Nature Supplement on visualizing biological data

Diuen que una imatge val més que mil paraules. Aquest mes la revista Nature methods publica un suplement on-line sobre visualització de dades biològiques. Molt recomanable. Aquí teniu els links:

Foreword

Supplement on visualizing biological data - pS1

Daniel Evanko

doi:10.1038/nmeth0310-S1

Full Text - Supplement on visualizing biological data | PDF (188 KB) - Supplement on visualizing biological data

---

Commentary

Visualizing biological data—now and in the future - ppS2 - S4

Seán I O'Donoghue, Anne-Claude Gavin, Nils Gehlenborg, David S Goodsell, Jean-Karim Hériché, Cydney B Nielsen, Chris North, Arthur J Olson, James B Procter, David W Shattuck, Thomas Walter & Bang Wong

doi:10.1038/nmeth.f.301

Abstract - Visualizing biological data[mdash]now and in the future | Full Text - Visualizing biological data—now and in the future | PDF (336 KB) - Visualizing biological data—now and in the future

---

Reviews

Visualizing genomes: techniques and challenges - ppS5 - S15

Cydney B Nielsen, Michael Cantor, Inna Dubchak, David Gordon & Ting Wang

doi:10.1038/nmeth.1422

Abstract - Visualizing genomes: techniques and challenges | Full Text - Visualizing genomes: techniques and challenges | PDF (993 KB) - Visualizing genomes: techniques and challenges | Supplementary information

---

Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution - ppS16 - S25

James B Procter, Julie Thompson, Ivica Letunic, Chris Creevey, Fabrice Jossinet & Geoffrey J Barton

doi:10.1038/nmeth.1434

Abstract - Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution | Full Text - Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution | PDF (867 KB) - Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution | Supplementary information

---

Visualization of image data from cells to organisms - ppS26 - S41

Thomas Walter, David W Shattuck, Richard Baldock, Mark E Bastin, Anne E Carpenter, Suzanne Duce, Jan Ellenberg, Adam Fraser, Nicholas Hamilton, Steve Pieper, Mark A Ragan, Jurgen E Schneider, Pavel Tomancak & Jean-Karim Hériché

doi:10.1038/nmeth.1431

Abstract - Visualization of image data from cells to organisms | Full Text - Visualization of image data from cells to organisms | PDF (1,682 KB) - Visualization of image data from cells to organisms

---

Visualization of macromolecular structures - ppS42 - S55

Seán I O'Donoghue, David S Goodsell, Achilleas S Frangakis, Fabrice Jossinet, Roman A Laskowski, Michael Nilges, Helen R Saibil, Andrea Schafferhans, Rebecca C Wade, Eric Westhof & Arthur J Olson

doi:10.1038/nmeth.1427

Abstract - Visualization of macromolecular structures | Full Text - Visualization of macromolecular structures | PDF (2,317 KB) - Visualization of macromolecular structures | Supplementary information

---

Visualization of omics data for systems biology - ppS56 - S68

Nils Gehlenborg, Seán I O'Donoghue, Nitin S Baliga, Alexander Goesmann, Matthew A Hibbs, Hiroaki Kitano, Oliver Kohlbacher, Heiko Neuweger, Reinhard Schneider, Dan Tenenbaum & Anne-Claude Gavin

doi:10.1038/nmeth.1436

Abstract - Visualization of omics data for systems biology | Full Text - Visualization of omics data for systems biology | PDF (1,469 KB) - Visualization of omics data for systems biology | Supplementary information

Tanquem l'any Darwin amb regals ....

Per acabar l'any Darwin algunes idees per fer un regal "evolutiu". N'hi ha per totes les edats i gustos. Bé, per tots els gustos (creacionistes o IDiots) potser no. Extret de l'"Evolver Zone", a resource for students, teachers, and researchers with an interest in evolution.

Edició il·lustrada de l'origen de les espècies en Català

Per fi tinc entre les mans una nova edició en català i il·lustrada de l'"origen de les espècies" de Charles Darwin. Es tracta d'un llibre de gran format per la seva mida però també per la seva curada edició. No estem davant d'una reedició d'una traducció ja existent, si no que es tracta d'una traducció feta pels investigadors de la Universitat de València Juli Peretò i Andrés Moya de la primera edició. Tal i com els autors esmenten en el pròleg "Hi ha una opinió general que, de les sis que es publicaren al llarg de quasi vint anys, la primera edició de L'origen és la més vívida i audaç, la que presenta el pensament de Darwin d'una manera més original i directa, sense la càrrega afegida de les respostes a la pluja de crítiques rebudes, moltes de les quals, vistes d'avui, tenen un escàs valor i interès.". Com a curiositat podeu veure totes les modificacions que Darwin va fer al llarg de les sis edicions de l'obra a l'adreça http://benfry.com/traces/.

Aquesta nova versió catalana ha estat però "alleugerida", així s'han escurçat la diversitat d'exemples de l'obra original i s'ha suprimit el capítol on es parla de l'herència, "atès que la informació de la qual disposava l'autor és actualment poc o gens rellevant i té, per tant, un interès purament històric.". M'ha fet gràcia també el fet que com diuen els autors "En alguna part del llibre, que no revelarem, hem deixat anar algun anacronisme: hem emprat el text de Darwin amb exemples contemporanis, només per reforçar la seua condició de clàssic, de plena vigència de les propostes originals." A veure si trobem aquests anacronismes ...

Un altre fet molt destacable de l'obra és que es tracta d'una edició il·lustrada. El llibre conté unes dues-centes il·lustracions fetes per en Carles Puche, moltes d'elles exemplificant les variacions entre espècies molt relacionades d'animals o de plantes o mostrant alguna de les idees que Darwin ens volia transmetre a través del text. I és que de fet, en les sis edicions originals de l'"origen de les espècies", només hi apareix una única figura, la que en aquesta edició catalana apareix en la pàgina 50 i que correspon a un esquema de la divergència de les espècies.

M'ha fet gràcia també la figura de la última plana, provinent d'un dels quaderns de notes de Darwin del 1837, de "l'arbre de la vida de Darwin". Una de les primeres representacions de l'anomenat arbre de la vida o "tree of life".

En resum, un llibre molt recomanable, ideal per fer un regal. Per cert jo ja el tinc, us haureu de pensar un altre ....

Science tattoos

Com que fer-se tatuatges està de moda, per què no un tatuatge amb un tema científic? En aquest blog trobareu algunes idees. Jo us deixo els que he triat per alguns de vosaltres.

Per a un amant dels arbres filogenètics. El que et pot passar però és que es tatuï un "tree of life" i després l'hagi de canviar per un "forest of life":








Pels nomades que viatgen i que ara sembla que l'èxit els porta a estar entre les estrelles:


Una cinta de Moebius (que mai s'acaba) com les que representava M.C. Escher:


Per a un amb el mateix nom que aquest personatge i que per fi ja no busca més solapaments:




Per a qualsevol malalt dels ordinadors


Una altra manera de portar el teu nom de pila tatuat

Especial sobre evolucio a la revista de la SEBBM

El número de Juny de la revista de la "Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular (SEBBM)" inclou un dossier científic sobre l'estudi de l'evolució al Segle XXI. El dossier, coordinat pel Dr Juli Peretó, inclou un article introductori titulat "Sobre evolución, bioquímica y biología molecular: añada la palabra clave complejidad" del mateix Dr Peretó, i 5 articles:

• "Diez días que no conmovieron al mundo" del Dr Ricardo Guerrero
  
• "La selección natural en el siglo XXI" del Dr Jaume Bertranpetit
  
• "¿Por qué aún cuesta tanto aceptar la teoría de la evolución? Algunas reflexiones" de la Dra María de la Luz Cárdenas Cerda
  
• "Evolución y metástasis del cáncer" del Dr Joan Massagué

Tots ells molt recomanables. Però i el cinquè article? Sense ser gens objectiu, us recomano també que llegiu l'article que porta per títol "Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies.". Aquest article ha estat una petita contribució des de Tarragona i Bethesda ... ja em direu que us sembla. Per cert, en l'article no s'esmenta, però caldria agrair al Dr Pallejà la lectura d'un esborrany i la correcció d'algunes errades amb les dates ....

Ja que la revista està en castellà, us deixo almenys el resum d'aquest darrer article en català:

L'estudi de l'evolució i la recerca de l'arbre de la vida (tree of life) estan més vigents que mai. Les noves dades provinents de les seqüenciacions dels genomes de diferents espècies, al contrari del que es creia, no han permès la reconstrucció d'un únic arbre filogenètic on es representin totes les relacions evolutives de les espècies. Aquestes noves dades han provocat però la reconsideració d'alguns conceptes i la introducció de nous paradigmes. La representació de les relacions entre les espècies mitjançant un arbre filogenètic potser no és la més adient i han sorgit noves representacions com una xarxa (network of life) o un bosc (forest of life)"