Nature Supplement on visualizing biological data

Diuen que una imatge val més que mil paraules. Aquest mes la revista Nature methods publica un suplement on-line sobre visualització de dades biològiques. Molt recomanable. Aquí teniu els links:

Foreword

Supplement on visualizing biological data - pS1

Daniel Evanko

doi:10.1038/nmeth0310-S1

Full Text - Supplement on visualizing biological data | PDF (188 KB) - Supplement on visualizing biological data

---

Commentary

Visualizing biological data—now and in the future - ppS2 - S4

Seán I O'Donoghue, Anne-Claude Gavin, Nils Gehlenborg, David S Goodsell, Jean-Karim Hériché, Cydney B Nielsen, Chris North, Arthur J Olson, James B Procter, David W Shattuck, Thomas Walter & Bang Wong

doi:10.1038/nmeth.f.301

Abstract - Visualizing biological data[mdash]now and in the future | Full Text - Visualizing biological data—now and in the future | PDF (336 KB) - Visualizing biological data—now and in the future

---

Reviews

Visualizing genomes: techniques and challenges - ppS5 - S15

Cydney B Nielsen, Michael Cantor, Inna Dubchak, David Gordon & Ting Wang

doi:10.1038/nmeth.1422

Abstract - Visualizing genomes: techniques and challenges | Full Text - Visualizing genomes: techniques and challenges | PDF (993 KB) - Visualizing genomes: techniques and challenges | Supplementary information

---

Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution - ppS16 - S25

James B Procter, Julie Thompson, Ivica Letunic, Chris Creevey, Fabrice Jossinet & Geoffrey J Barton

doi:10.1038/nmeth.1434

Abstract - Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution | Full Text - Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution | PDF (867 KB) - Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution | Supplementary information

---

Visualization of image data from cells to organisms - ppS26 - S41

Thomas Walter, David W Shattuck, Richard Baldock, Mark E Bastin, Anne E Carpenter, Suzanne Duce, Jan Ellenberg, Adam Fraser, Nicholas Hamilton, Steve Pieper, Mark A Ragan, Jurgen E Schneider, Pavel Tomancak & Jean-Karim Hériché

doi:10.1038/nmeth.1431

Abstract - Visualization of image data from cells to organisms | Full Text - Visualization of image data from cells to organisms | PDF (1,682 KB) - Visualization of image data from cells to organisms

---

Visualization of macromolecular structures - ppS42 - S55

Seán I O'Donoghue, David S Goodsell, Achilleas S Frangakis, Fabrice Jossinet, Roman A Laskowski, Michael Nilges, Helen R Saibil, Andrea Schafferhans, Rebecca C Wade, Eric Westhof & Arthur J Olson

doi:10.1038/nmeth.1427

Abstract - Visualization of macromolecular structures | Full Text - Visualization of macromolecular structures | PDF (2,317 KB) - Visualization of macromolecular structures | Supplementary information

---

Visualization of omics data for systems biology - ppS56 - S68

Nils Gehlenborg, Seán I O'Donoghue, Nitin S Baliga, Alexander Goesmann, Matthew A Hibbs, Hiroaki Kitano, Oliver Kohlbacher, Heiko Neuweger, Reinhard Schneider, Dan Tenenbaum & Anne-Claude Gavin

doi:10.1038/nmeth.1436

Abstract - Visualization of omics data for systems biology | Full Text - Visualization of omics data for systems biology | PDF (1,469 KB) - Visualization of omics data for systems biology | Supplementary information

La historia de l'ós polar

Aquests dies és notícia la recent seqüenciació del DNA mitocondrial d'un ós polar (Ursus maritimus). La notícia no tindria tanta repercussió si no fos pel fet que el DNA es va extreure d'una mandíbula parcialment fossilitzada trobada a Noruega al 2004 i d'una antiguitat de 110.000–130.000 anys.

Segons el comunicat de premsa de l'equip investigador, es tracta de la seqüència de DNA mitocondrial més antiga d'un mamífer que s'ha seqüenciat fins al moment. La seqüenciació del DNA mitocondrial es descriu en l'article publicat a la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) i posa de manifest que l'ós polar és una espècie relativament recent (va divergir fa uns 150.000 anys de l'actual ós bru) que es va adaptar molt ràpidament a l'entorn de l'àrtic. Es podrà adaptar aquesta espècie al canvi climàtic causat per la humanitat? Esperem que aquesta seqüència de DNA no passi a ser una seqüència d'una espècie extingida.

Tanquem l'any Darwin amb regals ....

Per acabar l'any Darwin algunes idees per fer un regal "evolutiu". N'hi ha per totes les edats i gustos. Bé, per tots els gustos (creacionistes o IDiots) potser no. Extret de l'"Evolver Zone", a resource for students, teachers, and researchers with an interest in evolution.

Fa 150 anys .....

El 24 de Novembre de 1859 (avui fa 150 anys) es va publicar la primera edició de l'origen de les espècies de Charles Darwin. A Internet hi han forces llocs on es fan ressò d'aquest fet. Jo us aconsello la visita als següents:

• El buit del temps:El segle i mig de L'origen de les espècies.
  
  
• Charles Darwin's Beagle Diary: Podeu llegir el que va escriu Darwin el 24 de Novembre de 1834 mentre era a bord del Beagle.
  
  
• Com a curiositat podeu veure totes les modificacions que Darwin va fer al llarg de les sis edicions de l'obra a l'adreça http://benfry.com/traces/.
  
  
• En el llibre següent podreu llegir algunes dades sobre el nombre de còpies, el benefici que en va treure Darwin o l'editor John Murray, o va ser realment el 24 de Novembre la data de publicació?
  

Edició il·lustrada de l'origen de les espècies en Català

Per fi tinc entre les mans una nova edició en català i il·lustrada de l'"origen de les espècies" de Charles Darwin. Es tracta d'un llibre de gran format per la seva mida però també per la seva curada edició. No estem davant d'una reedició d'una traducció ja existent, si no que es tracta d'una traducció feta pels investigadors de la Universitat de València Juli Peretò i Andrés Moya de la primera edició. Tal i com els autors esmenten en el pròleg "Hi ha una opinió general que, de les sis que es publicaren al llarg de quasi vint anys, la primera edició de L'origen és la més vívida i audaç, la que presenta el pensament de Darwin d'una manera més original i directa, sense la càrrega afegida de les respostes a la pluja de crítiques rebudes, moltes de les quals, vistes d'avui, tenen un escàs valor i interès.". Com a curiositat podeu veure totes les modificacions que Darwin va fer al llarg de les sis edicions de l'obra a l'adreça http://benfry.com/traces/.

Aquesta nova versió catalana ha estat però "alleugerida", així s'han escurçat la diversitat d'exemples de l'obra original i s'ha suprimit el capítol on es parla de l'herència, "atès que la informació de la qual disposava l'autor és actualment poc o gens rellevant i té, per tant, un interès purament històric.". M'ha fet gràcia també el fet que com diuen els autors "En alguna part del llibre, que no revelarem, hem deixat anar algun anacronisme: hem emprat el text de Darwin amb exemples contemporanis, només per reforçar la seua condició de clàssic, de plena vigència de les propostes originals." A veure si trobem aquests anacronismes ...

Un altre fet molt destacable de l'obra és que es tracta d'una edició il·lustrada. El llibre conté unes dues-centes il·lustracions fetes per en Carles Puche, moltes d'elles exemplificant les variacions entre espècies molt relacionades d'animals o de plantes o mostrant alguna de les idees que Darwin ens volia transmetre a través del text. I és que de fet, en les sis edicions originals de l'"origen de les espècies", només hi apareix una única figura, la que en aquesta edició catalana apareix en la pàgina 50 i que correspon a un esquema de la divergència de les espècies.

M'ha fet gràcia també la figura de la última plana, provinent d'un dels quaderns de notes de Darwin del 1837, de "l'arbre de la vida de Darwin". Una de les primeres representacions de l'anomenat arbre de la vida o "tree of life".

En resum, un llibre molt recomanable, ideal per fer un regal. Per cert jo ja el tinc, us haureu de pensar un altre ....

Especial sobre evolucio a la revista de la SEBBM

El número de Juny de la revista de la "Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular (SEBBM)" inclou un dossier científic sobre l'estudi de l'evolució al Segle XXI. El dossier, coordinat pel Dr Juli Peretó, inclou un article introductori titulat "Sobre evolución, bioquímica y biología molecular: añada la palabra clave complejidad" del mateix Dr Peretó, i 5 articles:

• "Diez días que no conmovieron al mundo" del Dr Ricardo Guerrero
  
• "La selección natural en el siglo XXI" del Dr Jaume Bertranpetit
  
• "¿Por qué aún cuesta tanto aceptar la teoría de la evolución? Algunas reflexiones" de la Dra María de la Luz Cárdenas Cerda
  
• "Evolución y metástasis del cáncer" del Dr Joan Massagué

Tots ells molt recomanables. Però i el cinquè article? Sense ser gens objectiu, us recomano també que llegiu l'article que porta per títol "Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies.". Aquest article ha estat una petita contribució des de Tarragona i Bethesda ... ja em direu que us sembla. Per cert, en l'article no s'esmenta, però caldria agrair al Dr Pallejà la lectura d'un esborrany i la correcció d'algunes errades amb les dates ....

Ja que la revista està en castellà, us deixo almenys el resum d'aquest darrer article en català:

L'estudi de l'evolució i la recerca de l'arbre de la vida (tree of life) estan més vigents que mai. Les noves dades provinents de les seqüenciacions dels genomes de diferents espècies, al contrari del que es creia, no han permès la reconstrucció d'un únic arbre filogenètic on es representin totes les relacions evolutives de les espècies. Aquestes noves dades han provocat però la reconsideració d'alguns conceptes i la introducció de nous paradigmes. La representació de les relacions entre les espècies mitjançant un arbre filogenètic potser no és la més adient i han sorgit noves representacions com una xarxa (network of life) o un bosc (forest of life)"

Celabrant el dia de Darwin

Qualsevol blog que parli algun cop de Ciència, aquest any 2009 ha de fer referència, sens dubte, a Charles Darwin i al fet que aquest any es celebra el 200 aniversari del seu naixement (en concret, avui 12 de febrer és el Darwing Day) i el 150 aniversari de la publicació del seu llibre "Origen de les espècies". Coincidint amb la iniciativa Blog for Darwin, aquest blog hi contribueix amb un breu qüestionari sobre Darwin. T'atreveixes a contestar a les preguntes?

Si vols estudiar una mica abans de fer el qüestionari o descobrir noves coses al voltant de Darwin pots fer-ho en els enllaços següents:

• Darwin online: trobareu on line tota la seva obra
  
• Darwin Correspondence Project
  
• aboutdarwin.com
  
• Natural History Museum, London
  
• Darwin Aloud:Una iniciativa on si et graves llegint un fragment de l'Origen de les espècies els ho envies i potser sortiràs en un muntatge que apareixerà el 23 de Març
  
• Especial sobre Darwin a la revista Nature
  
• Especial sobre Darwin a The New York Times
  
• Especial sobre Darwin a Scientific American
  
• Darwin 2009 del CSIC
  
• Darwin Correspondence Project
  
• darwin2009.cat
  
• Darwin 200
  
• Darwin at The Open University
  
• BBC Darwin
  
• National Geographic. Inclou un qüestionari de 10 preguntes en anglès

Preparant "The Darwin Day"

Aneu-vos preparant pel Darwin day, el dia de Darwin. Serà el proper 12 de Febrer, dia en que es celebra el dia del seu naixement. Aquest any serà realment especial, doncs es celebra el 200 aniversari del seu naixement i el 150 aniversari de la publicació del seu llibre "Origen de les espècies". Hi ha un munt d'actes programats arreu del món per aquest dia i també haureu vist a les revistes, suplements dominicals, ... un munt de reportatges sobre Darwin. Una iniciativa molt encertada anomenada Blog for Darwin pretén recollir tots els blogs que durant el dia 12 o dies posteriors parlaran sobre Darwin. Ja us avanço que aquest blog contribuirà al dia Darwin i per això ja ha estat inscrit en aquesta iniciativa del Blog for Darwin. A més, per a que us aneu preparant he afegit un compte-enrera pels dies que queden.



Per a que aneu fent boca, us deixo una petita tira còmica sobre Darwin i com va salvar el món:

El genoma del tigre de Tasmania

El llop marsupial, a vegades també anomenat tigre de Tasmània, és un animal extingit de la espècie Thylacinus cynocephalus que va viure a Austràlia i Tasmània. Va quedar restringit a Tasmània, on després de caceres abusives al llarg del segle XIX va anar desapareixent progressivament. L'últim exemplar va morir al zoo de Hobart l'any 1936.

Després de 73 anys de la seva extinció, aquest animal torna a ser notícia. El passat 13 de Gener un grup d'investigadors d'arreu del món (entre ells l'espanyol Juan Luis Arsuaga) liderats per científics de la Pennsylvania State University, han publicat un article on descriuen la seqüenciació, a partir de mostres extretes de dos espècimens conservats en un Museu, del genoma mitocondrial d'aquesta espècie. No és la primera espècie extingida de la que s'ha seqüenciat el seu genoma, doncs disposem ja de la seqüència del genoma nuclear quasi complert del Mamut, i el genoma mitocondrial i molt properament el genoma nuclear complert de l'home de Neardental. Però podríem dir que el tigre de Tasmània és el primer animal extingit del que hi han però fotografies (i alguna filmació) en vida, del que s'ha seqüenciat en la seva totalitat el genoma mitocondrial.



Al 1989, però, ja es va seqüenciar dos fragments corresponents a dos gens mitocondrials: un fragment de 108 parells de bases del gen que codifica per a la subunitat 12S del RNA ribosòmic i un fragment de 115 parells de bases del gen del citocrom b. I més tard al 1997 i al 2000 es van seqüenciar 950 (Gb:U87405) i 1146 (Gb:M99452) parells de base dels dos gens anteriors. A nivell més personal, la notícia de la seqüenciació del genoma mitocondrial del Tigre de Tasmània m'ha fet certa gràcia. Precisament aquest dies estic corregint un exercici on plantejava als meus alumnes que establissin a partir de la seqüència de 1146 nucleòtids del citocrom b del Tigre de Tasmània i la comparació amb altres seqüencies de citocrom b d'altres espècies, a quins animals s'assemblava més el Tigre de Tasmània, o dit d'altra manera quina era la seva posició en l'arbre de les espècies.

Tot i anomenar-se Tigre de Tasmània, es tractava d'un animal marsupial carnívor. Devia el seu nom (llop marsupial) a la seva semblança morfològica amb un llop, encara que aquesta semblança (i d'altres, per exemple amb un altre carnívor marsupial ja extingit de Sud-americà) era deguda al que en evolució s'anomena convergència evolutiva. L'anàlisi de les seqüències de DNA mostren, com han fet també els meus alumnes, que els animals més similars al Tigre de Tasmània son altres marsupials com els cangurs.

Més informació:

• Tasmanian Tiger Sequencing Project at the Pennsylvania State University (PSU)
  
• Mammoth Genome Project at the Pennsylvania State University (PSU)
  
• EurekAlert:'Museomics' yields new insights into extinct Tasmanian tiger
  
• EurekAlert:Scientists sequence woolly-mammoth genome
  
• Science, society, stuff... blog
  
• DNA d'espècies extingides

Involucio

Segons l'Enciclopèdia catalana, podem definir involució com el "Conjunt de modificacions regressives naturals o per alteracions (regeneracions, reorganitzacions, malalties, etc) que s'esdevenen dins una cèl·lula, un òrgan o un organisme. Es desenvolupen progressivament, com és ara les senils o la del timus a la pubertat.".
El terme en anglès s'anomena "de-evolution", però no sembla que sigui un terme gaire científic ja que l'evolució no té cap propòsit ni direcció. Dir que l'home és l'espècie més evolucionada o complexa és una de les equivocacions més comunes que es fa al parlar d'evolució.

A vegades però sembla veritat que l'home està involucionant.
Però no patiu en el blog Abulafia trobareu la resposta. No us perdeu, senzillament GENIAL.