dilluns, 21 de setembre de 2009

Structural Biology Rankings

Els científics tenen la mania de fer rànquings, organitzar competicions i premis científics. I és que els científics són molt competitius. Un dels darrers rànquings que he trobat és l'anomenat Structural Biology Rankings (rànquing sobre Biologia Estructural). Aquest rànquing pretén destacar les estructures de proteïnes (així com els investigadors que les han obtingut) que han tingut més repercussió científica, mesurada segons el nombre de cops que una estructura ha estat descarregada d'Internet (en concret del repositori Worldwide Protein Data Bank) i el nombre de cites dels articles que les descriuen. Com tot rànquing, els criteris utilitzats per fer-lo són subjectius i si es canviessin, el rànquing seria totalment diferent.

Jo potser faria un esment especial a la primera estructura d'una proteïna que es va obtenir: la de l'hemoglobina, determinada al 1959 per Max Perutz, per la que guanyaria el premi Nobel de Química al 1962. I és que obtenir l'estructura d'una proteïna (és a dir, determinar la posició tridimensional exacte de tots els àtoms que la formen) no es senzill. Primer de tot cal purificar-la i després cristal·litzar-la. Un cop s'han obtingut els cristalls (feina no gaire fàcil, ja que no totes les proteïnes cristal·litzen amb facilitat) el mètode més emprat per determinar la seva estructura és utilitzar la informació del resultat de la difracció de raigs X a través dels cristalls de la proteïna per deduir la posició exacte de tots els àtoms.



Aquí us deixo el Rànquing de les 10 primeres estructures:
MoleculeRelease dateCitationsDownloadsFinal score
POTASSIUM CHANNEL (KCSA) FROM STREPTOMYCES LIVIDANS
1998-07-291118392496880
CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN
2000-08-04642394414387
COMPLEX BETWEEN NUCLEOSOME CORE PARTICLE (H3,H4,H2A,H2B) AND 146 BP LONG DNA FRAGMENT
1998-09-301009220543516
CRYSTAL STRUCTURE OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI AT 2.4 ANGSTROM RESOLUTION
2000-08-14645208952339
High resolution crystal structure of human B2-adrenergic G protein-coupled receptor
2007-10-30111525282222
Crystal structure of calcium ATPase with two bound calcium ions
2004-05-04449175681781
HIV-1 GP120 CORE COMPLEXED WITH CD4 AND A NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY
1998-07-08619174701691
GREEN FLUORESCENT PROTEIN FROM AEQUOREA VICTORIA
1996-11-08280413281689
BOVINE MITOCHONDRIAL F1-ATPASE
1996-12-07685163541640
Mammalian Shaker Kv1.2 potassium channel- beta subunit complex
2005-07-12243229271425


I el rànquing per funcionalitat:

Top Functionality


  1. Photosystem II

  2. Thylakoid membrane

  3. Photosystem II reaction center

  4. Photosynthesis

  5. Positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway

  6. Estrogen response element binding

  7. Thylakoid

  8. Chromatin remodeling complex

  9. Estrogen receptor activity

  10. Estrogen receptor signaling pathway


1 comentari:

Pere ha dit...

Osti, tinc un amic cristal·lògraf, ja li preguntaré que li sembla el ranking i si hi surt alguna de les seves proteïnes