divendres, 9 d’abril del 2010

El Frau científic també arriba al PDB

El frau científic és una d'aquelles coses que fa molt de mal a la ciència i a la comunitat científica i que a vegades és difícil de detectar. Com a frau científic podem entendre diferents coses, com la invenció dels resultats, la falsificació o manipulació de les dades o el plagi. En l'article "Historia reciente del fraude en la investigación biomédica" d'en Xavier Bosch, publicat al número 156 de la revista de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular trobareu una descripció d'alguns dels casos més recents de frau en la investigació biomèdica en general. En aquest blog trobareu el que consideren com els 10 casos de frau més importants. Quins poden ser els motius per què alguns científics cometen fraus? Guanyar prestigi o reconeixement o el fet d'inventar-se resultats que beneficien a alguna empresa (inventar-se o exagerar els efectes beneficiosos d'un fàrmac, per exemple) podrien ser algunes de les causes. Per aquest motiu, molts dels articles científics tenen una secció anomenada "Conflic of interests" o "Competing interests" on els autors han d'esmentar per exemple si han rebut finançament d'una empresa per fer l'estudi que presenten.

Quan es demostra un cas de frau científic o hi ha dubtes sobre la veracitat d'uns resultats, la revista en la que es va publicar pot demanar als autors que es retractin de l'article o articles fraudulents o poden fer-ho ells mateixos. Aquests articles apareixen en les bases de dades sota la categoria de "Retracted Publication". Veieu alguns exemples:
  • En aquest cas els mateixos autors es retracten d'alguns dels seus resultats anteriors en dos revistes, per falta de reprodubilitat dels seus resultats (No tindria perquè tractar-se d'un frau, podria ser també un cas d'error).

  • En aquest altre cas és l'editorial de la revista que manifesta que un dels autors va manipular les imatges de l'article.

En el cas de les bases de dades que contenen informació biològica, el procés de retractació fins ara no ha estat gaire corrent, potser perquè no s'havia previst que podia donar-se algun cas. Els casos han començat a sortir, però la reacció d'algunes de les bases de dades no ha estat prou ràpida. Aquest és el cas de 11 estructures de proteïnes de la base de dades PDB. Tot i que a l'agost del 2009 en un comunicat de premsa la University of Alabama at Birmingham va manifestar els dubtes sobre els resultats d'una de les seves treballadores, que diferents mitjans van difondre la notícia i que la revista PNAS en una editorial posa en dubte dos dels seus articles, a dia d'avui (9 d'abril del 2010), 10 d'aquestes estructures encara estan a la base de dades del PDB, sense cap nota de que podrien ser estructures inventades. Sembla ser que la política per retirar una estructura d'aquesta base de dades és que es substitueixi per una estructura millor, o que es retiri per què l'article on es descriu hagi estat retractat per la revista a on es va publicar. En el cas que ens ocupa, només 1 dels articles ha estat retractat i només 1 de les estructures ha estat retirada. La retractació d'un article pot ser un procés llarg i crec que les bases de dades no poden esperar tant, si cal s'han de canviar les normes, no creieu?

dimecres, 7 d’abril del 2010

Nature Supplement on visualizing biological data

Diuen que una imatge val més que mil paraules. Aquest mes la revista Nature methods publica un suplement on-line sobre visualització de dades biològiques. Molt recomanable. Aquí teniu els links:

Foreword

Supplement on visualizing biological data pS1

Daniel Evanko
doi:10.1038/nmeth0310-S1



Commentary

Visualizing biological data—now and in the future ppS2 - S4

Seán I O'Donoghue, Anne-Claude Gavin, Nils Gehlenborg, David S Goodsell, Jean-Karim Hériché, Cydney B Nielsen, Chris North, Arthur J Olson, James B Procter, David W Shattuck, Thomas Walter & Bang Wong
doi:10.1038/nmeth.f.301



Reviews

Visualizing genomes: techniques and challenges ppS5 - S15

Cydney B Nielsen, Michael Cantor, Inna Dubchak, David Gordon & Ting Wang
doi:10.1038/nmeth.1422


Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution ppS16 - S25

James B Procter, Julie Thompson, Ivica Letunic, Chris Creevey, Fabrice Jossinet & Geoffrey J Barton
doi:10.1038/nmeth.1434

Visualization of image data from cells to organisms ppS26 - S41

Thomas Walter, David W Shattuck, Richard Baldock, Mark E Bastin, Anne E Carpenter, Suzanne Duce, Jan Ellenberg, Adam Fraser, Nicholas Hamilton, Steve Pieper, Mark A Ragan, Jurgen E Schneider, Pavel Tomancak & Jean-Karim Hériché
doi:10.1038/nmeth.1431

Visualization of macromolecular structures ppS42 - S55

Seán I O'Donoghue, David S Goodsell, Achilleas S Frangakis, Fabrice Jossinet, Roman A Laskowski, Michael Nilges, Helen R Saibil, Andrea Schafferhans, Rebecca C Wade, Eric Westhof & Arthur J Olson
doi:10.1038/nmeth.1427

Visualization of omics data for systems biology ppS56 - S68

Nils Gehlenborg, Seán I O'Donoghue, Nitin S Baliga, Alexander Goesmann, Matthew A Hibbs, Hiroaki Kitano, Oliver Kohlbacher, Heiko Neuweger, Reinhard Schneider, Dan Tenenbaum & Anne-Claude Gavin
doi:10.1038/nmeth.1436

diumenge, 21 de març del 2010

La historia de l'ós polar

Aquests dies és notícia la recent seqüenciació del DNA mitocondrial d'un ós polar (Ursus maritimus). La notícia no tindria tanta repercussió si no fos pel fet que el DNA es va extreure d'una mandíbula parcialment fossilitzada trobada a Noruega al 2004 i d'una antiguitat de 110.000–130.000 anys.

Segons el comunicat de premsa de l'equip investigador, es tracta de la seqüència de DNA mitocondrial més antiga d'un mamífer que s'ha seqüenciat fins al moment. La seqüenciació del DNA mitocondrial es descriu en l'article publicat a la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) i posa de manifest que l'ós polar és una espècie relativament recent (va divergir fa uns 150.000 anys de l'actual ós bru) que es va adaptar molt ràpidament a l'entorn de l'àrtic. Es podrà adaptar aquesta espècie al canvi climàtic causat per la humanitat? Esperem que aquesta seqüència de DNA no passi a ser una seqüència d'una espècie extingida.

dijous, 4 de març del 2010

Com definirieu Ciència?

Tot i que aquest vídeo el podeu trobar en altres blogs, el meu primer impuls ha estat penjar-lo també aquí. Es tracta d'un dels vídeos creats en la iniciativa anomenada "Symphony of Science".




[Michael Shermer]
Science is the best tool ever devised
For understanding how the world works

[Jacob Bronowski]
Science is a very human form of knowledge
We are always at the brink of the known

[Carl Sagan]
Science is a collaborative enterprise
Spanning the generations
We remember those who prepared the way
Seeing for them also

[Neil deGrasse Tyson]
If you're scientifically literate,
The world looks very different to you
And that understanding empowers you

Refrain:
[Richard Dawkins]
There's real poetry in the real world
Science is the poetry of reality

[Sagan]
We can do science
And with it, we can improve our lives

[Jill Tarter]
The story of humans is the story of ideas
That shine light into dark corners

[Lawrence Krauss]
Scientists love mysteries
They love not knowing
[Richard Feynman]
I don't feel frightened by not knowing things
I think it's much more interesting

[Brian Greene]
There's a larger universal reality
of which we are all a part

[Stephen Hawking]
The further we probe into the universe
The more remarkable are the discoveries we make

[Carolyn Porco]
The quest for the truth, in and of itself,
Is a story that's filled with insights

(Refrain)

[Greene]
From our lonely point in the cosmos
We have through the power of thought
Been able to peer back to a brief moment
After the beginning of the universe

[PZ Myers]
I think that science changes the way your mind works
To think a little more deeply about things

[Dawkins]
Science replaces private predjudice
With publicly verifiable evidence
(Refrain)


Altres vídeos de Symphony of Science:

dijous, 18 de febrer del 2010

L'ADN de Tutankamon

Aquests dies és notícia Tutankamon i les anàlisis de DNA que s'han fet per determinar la causa de la seva mort i establir les relacions genealògiques entre diverses mòmies. Els titulars dels articles dels diaris així ho reflexen. Per exemple: "El ADN de Tutankamón revela que murió de una enfermedad ósea relacionada con la malaria", "Nefertiti no era la madre del rey" o "El paludismo contribuyó a la muerte de Tutankamón, según un estudio de su ADN".

Els resultats dels anàlisis d'ADN ha portat sorpreses, com per exemple que els seus pares eren possiblement germans o que la seva mare no era Nefertiti, i ha permès obtenir una possible relació genealògica entre diverses mòmies:



Tot i que no hi ha cap novetat científica important en la notícia (no ha estat la primera mostra de "DNA antic" que s'ha extret i analitzat i per exemple la notícia recent de la seqüenciació del genoma humà d'un esquimal que va viure fa uns 4000 anys era científicament més novedosa), penso que s'ha perdut una molt bona oportunitat per fer una mica de difusió científica. En les notícies s'esmenta que tot aquest nou coneixement ha estat gràcies a l'anàlisi del DNA, però de quina mena d'anàlisi parlen? Sembla que haguin extret el DNA de les mòmies (això sí que queda prou clar), l'haguin possat en un barret i oh màgia! tenim les relacions genealògiques de les mòmies. A veure si podem profunditzar una mica més:

La clau per establir les relacions genealògiques ha estat l'estudi de les variacions que dins del genoma humà trobem entre diferents individus. En concret, s'han estudiat diverses variacions conegudes amb el nom de microsatèl·lits, que s'han utilitzat com a marcadors genètics. Podem definir un microsatèl·lit com una seqüència de DNA en les que un fragment, que pot anar des de 1 a 6 nucleòtids, es repeteix diverses vegades, de manera consecutiva. La variació del nombre de vegades que es repeteix pot variar entre individus i es pot utilitzar per establir si existeix una relació pare/mare-fill/a entre dos individus. Com que tenim 2 còpies de tots els cromosomes (un que heretem del pare i l'altre de la mare), el nombre de repeticions en un microsatèlit també l'hem heretat dels nostres progenitors, que el van heretar dels nostres avis, i així successivament. Per saber el nombre de repeticions que un individu té en un determinat microsatèl·lit només cal extreure una mostra de DNA (es pot treure d'un ós, pel, ...) i amplificar mitjançant una PCR la regió que conté les repeticions, utilitzant uns o encebadors primers.



En el cas de Tutankamon s'han utilitzat 8 microsatèl·lits i en la figura següent podem veure el nombre de repeticions de cada mòmia en cada microsatèl·lit:



Amb aquesta informació es pot fer una possible genealogia i establir que el pare de Tut (Akhenaten) i la seva mare (la mòmia KV35YL) possiblement eren germans:


El treball amb DNA antic es especialment dificultós. El DNA al cap dels anys es va trencant i el que s'obté són fragments petits, que dificulten l'assaig. Hi ha també el problema de la contaminació. Com es pot estar segur de que realment estem obtenint el DNA, en aquest cas de la mòmia, i no per exemple dels investigadors que fan l'anàlisi i que podrien haver contaminat la mostra. És per això que en aquest tipus d'anàlisi cal ser molt curós. Per a que un resultat segui creïble, cal repetir molts cops els assajos i comprovar que sempre surt el mateix. Normalment els assajos es fan simultàniament en dos laboratoris diferents, utilitzant investigadors diferents. Fins i tot cal analitzar el DNA dels investigadors per descartar contaminacions.

Article original: Z. Hawass et al. Ancestry and Pathology in King Tutankhamun's Family. JAMA. 2010;303(7):638-647.

divendres, 18 de desembre del 2009

Tanquem l'any Darwin amb regals ....

Per acabar l'any Darwin algunes idees per fer un regal "evolutiu". N'hi ha per totes les edats i gustos. Bé, per tots els gustos (creacionistes o IDiots) potser no. Extret de l'"Evolver Zone", a resource for students, teachers, and researchers with an interest in evolution.





















dissabte, 12 de desembre del 2009

Gadgets sobre Bioinformatica

Aquí van una serie de Gadgets sobre Bioinformàtica molt útils desenvolupats per Your Lab Data.


DNA to Protein

Translated DNA sequence to protein by using all genetic codes, including customised ones. All frames are translated.



Sequence Manipulation

The sequence is manipulate to remove non-coding characters, to get reverse and complement strands, to obtain both strands, to calculate G+C content and nucleotide composition, or may be converted to RNA.

Protein to DNA

Enter a protein sequence and obtain its reverse translation. Useful in design of degenerate oligonucleotides. All genetic codes are available.


Palindromic sequences finder

Will search the sequence to find palindromic subsequences. Allows selection of minimum and maximum size of palindromic subsequences.

Restriction digest of DNA

Restriction digestion of DNA sequences with endonucleases. Allows restriction of one or more sequences, and also the comparison of restriction patterns. All commercially available restriction enzymes are included as of REBASE version 711. This service recognizes 253 different cleavage patterns (from all 624 commercially available endonucleases).

Sequence:
Show code
Min. recognition size for each enzyme
Type of restriction enzyme
Use only this endonuclease

Only use enzymes with known bases (no N,R,Y...)
Include Type IIb restriction enzymes
Include Type IIs restriction enzymes
When two or more input sequences are searched:
Show only endonucleases showing different restriction patterns for searched sequences.

Reverse Complement Gadget


Reverse Complement - Bioinformatics Tools



Description:"Reverse Complement - Bioinformatics Tools" Reverse Complement converts a DNA sequence into its reverse, complement, or reverse-complement counterpart. You may want to work with the reverse-complement of a sequence if it contains an ORF on the reverse strand.
Author: Your Lab Data

Melting Temperature (Tm) calculator

This tool will calculate melting temperature for an oligonucleotide. Formulas for basic tm calculation are explained in the script. For Base-Stacking Tm computing, references are provided.



Microsatellite Repeats Finder

This tool finds microsatellites in DNA sequences. Microsatellites are copies ofsimple di, tri, tetra, and pentanucleotides which lie adjacent to each other. For example the sequence ACGTACGTACGTACGTACGT is a microsatellite repeat of tetranucleotide ACGT.


In Silico PCR Amplification

In Silico PCR Amplification




Description: Simulation of PCR amplification. Allows one mismatch between primer and template.
Author: Your Lab Data

Primer3 (Basic Edition)

Primer3 (Basic Edition)




Description:Primer3 is a widely used program for designing PCR primers (PCR = 'Polymerase Chain Reaction'). PCR is an essential and ubiquitous tool in genetics and molecular biology. Primer3 can also design hybridization probes and sequencing primers. This is a basic edition with only basic input. A full featured edition is comming soon.
Author: Your Lab Data