades però podem fer-ho analitzant si les "prediccions" que es fan s'han acomplert o no. Aquest estiu he aprofitat per rellegir alguna novel·la i en el llibre "Hacia la fundación" de l'escriptor Isaac Asimov he trobat una cosa que m'ha cridat l'atenció. Es tracta d'una cosa molt colateral que no té cap mena d'importància en el fil argumental del llibre. En un moment del llibre el protagonista descobreix que la seva neta té poders telepàtics i decideix buscar a més gent amb aquests poders. Per fer-ho el que se li acudeix és seqüenciar el genoma complert de la seva neta per a buscar algú patró que permeti, analitzant els genomes complerts d'altres individus, trobar altres persones amb poders telepàtics. En un moment de la conversa entre el protagonista i la biofísica (¿?) a la que acudeix per obtenir la seqüència complerta, la doctora diu:

-"... manejar una molècula de ácido desoxirribonucleico desplegando miles de millones de nucleótidos y haciendo que cada purina y pirimidina esté en su sitio, es la parte menos complicada del proceso. Después hay que estudiar y comparar toda la información.
-"¿Por qué hay tan pocos genomas completos?" pregunta el protagonista.
I la Doctora respon -"Por varias razones, y una de ellas es lo caro que resulta el proceso. Muy pocas personas están dispuestas a gastar tantos créditos a menos que tengas motivos muy sólidos para pensar que algo anda mal en su genoma ...."

En aquest cas la realitat sembla que superarà la ficció doncs sembla que a mitjà termini es pugui aconseguir l'objectiu de seqüenciar el genoma complert d'un individu per 1000$. L'escriptor després afina una mica més, doncs el genoma complert de la seva neta no li serveix per aconseguir el seu objectiu doncs com molt bé li descriu la Doctora, el funcionament del cervell depèn de milers de gens i trobar un patró genètic concret en aquest cas era del tot impossible. Sovint la solució més senzilla és la millor. Sabeu com troben a la novel·la més persones amb capacitats telepàtiques? Doncs dient telepàticament vine aquí. La persona que ho sent i acudeix és la que té els poders telepàtics....

La novel·la va ser escrita al 1993 i té el seu mèrit predir que arribaríem a poder seqüenciar un genoma complert humà. Deixeu-me parlar una mica de l'autor, l'Isaac Asimov.
Era un dels grans escriptors de ciència ficció però va escriure de tot: ciència ficció, llibres de divulgació científica, d'història, .... Era bioquímic i es va dedicar durant un cert temps a la recerca. La seva contribució a la recerca, però, no va ser gaire exitosa i finalment va dedicar tot el seu temps a l'escriptura. En la base de dades Medline podeu trobar els articles científics que va escriure. No són gaires. De l'època en que es dedicava a la recerca també hi han una sèrie d'articles a la revista "The Journal of Chemical Education". També va donar classes de bioquímica a la Facultat de Medecina de la Universitat de Boston. Va estar donant classes uns 8 anys i segons diu a les seves memòries era el millor professor de la Facultat (els estudiants l'aplaudien i tot quan acabava). És possible, doncs era un gran divulgador. Resulta però que al final el degà de torn el va voler fer fora perquè no es dedicava a la recerca. Com que tenia un càrrec de professor fixe, no el va poder fer fora, però li van deixar de pagar i ell va deixar de donar classes. Va conservar però el títol de professor.
Nomenar totes les contribucions d'Isaac Asimov seria molt llarg. Només en destaco dues, la trilogia de novel·les de ciència ficció coneguda com la trilogia de la "Fundació". De fet després de la trilogia va escriure molt relats curts relacionats i quatre novel·les més de la sèrie, dues que la continuaven i dues que la precedien (la novel·la que feia referència anteriorment era una d'aquestes últimes). En conjunt aquesta part de la seva obra la podem anomenar com "la saga de la Fundación". La segona contribució que vull destacar són els seus relats sobre robots. Diuen que el robot de Honda "Asimo" deu el seu nom a ell. La pel·lícula "El hombre bicentenario", protagonitzada per Robin Williams, és una adaptació d'una novel·la seva, i "Yo, robot" de l'actor Will Smith, encara que no està basada en cap novel·la d'Asimov, està inspirada en la seva obra. Són famoses les seves tres lleis de la robòtica que són:

Un robot no puede dañar a un ser humano ni, por inacción, permitir que éste sea dañado.
Un robot debe obedecer las órdenes dadas por los seres humanos excepto cuando estas órdenes entren en conflicto con la Primera Ley.
Un robot debe proteger su propia existencia hasta donde esta protección no entre en conflicto con la Primera o la Segunda Ley.

Potser algun dia els robots portaran aquestes lleis .....

La guerra dels genomes i ciencia amb humor (iv)

2008-10-22T06:00:00.002+02:00

Avui us explicaré una història antiga, de fa quasi 10 anys. Es tracta de la "competició" que va tenir lloc a finals dels 90s per a seqüenciar el genoma humà. Competició o guerra, segons com es miri. Posem-nos en situació. L'any 1990 es van donar els condicionants adients (tècnics, científics i polítics) per a què comencés als EEUU el Projecte per a Seqüenciar el Genoma Humà. Pels medis de l'època, el repte era molt important: Seqüenciar els més de tres mil milions de parells de bases (A, C, T, G) del genoma humà. Si escrivíssim aquestes bases en una sola línia amb un tipus de lletra times 12, la línia tindria una longitud de 5.000 km, la distància de Montreal a Londres. Cal recordar que en l'any 1990 no s'havia seqüenciat el genoma de cap ésser viu (tret dels d'alguns virus, que tenen un genoma molt més petit). Els beneficis, principalment mèdics, que havia de reportar la seqüència complerta del genoma humà eren molts. La previsió inicial era tenir un esborrany en 15 anys.

Més endavant, a aquest projecte es van afegir altres països (Espanya no, és clar) i es va crear un "Consorci públic" que va anar treballant. El desenvolupament de nous aparells per a seqüenciar el DNA va fer que s'avancés a una velocitat més gran de la inicialment prevista, i que s'obtingués també la seqüència d'altres organismes models. Per exemple, al 1995 es va seqüenciar el genoma del bacteri Haemophilus influenzae, al 1996 el genoma del llevat Saccharomyces cerevisiae, al 2000 el genoma de la mosca de la fruita (Drosphila melanogaster), ... També va contribuir el fet de que al 1998, el científic Craig Venter fundés l'empresa privada Celera Genomics i que fes l'anunci de que seqüenciarien el genoma humà en només tres anys. Va ser en aquest moment quan va començar la "guerra" entre el consorci públic i una companyia privada. Va ser una guerra sense regles, molts cops bruts, amb declaracions creuades, amb barreja de política, enveges, ..... Les diferències entre els dos bàndols no podien ser més grans. El consorci públic es financiava amb diners públics i propugnava que els resultats de la recerca (és a dir, la seqüència del genoma humà) havia de ser pública. De fet, cada dia a les 24:00 h, posava a través d'Internet les seqüències que s'havien seqüenciat aquell dia. La companyia privada per contra, es financiava amb diners privats i propugnava que no faria pública la seqüència del genoma humà i que la faria servir per als seus propis interessos. A més, però, hi havia diferències metodològiques entre els dos. El consorci públic feia servir una estratègia ordenada a l'hora de seqüenciar els diferents fragments del genoma humà, mentre que Celera feia servir la tècnica anomenada Shotgun (o escopeta genòmica) que consistia en una seqüenciació a l'atzar de fragments.

Al final, però, es va firmar un armistici i en conferència de premsa conjunta (fes click aquí per sentir-la), el 26 de Juny del 2000, es va presentar l'esborrany del genoma humà (millor dit els dos esborranys, un del Consorci públic i un de la companyia Celera). Encara que no va ser fins al febrer del 2001 que es van publicar els resultats en una revista científica. En aquest fet també hi van haver diferències. El consorci públic va publicar el seu esborrany el dia 15 de febrer del 2001 a la revista anglesa Nature, i la companyia privada, el 16 de febrer del 2001 a la revista americana Science.

Aquesta és la història, una mica simplificada, del que va succeir. La competició entre els dos bàndols va ajudar a que s'obtingués la seqüència més aviat, encara que el preu va ser també molt superior. L'obtenció de la seqüència del genoma humà va tenir una gran repercussió mediàtica i es va arribar a comparar amb l'arribada de l'home a la lluna. A tall d'exemple, i continuo així la secció de Ciència amb humor, veieu algunes tires còmiques en relació a aquest fet:

2008-10-19T18:36:00.003+02:00

Us tradueixo del francès un conte:
Fa molt de temps, en una província de Xina, hi havia un pintor que dibuixava d'un sol traç nenúfars, ocells i total mena d'animals. Els seus dibuixos eren tan bonics que era conegut per tota la seva província. Un dia, va arribar a orelles de l'Emperador la fama del dibuixant, i va manar que el portessin al seu palau.
- "M'han dit que ets el millor pintor de tot l'imperi i ho vull comprovar. T'ordeno que em dibuixis .... un ... un cigne, hi ha de ser el cigne més bell que així vist mai. Si ho fas, et faré l'home més ric del país. Quan de temps necessites per dibuixar el cigne?" li va dir l'Emperador.
- "Necessitaré deu anys" li va contestar el pintor.
- "Deu anys .... per dibuixar un cigne?" li va replicar l'Emperador.
- "Deu anys per dibuixar el cigne més bell que hageu vist mai, senyor".
- " .... Bé, bé" va replicar l'Emperador a contracor. "Ho accepto. Jo mateix vindré d'aquí a deu anys a casa teva per a que m'ensenyis aquest cigne".
Els anys van anar passant, i quan es compliren els deu anys, l'Emperador es va presentar a la casa del dibuixant i li va dir,
- "Vinc a buscar el meu cigne, espero que deu anys hagin estat suficients per a que el puguis haver dibuixat".
- "Ara mateix" li va dir el pintor. I tot seguit va agafar un full blanc i un pinzell, i davant l'atenta mirada de l'Emperador i el seu seguici, va dibuixar d'un sol traç un preciós cigne.
L'Emperador es va quedar parat. En realitat era el cigne més bonic que havia vist mai, però estava enfurismat.
- "Agafeu al pintor i porteu-lo a la presó. Què s'ha pensat que es pot riure de mi? Em demana deu anys per pintar el cigne i quan arribo aquí, va i me'l dibuixa en 10 segons." va dir l'Emperador.
El pintor no va dir res, i quan es disposaven a sortir tots cap a Palau, el fill de l'Emperador va cridar "Pare, pare, has de veure això, vine". El cridava des d'una petita habitació que hi havia al costat d'on eren. Era la cambra on dibuixava sempre el pintor. Quan va entrar l'Emperador, va veure per damunt la taula, per terra, cobrint totes les parets, milers i milers de fulls amb milers i milers de cignes dibuixats. El pintor havia estat 10 anys, dia i nit, pintant cignes per ser capaç de dibuixar en presència de l'Emperador un cigne que fos digne d'ell. L'Emperador finalment ho va entendre i va recompensar al pintor.

Vaig llegir aquesta història fa anys, en relació a un guitarrista francès anomenat Marcel Dadi. Era un prodigi de la guitarra, en concret d'un estil anomenat Fingerpicking. En Dadi tocava amb una facilitat que semblava que allò que tocava no tenia cap mena de dificultat. Els que hem intentat alguna vegada tocar alguna de les seves peces, ens n'hem adonat que com el pintor, darrera de cada nota d'en Marcel i havia anys i anys de pràctica i paciència. Tot sovint volem recollir els fruïts just després de sembrar i no ens n'adonem que és allò que ens costa més esforç el que després valorarem més.

Aquí us deixo alguns vídeos del genial Marcel Dadi:

Predisposicio genetica a la calvicie

2008-10-14T09:00:00.013+02:00

Sempre he cregut que la calvície era un exemple de trastorn associat als cromosomes sexuals. Els homes i les dones ens diferenciem en els cromosomes sexuals (l'últim parell, el parell 23, dels cromosomes). Mentre que les dones tenen dues còpies del cromosoma X (són per tant XX), els homes tenen un cromosoma X (sempre heretat de la mare) i un cromosoma Y (molt més petit i heretat del pare). Què passa doncs si hi ha un gen associat a una malaltia o trastorn en el cromosoma X? Si aquest trastorn és recessiu, és a dir calen dues còpies per a que es manifesti (al contrari de dominant, on només caldria tenir una còpia amb el trastorn per a que es manifestés), resulta que hi pot haver dones sanes (amb les dues còpies del gen intacte), dones sanes i portadores (una còpia intacta i l'altra amb la variant associada a la malaltia) i dones malaltes (amb les dues còpies de la variant associada amb la malaltia), Però que passa amb les homes? Al tenir només un cromosoma X, només poden ser malalts o sans. És per això que certs trastorns o malalties poden ser més freqüents en els homes. Doncs la calvície és un d'aquests casos. AL 2005 uns científics alemanys varen identificar un gen (AR, que codifica pel receptor dels andrògens) relacionat amb la calvície localitzat en el cromosoma X. Això explica la més alta incidència de la calvície en els homes. El que no explica però aquest gen, és la transmissió genètica de la calvície que s'observa alguns cops del pare al fill (recordeu que el cromosoma X dels homes l'heretem de la mare). Ahir es va aclarir una mica més el tema, doncs dos grups d'investigadors britànics (amb col·laboració amb l'empresa DeCode, la mateixa que vàrem parlar quan parlàvem dels tests genètics) i alemanys han publicat la troballa d'una alteració genètica en el cromosoma 20 associada amb la calvície. A més, els individus que tinguin les dues alteracions (la del cromosoma X i la del cromosoma 20) sembla que tenen un risc 7 vegades més gran de patir calvície.

Els americans que fan negoci de tot, fa un cert temps que ofereixen un test genètic (preu 249$) per detectar el possible risc de calvície (en diferents graus) en els homes i en les dones. L'empresa que ofereix aquest servei s'anomena HairDX i fins ara feien una anàlisi del gen del cromosoma X associat amb la calvície. No sabem si també inclouran ara un anàlisi de la variant localitzada en el cromosoma 20.

Podeu llegir també la notícia apareguda a EL PAIS.

Una manera divertida d'apendre la taula periòdica

2008-10-11T06:00:00.000+02:00

No és que m'enyori dels meus temps d'estudiant de Química, al contrari, tant de bo hagués tingut una eina com la que aquí us presento quan vaig haver d'estudiar la taula periòdica. A la Universitat de Nottingham trobareu "The Periodic Table of Videos". Consisteix en una explicació de cada element de la taula periòdica a través de vídeos curts on hi ha alguna explicació i fins i tot alguna demostració en alguns d'ells. Us deixo amb el vídeo de l'element C subtitulat al castellà, aquí trobareu alguns dels altres vídeos amb subtítols. No us perdeu la "pinta" d'un dels científics que ho explica, una prova més del tòpic de que els científics no són gaire sexis:

Altres vídeos sobre la taula periòdica els podeu trobar en altres blogs, com per exemple en el blog Globin77.

El premi Nobel de Química 2008 a tres bioquímics

2008-10-08T21:27:00.013+02:00

Avui mateix s'acaba de fer públic els tres guardonats pel Premi Nobel de Química 2008. Els afortunats són els americans Osamu Shimomura, Martin Chalfie i Roger Y. Tsien que han estat guardonats "pel descobriment i desenvolupament de la proteïna florescent GFP (green fluorescent protein)". Aquesta proteïna GFP es tracta d'una proteïna trobada en la medusa Aequorea victoria que emet llum verda sota la llum ultraviolada. La descoberta, purificació, caracterització i modificació d'aquesta proteïna ha permès utilitzar-la en molts experiments en les àrees de bioquímica, biologia molecular, medicina o biotecnologia. De fet en la informació científica que acompanya l'anunci del Premi es destaca que des de la seva caracterització al 1992 s'han publicat més de 20,000 articles en relació a aquesta proteïna.

Podeu veure en el següent vídeo algunes de les aplicacions més sorprenents i visualment més boniques de la utilització d'aquesta proteïna (també podeu trobar més informació sobre aquesta proteïna en el seu propi espai a la web):

Per a mi també és destacable que el Premi Nobel de Química vagi a parar (i ja en són uns quants) a científics que desenvolupen la seva carrera investigadora en el camp de les BIOciències.

Premis Nobel, HPV i Ciència amb humor (III)

2008-10-06T23:00:00.002+02:00

Avui s'ha fet públic els guanyadors del Premi Nobel de Fisologia o Medicina 2008. Hi han hagut tres guanyadors. Una meitat del premi ha estat per l'alemany Harald zur Hausen pel descobriment de que cert tipus de papillomavirus humans són els causants del càncer cervical o càncer del coll de l'úter. L'altre meitat del premi se'l reparteixen els francesos Françoise Barré-Sinoussi i Luc Montagnier pel descobriment del virus del sida (VIH). Segur que el premi portarà certa polèmica per la no inclusió de l'investigador nord-americà Robert Gallo. Podeu llegir la notícia El PAIS i una breu història sobre la polèmica del descobriment del VIH a l'altre costat de la lent. Com que crec que la part del Premi corresponent al descobriment del VIH serà més comentat, i a més, he fet alguna recerca sobre l'evolució dels virus del Papilloma humà (HPV), em fa gràcia explicar-vos alguna cosa sobre el HPV:

El Papillomavirus és un virus de DNA que infecta la pell i mucoses dels humans i altres animals. S'han identificat centenars de tipus diferents d'aquests virus, alguns d'ells causen berrugues i altres, càncer del coll de l'úter i altres tipus de càncer en els genitals. El descobriment de la relació entre certs subtipus d'aquest virus i el càncer del coll de l'úter (els anomenats subtipus HPV 16 i HPV 18 són causants del 70% de casos d'aquest càncer) va ser un fet important i va portar a desenvolupar fa poc temps una vacuna contra aquest tipus de càncer. De fet és el primer tipus de càncer que s'ha associat a un virus, i del que s'ha desenvolupat una vacuna. La vacuna anomenada 'Cervarix' no està però exempta de certa polèmica referent al seu preu, la conveniència o no de incloure-la en el calendari de vacunacions, i fins i tot per qüestions religioses.
Tornant al virus del HPV, es tracta d'un virus amb relativament poc contingut de DNA. El seu genoma codifica per les proteïnes L1 i L2 (L perquè s'expressen en les fases posteriors de l'infecció -late-) que corresponen a les proteïnes de la càpside del virus, i les proteïnes E1, E2, E4, E5, E6 i E7 (E perquè s'expressen en les primeres fases -early- de la infecció) i involucrades en la replicació i amplificació del virus i en altres etapes del seu cicle infectiu.

La meva petita contribució a l'estudi d'aquests virus, ha estat (en col·laboració amb el Dr. Ignacio González Bravo i el Dr. Pere Puigbò Àvalos) relativa a la classificació d'aquests virus, la diferent taxa de divergència de cada part del genoma, les seves regions reguladores, l'anotació d'alguns dels seus gens i en general en la seva evolució.

Us deixo amb una vinyeta divertida sobre els Premis Nobel. El text diu una cosa com "Va una mica de sobrat. Cada cop que es canvia de casa, envia la nova adreça al comité dels Premis Nobel".

Art i DNA

2008-10-05T06:00:00.000+02:00

No sabeu quin regal fer a una persona estimada? Si li agrada la biologia molecular i el DNA, aquest regal segur que li agradarà. L'empresa DNA 11, ofereix una sèrie de quadres com el de la imatge, que representen una electroforesi de DNA (tècnica per separar fragments de DNA, utilitzada molt freqüentment en els laboratoris de biologia molecular). Els quadres però són personalitzats. Això vol dir que tu els hi envies una mostra de saliva i l'empresa crea el quadre a partir de la informació del teu genoma (una sèrie de variants entre la població que fan que el patró de bandes de l'eletroforesi sigui diferent per a cada persona). De fet, aquest és el fonament de la identificació de persones, tests de paternitat, .... mitjançant l'anàlisi de DNA. Així, ben segur que el quadre que compres serà original i no el tindrà ningú més (o quasi ningú). Podeu trobar una galeria del que ofereixen en l'adreça següent. Què us sembla?

Ciencia amb humor (ii)

2008-10-02T09:00:00.002+02:00

Un post recent d'un blog amic m'ha fet pensar sobre la relació que s'estableix entre el doctorand i el director de la seva tesis doctoral. El doctorand sol començar sempre amb molta il·lusió però sense saber a on es posa. A mesura que passa el temps es va fent un expert en el tema que desenvolupa i al final, si tot ha sortit bé, acaba sent un expert. Podríem dir que fins i tot, al final, en allò concret que ha tractat en la seva tesis, en sap més que el seu director.

Aquí us deixo una tira còmica on reflecteix el canvi d'un doctorand al llarg dels quatre anys de tesis. Representa una conversa entre el doctorand (que veiem en la tira) i el seu director. En el primer any el doctorand diu que sí ha tot el que diu el director. En el segon, Diu "Sí, però", "Però què" contesta el director" "Res" acaba dient el doctorant. En el tercer any el doctorand diu "Sí", però pensa "Això és una complerta pèrdua de temps", i en l'últim any, el director directament ja li pregunta "No faràs això que et dic, oi?" i el doctorand sense embuts li diu "Sí" volen dir que directament no farà el que el seu director li està proposant.

La tira està extreta del lloc PhD Comics. Us el recomano.

DNA d'espècies extingides

2008-09-29T06:00:00.000+02:00

Es possible obtenir el DNA d'espècies extingides? Doncs sí. És pot fer a partir de fòssils o mostres d'animals de museus (si són espècies que s'han extingit fa poc com el Tigre de Tasmània). De fet hi ha una bona colla de seqüències de DNA d'espècies extingides en les bases de dades de seqüències. Aquí teniu un enllaç on podeu trobar aquestes seqüències. De fet hi ha un projecte en marxa liderat pel Dr. Svante Paabo del Max Planck Institute de Munich per seqüenciar el genoma complert dels Neardentals a partir de restes fòssils, trobades entre altres llocs a la cova de "El Sidrón" a Astúries.

I el DNA d'un dinosaure? Coneixeu l'argument de "Jurassic Park", oi? A partir dels mosquits retinguts a l'interior d'un ambre fossilitzat, un grup de científics es capaç d'extreure el DNA de diverses espècies de dinosaures i clonar-los. El que potser no sabreu és que en el llibre, l'autor Michael Crichton va incloure una seqüència de DNA, suposadament de dinosaure.

És realment aquesta seqüència de DNA de dinosaure? Com ho podríem saber? Ja us he esmentat en algun altre post que existeix una eina bioinformàtica, anomenada blast, per comparar una seqüència de DNA o proteïna amb totes les seqüències fins ara conegudes i que trobem en les bases de dades de seqüències. Que passa si comparem la seqüència suposadament de dinosaure que apareix al llibre de Jurassic Park amb les bases de dades de seqüències de DNA? Doncs això és el que va fer en Mark Boguski al 1992. Si ho feu trobareu que no es tracta d'una seqüència real de dinosaure, si no que es tracta d'una seqüència derivada del plàsmid pBR322 (una seqüència de DNA creada per l'home i molt utilitzada en Biotecnologia). En Mark va publicar la seva troballa a la revista Biotechniques.

La història però continua. Resulta que l'autor de Jurassic Park, Michael Crichton, va veure l'article i va escriure a en Mark dient-li que efectivament no es tractava del DNA d'un dinosauri i que no s'hagués pensat mai que algú mai ho comprovaria. També li deixava anar que si algú li proposava una seqüència de DNA real de dinosaure, l'incorporaria en altres edicions del llibre. En Mark va acceptar el repte i va preparar una seqüència suposadament de dinosaure. Aquesta seqüència va aparèixer en la segona part de la saga, titulada "El mundo perdido". Si feu un blast d'aquesta seqüència de DNA, descobrireu que és més possible que sigui de dinosaure, doncs a les seqüències que més s'assembla són dues seqüències de pollastre i granota (és el que s'esperaria trobar si partim de la hipòtesis de que els dinosaures estaven emparentats amb els rèptils i aus). En Mark, però va introduir un missatge ocult en aquesta seqüència de DNA. Si traduïm a proteïna i comparem la seqüència resultant amb la proteïna de pollastre que era la més semblant, descobrireu el missatge MARK WAS HERE NIH que traduït al català seria "En Mark ha estat aquí, NIH" (NIH són els National Institute of Health on treballava).

Aquesta història és la que tenia pendent explicar-vos en un dels meus posts anteriors sobre "missatges ocults en els genomes".

Premis i competicions cientifiques (ii)

2008-09-27T06:00:00.000+02:00

Seguint amb els premis i competicions científiques, en concret amb els anomenats X Prize. La X Prize Foundation acaba d’engegar una competició en la que tots hi podeu participar. Es titula “What’s Your Crazy Green Idea?” (Quina és la teva boja i verda idea) i es tracta d'elaborar un vídeo de 2 minuts màxim de durada proposant com hauria de ser el proper premi X prize sobre Energia i medi ambient (Energy and Environment). És a dir, es tracta de proposar que cal promoure (quina recerca, desenvolupament tecnològic, ....) per millorar en aquest camp. Els vídeos dels participants són penjats al YouTube i teniu temps fins el 31 d’Octubre per a participar-hi. El premi 25,000$. Aquí us deixo un vídeo explicatiu de la competició.

Ja hi ha alguns vídeos penjats, encara que alguns no han entès bé de que es tracta.

Sort si participeu.

Ciencia amb humor 1

2008-09-25T09:00:00.002+02:00

Comencem una nova secció titulada Ciència amb humor on anirem penjant dibuixos (cartoons) relacionats amb la ciència.

Aquí us deixo el primer, relacionat amb el post on parlàvem dels tests genètics.

La vinyeta representa una entrevista de feina de l'any 2010. L'entrevistador li explica que dels resultats del test genètic veuran la seva predisposició a algunes malalties i que estan treballant en trobar el gen de "treballar moltes hores i cobrar poc".

Tests genetics

2008-09-22T06:00:00.000+02:00

El dia 9 de Setembre la companyia 23andMe ha anunciat una baixada de preus, des de 999$ fins 399$, del servei que ofereixen. Aquest servei no és altre que un test genètic. A través d'una mostra de saliva que s'envia a la companyia, t'envien els resultats d'un test genètic que et mostra entre altres coses: susceptibilitats de patir alguna de les malalties que tenen un cert component genètic, informació sobre els teus ancestres (si tens per exemple una variant en una part del teu genoma que per exemple és més comú entre els esquimals), comparació del teu DNA amb familiars o amics que també s'han fet el test, i altre informació que es pot extreure de l'anàlisi del DNA d'una persona. En el blog del Pere Estupinyà, ja ens explicava que recentment l'empresa havia organitzat una festa on anava recollint mostres de saliva dels convidats il·lustres i els hi regalava els resultats del seu test. L'empresa 23andMe és propietat de la dona d'un dels fundadors de Google, Sergey Brin. Doncs fa tres dies que en el mateix blog del Sergey Brin, aquest anuncia que s'ha fet un dels tests genètics de la companyia i que els resultats mostren que té una mutació, la G2019S, en el gen LRRK2 que el predisposa a patir la malaltia de Parkinson, com pateix la seva mare. Ell explica que es va fer el test com a diversió i que no s'esperava que li donessin una notícia com aquesta. En aquest cas, com molts altres resultats d'aquests tests genètics, el resultat només és una predisposició més alta de l'habitual a patir una determinada malaltia. Cal no treure de context els resultats d'aquests tipus de test i que t'ho expliquin molt bé. Aquest tipus de notícies són difícils de pair i hi ha gent que segur no ho vol saber (de moment no hi ha cura per moltes d'aquestes malalties i a més pots tenir una variant que predisposa per una malaltia i no desenvolupar-la). El creador de Google, Sergey Brin, s'ho ha pres bé. Diu que considera que és una sort que disposi d'aquesta informació, doncs a partir d'ara es podrà preparar. De ben segur que a partir d'ara els diners dedicats a la recerca d'aquesta malaltia augmentaran. Podeu llegir la notícia a la web de Scientific American.

La companyia 23andMe no és l'única que ofereix aquests serveis. Altres companyies que ofereix aquests serveis són la companyia Islandesa deCODE genetics amb el seu servei anomenat deCODEme i les companyies Navigenics i DNAdirect.
Per finalitzar us deixo un vídeo que a mi m'ha agradat molt, explicant els resultats que et donen aquests tipus de tests (altre informació relacionada la trobareu aquí):

La importància d'ensenyar a pensar (ii)

2008-09-21T06:00:00.000+02:00

Us deixo una altra anècdota científica. Aquesta l'he tret d'un blog sobre educació infantil.
Richard Feynman, premi nobel de física, explicava la influència que havia tingut el seu pare, en el seu desenvolupament com a científic amb la següent anècdota:
Entre els veïns sempre es comentava que ell era tan espavilat perquè el seu pare constantment li estava ensenyant coses. Un dia, mentre jugava amb un amic al jardí, l’amic li diu: Mira quin ocell, com es diu? Richard li contesta: Ni idea! i l’amic sorprès li demana: Què no t’ensenya res, el teu pare? I sí. El seu pare li havia ensenyat i li havia parlat de l’ocell; però d’una altra manera.
Veus aquell ocell? és un “Spencer’s warbler” (em sembla que s’inventava el nom) en italià es diu Chutto Lapittida; en portuguès, és un Bom da Peida, en xinès és un Chung-long-tah .......... Podries saber el nom d’aquest ocell en tots els idiomes del món, però quan els haguessis après no sabries res més de l’ocell. Així que observa l’ocell i mira el que està fent i fes-te preguntes. Això és el que compta! D’aquesta manera el meu pare em mostrava la diferència entre només saber el nom de les coses i saber coses.