dimarts, 30 de desembre de 2008

Nou equip Assessor d'Obama sobre ciencia

El President Obama fa just uns dies que ha anunciat el seu nou equip que l'haurà d'assessorar sobre qüestions científiques. Aquí us deixo un vídeo del seu discurs, així com el text original i una traducció que m'he permès fer amb l'ajuda d'alguns traductors automàtics. Com a declaració d'intencions sobre el paper de la ciència en la nova Administració no està gens malamens. Esperem que sigui realment així.





Remarks of the President-Elect Barack Obama
Science Team Rollout Radio Address
Friday, December 17, 2008
Chicago, Illinois

Over the past few weeks, Vice President-Elect Biden and I have announced some of the leaders who will advise us as we seek to meet America’s twenty-first century challenges, from strengthening our security, to rebuilding our economy, to preserving our planet for our children and grandchildren. Today, I am pleased to announce members of my science and technology team whose work will be critical to these efforts.

Whether it’s the science to slow global warming; the technology to protect our troops and confront bioterror and weapons of mass destruction; the research to find life-saving cures; or the innovations to remake our industries and create twenty-first century jobs—today, more than ever before, science holds the key to our survival as a planet and our security and prosperity as a nation. It is time we once again put science at the top of our agenda and worked to restore America’s place as the world leader in science and technology.

Right now, in labs, classrooms and companies across America, our leading minds are hard at work chasing the next big idea, on the cusp of breakthroughs that could revolutionize our lives. But history tells us that they cannot do it alone. From landing on the moon, to sequencing the human genome, to inventing the Internet, America has been the first to cross that new frontier because we had leaders who paved the way: leaders like President Kennedy, who inspired us to push the boundaries of the known world and achieve the impossible; leaders who not only invested in our scientists, but who respected the integrity of the scientific process.

Because the truth is that promoting science isn’t just about providing resources—it’s about protecting free and open inquiry. It’s about ensuring that facts and evidence are never twisted or obscured by politics or ideology. It’s about listening to what our scientists have to say, even when it’s inconvenient—especially when it’s inconvenient. Because the highest purpose of science is the search for knowledge, truth and a greater understanding of the world around us. That will be my goal as President of the United States—and I could not have a better team to guide me in this work.

Dr. John Holdren has agreed to serve as Assistant to the President for Science and Technology and Director of the White House Office of Science and Technology Policy. John is a professor and Director of the Program on Science, Technology, and Public Policy at Harvard’s Kennedy School of Government, as well as President and Director of the Woods Hole Research Center. A physicist renowned for his work on climate and energy, he’s received numerous honors and awards for his contributions and has been one of the most passionate and persistent voices of our time about the growing threat of climate change. I look forward to his wise counsel in the years ahead.

John will also serve as a Co-Chair of the President’s Council of Advisors on Science and Technology—or PCAST—as will Dr. Harold Varmus and Dr. Eric Lander. Together, they will work to remake PCAST into a vigorous external advisory council that will shape my thinking on the scientific aspects of my policy priorities.

Dr. Varmus is no stranger to this work. He is not just a path-breaking scientist, having won a Nobel Prize for his research on the causes of cancer—he also served as Director of the National Institutes of Health during the Clinton Administration. I am grateful he has answered the call to serve once again.

Dr. Eric Lander is the Founding Director of the Broad Institute at MIT and Harvard and was one of the driving forces behind mapping the human genome—one of the greatest scientific achievements in history. I know he will be a powerful voice in my Administration as we seek to find the causes and cures of our most devastating diseases.

Finally, Dr. Jane Lubchenco has accepted my nomination as the Administrator of NOAA, the National Oceanic and Atmospheric Administration, which is devoted to conserving our marine and coastal resources and monitoring our weather. An internationally known environmental scientist and ecologist and former President of the American Association for the Advancement of Science, Jane has advised the President and Congress on scientific matters, and I am confident she will provide passionate and dedicated leadership at NOAA.

Working with these leaders, we will seek to draw on the power of science to both meet our challenges across the globe and revitalize our economy here at home. And I’ll be speaking more after the New Year about how my Administration will engage leaders in the technology community and harness technology and innovation to create jobs, enhance America’s competitiveness and advance our national priorities.

I am confident that if we recommit ourselves to discovery; if we support science education to create the next generation of scientists and engineers right here in America; if we have the vision to believe and invest in things unseen, then we can lead the world into a new future of peace and prosperity.

Thank you.
Comentaris del President Electe Barack Obama
Adreçat a la Ràdio sobre l'Equip de Ciència

Divendres, 17 de desembre, de 2008
Chicago, Illinois

Durant les passades setmanes, el Vice President electe Biden i jo hem anunciat alguns dels líders que ens han d'assessorar en la recerca de satisfer els reptes d'Amèrica del segle XXI i que ens han de portar a l'enfortiment de la nostra seguretat, la reconstrucció de la nostra economia, i a la preservació del nostre planeta per als nostres fills i néts. Avui, em plau anunciar els membres del meu equip de ciència i tecnologia la tasca del qual serà fonamental per aquests esforços.

Ja sigui en la ciència per alentir l'escalfament global, la tecnologia per protegir a les nostres tropes i fer front al bioterrorisme i les armes de destrucció massiva, la recerca per trobar cures que estalviïn vides, o les innovacions per refer les nostres indústries i per crear avui els llocs de treball del segle XXI, més que mai, la ciència és la clau per a la nostra supervivència com a planeta i la nostra seguretat i prosperitat com a nació. Ja és hora que, una vegada més, posem la ciència en les prioritats del nostre programa i treballem per restaurar el lloc dels Estats Units com a líder mundial en la ciència i tecnologia.

Ara mateix, en laboratoris, aules i empreses de tota Amèrica, les nostres principals ments estan treballant fort empaitant la propera gran idea, en la cúspide dels avenços que podrien revolucionar les nostres vides. Tanmateix, la història ens diu que no poden fer-ho sols. Des de l'aterrarratge a la lluna, fins a la seqüènciació del genoma humà, o la invenció d'Internet, els Estats Units han estat els primers en creuar la nova frontera, ja que hen tingut dirigents que han aplanat el camí: dirigents com el President Kennedy, que ens va inspirar per prémer els límits del món conegut i aconseguir l'impossible; dirigents que no solament invertien en els nostres científics, sinó que respectaven la integritat del procés científic.

Perquè la veritat és que la promoció de la ciència no és només proporcionar els recursos- es tracta de protegir la recerca lliure i oberta. Es tracta de garantir que els fets i les evidències no siguin enfosquits per la política o la ideologia. Es tracta d'escoltar el que els nostres científics han de dir, fins i tot quan no ens agrada, especialment quan no ens agrada. Degut a que el més alt propòsit de la ciència és la recerca del coneixement, la veritat i una comprensió més gran del món que ens envolta. Aquest serà el meu objectiu com a President dels Estats Units- i no podria tenir un millor equip per guiar-me en aquesta tasca.

El Dr. John Holdren ha acceptat servir com a Ajudant del President per a la Ciència i Tecnologia i Director de la oficina de Política de Ciència i Tecnologia de la Casa Blanca. John és professor i el Director del Programa sobre Ciència, Tecnologia, i Política Pública a la Harvard Kennedy School of Goverment, així com President i Director del Woods Hole Reserach Center. Un físic de renom pel seu treball sobre el clima i l'energia, que ha rebut nombrosos honors i premis per les seves contribucions i ha estat una de les més apassionades i persistents veus del nostre temps sobre la creixent amenaça del canvi climàtic. Espero amb interès els seus asenyats consells en els propers anys.

John també servirà com a Co-president del Consell d' Assessors de Ciència i Tecnologia o PCAST - igual que el Dr. Harold Varmus i el Dr. Eric Lander. Junts, treballaran per fer del PCAST un consell consultiu extern vigorós que formarà la meva manera de pensar sobre els aspectes científics de les meves prioritats polítiques.

El Dr. Varmus no és estrany a aquest treball. Ell no és només un científic pioner, després d'haver guanyat un Premi Nobel per les seves investigacions sobre les causes del càncer- també ha servit com a Director dels Instituts Nacionals de Salut durant l'Administració Clinton. Estic agraït que hagi respost a la crida a servir una vegada més.

El Dr. Eric Lander és el Director fundador del Broad Institute al MIT i Harvard i va ser una de les forces impulsores darrere de la seqüènciació dels genoma humà- un dels majors èxits científics de la història. Sé que serà una veu poderosa en la meva Administració quan tractem de trobar les causes i les cures de les nostres malalties més devastadores.

Finalment, la Dra. Jane Lubchenco ha acceptat el meu nomenament com Administradora de la NOAA, l'Administració Oceànica i Atmosfèrica Nacional, que es dedica a la conservació dels nostres recursos marins i costaners i es seguiment del nostre temps. Un científic mediambiental internacionalment conegut i ecòleg i anterior President de l'Associació Americana per a l'Avenç de la Ciència, Jane ha aconsellat al President i Congrés sobre matèries científiques, i estic segur que proporcionarà lideratge vehement i dedicació a la NOAA.

Treballant amb aquests dirigents, procurarem aprofitar el potencial de la ciència tant per a complir amb els nostres reptes com revitalitzar la nostra economia aquí a casa. Parlaré més després de l'Any Nou sobre com la meva Administració comprometrà als líders de la comunitat tecnològica i d'innovació per crear llocs de treball, millorar la competitivitat d'Amèrica i promoure les nostres prioritats nacionals.

Estic convençut que si volem renovar el nostre compromís amb el descobriment, si recolzem l'ensenyament de la ciència per a crear la propera generació de científics i enginyers aquí a Amèrica; si tenim la visió per creure i invertir en coses no tangibles, llavors podem portar al món a un futur nou de pau i prosperitat.

Gràcies.

dilluns, 22 de desembre de 2008

Gens amb noms curiosos

Posar noms als descobriments científics no sempre és fàcil. En el cas de la genètica, quan s’identifica un nou gen cal posar-li un nom. El nom ha de ser breu i per això tot sovint es fan servir acrònims. Hi ha diverses possibilitats per batejar un gen:


Hi ha qui tria un nom que expressi la funció (si es coneix) de la proteïna que codifica aquest gen, o un acrònim (com el gen EYS, acrònim en anglès de l'expressió "ulls tancats", involucrat en alguns dels casos de ceguera hereditària) o un codi numèric (si per exemple els gens provenen d’un projecte de seqüènciació d’un genoma complet). I és que això de batejar els gens no és gens fàcil i és més important del que sembla. Cal que a un gen se l’anomeni sempre de la mateixa manera (fins i tot en diferents espècies) per evitar confusions. I és que normalment el primer nom amb el que es bateja a un gen, té moltes probabilitats de que s’imposi. Hi ha qui a més, busca un nom divertit, o sense voler-ho, genera un nom que fa riure. Alguns noms curiosos o divertits que podem trobar de gens o mutacions són:
  • ken i barbie: De l'espècie Drosophila melanogaster. Anomenats així perquè els seus mutants els hi manquen els genitals externs, com als ninos ken i barbie
  • superman: De l'espècie Arabidopsis thaliana. Alguns mutants d'aquest gen tenen més estams en les flors. La mutació anomenada kryptonita suprimeix l'efecte del gen superman
  • Tequila: Un gen de la mosca Drosophila melanogaster que quan està mutat evita la formació de la memòria a llarg termini
  • pokemon
  • tango
  • merlin
  • Sonic Hedgehog
  • aladin (ALacrima-achalasia-ADrenal Insufficiency Neurologic disorder)
  • Pavarotti
  • ZZZ1

És habitual però que un gen tingui més d'un nom i que gens diferents tinguin el mateix nom o acrònim. Per tot això cal posar ordre. Hi han hagut casos de noms que han estat considerats ofensius i que han estat retirats o s’han mantingut els acrònims però s’ha canviat el seu nom. En alguns casos s’ha creat un grup d’experts per posar nom als gens. És el cas de l’HUGO Gene Nomenclature Committee que té com objectiu anomenar tots els gens humans d'una forma única i amb un nom que tingui un significat.

Una base de dades divertida s'anomena "Clever Gene names" i té com a objectiu recollir noms divertits de gens. Hi ha diverses categories com art, literatura, religió, sports, cultura popular, tràfic, ... amb diversos noms reals de gens per a cada categoria. Així si trobeu un nom d'un gen divertit, ho podeu compartir amb la resta de la comunitat.


El problema amb els noms dels gens no acaba aquí. Està descrit que alguns noms de gens (com el gen DEC1, NOV2, 2310009E13, ..., ) poden generar errors en el programa Microsoft Excel, doncs el programa els interpreta com una data o com un nombre i els canvia automàticament. Per tant si mai heu d'anomenar algun descobriment científic, penseu molt bé el nom ...

divendres, 5 de desembre de 2008

Craig Venter: un ferm candidat al Nobel


Diuen que rectificar és de savis. Doncs bé, la meva opinió sobre el Dr J. Craig Venter ha canviat radicalment. La veritat és que fins ara, sense cap motiu concret, no era sant de la meva devoció. En una visió molt simplificada sobre la cursa/competició que va portar a principis del 2000 a la seqüenciació del genoma humà, el Dr Venter sempre ha estat el dolent de la pel·lícula. Ell representava una empresa comercial que volia fer diners (com totes les empreses), s'aprofitava de les dades del consorci públic i a més no feia públiques les seves dades. També en una visió molt idíl·lica de la realitat el consorci públic representava l'avenç de la ciència amb diners públics, l'altruisme i el fet de que tothom es pogués beneficiar dels avenços genòmics.

Què m'ha fet canviar d'opinió? Doncs la lectura del llibre del mateix Craig Venter "La vida descodificada". El llibre ve a ser unes memòries on explica tota la seva trajectòria humana i científica fins a l'actualitat, incloent informació sobre el seu genoma (un dels primers genomes humans que es va seqüenciar completament). I la veritat, els científics del consorci públic no queden gaire ben retratats. Segurament la veritat deu ser a mig camí del que diuen uns i el que diuen els altres. Respecte al llibre, la veritat és que si aconseguiu no abandonar-lo durant els primers capítols (on explica el principi de la seva vida i la seva experiència al Vietnam), que francament sobren, després s'anima amb la descripció de la ciència (però també sobre qüestions polítiques, comercials, ètiques, de relacions entre les persones, ...) que va viure com a protagonista. Sorprèn que al llarg del llibre, l'autor, va donant detalls del seu propi genoma, descrivint quines són les variants genètiques associades a la predisposició a patir alguna malaltia i quines variants té el seu propi genoma.

Ningú posa en dubte la contribució del Dr Venter en la seqüenciació del genoma humà (va rebre conjuntament amb altres investigadors de les dues parts, Celera i el consorci públic, el Premi Príncep d'Astúries de "Investigación Científica y Técnica" 2001), però sempre ha estat vist com el "noi dolent de la Biologia Molecular". Fixeu-vos si ha canviat la meva opinió sobre en Craig (ja no cal que el continuem anomenant tota l'estona Dr) que m'he fet del seu grup de fans del facebook ... i ja faig com els de l'editorial Espasa (editorial que ven la versió castellana del seu llibre) i considero ja al Dr Craig Venter com a guanyador del Premi Nobel, sense ser-ho (veieu el següent enllaç). De fet, les contribucions del Dr Craig Venter, que per cert és bioquímic, a la ciència són moltes i és que podem dir que sempre ha estat un innovador en tot el que ha fet. Algunes de les seves contribucions més importants són:
  • Desenvolupament dels ESTs, una estratègia per seqüènciar fragments de mRNA i que permet "caçar" els gens que s'expressen.
  • Va liderar el grup que va seqüenciar completament el primer genoma d'un organisme viu (sense contar els virus). En concret va seqüenciar el genoma del bacteri Haemophilus influenzae, al que van seguir els genomes de molts més microorganismes.
  • Va liderar el grup que va seqüenciar el genoma de la mosca de la fruita Drosophila melanogaster. Ho va fer com a banc de proves per a demostrar que l'estratègia de l'escopeta genòmica (que ja havia desenvolupat per seqüenciar els genomes bacterians) funciona en genomes més grans.
  • Va liderar el grup de l'empresa Celera genomics que va seqüenciar el genoma humà, utilitzant l'estratègia de l'escopeta genòmica.
  • Va ser l'iniciador dels projectes metagenòmics (consistents en aïllar i seqüenciar de forma global el DNA de diferents organismes que formen una comunitat). Així va agafar el seu veler, el Sorcerer II, i fent la volta al món, inspirat en el trajecte del Beagle que va fer Charles Darwin, va anar agafant mostres de l'aigua de diferents mars i oceans per aïllar i seqüenciar després el DNA que contenien.
  • Sintetitzar per primera vegada el genoma d'una espècie, en aquest cas el bacteri Mycoplasma genitalium, creant així un organisme nou (amb un missatge ocult inclòs en el seu genoma) batejat com Mycoplasma laboratorium.

Crec que qualsevol d'aquestes aportacions ja mereix per si sola el gran Premi ...