Gadgets sobre Bioinformatica

Aquí van una serie de Gadgets sobre Bioinformàtica molt útils desenvolupats per Your Lab Data. DNA to Protein

Translated DNA sequence to protein by using all genetic codes, including customised ones. All frames are translated.

Sequence Manipulation

The sequence is manipulate to remove non-coding characters, to get reverse and complement strands, to obtain both strands, to calculate G+C content and nucleotide composition, or may be converted to RNA.

Protein to DNA

Enter a protein sequence and obtain its reverse translation. Useful in design of degenerate oligonucleotides. All genetic codes are available.

Palindromic sequences finder Will search the sequence to find palindromic subsequences. Allows selection of minimum and maximum size of palindromic subsequences. Restriction digest of DNA

Restriction digestion of DNA sequences with endonucleases. Allows restriction of one or more sequences, and also the comparison of restriction patterns. All commercially available restriction enzymes are included as of REBASE version 711. This service recognizes 253 different cleavage patterns (from all 624 commercially available endonucleases).

Sequence:

Show code

Min. recognition size for each enzyme 45678

Type of restriction enzyme AllBlunt endsOverhang end

Use only this endonuclease Select AarI AasI AatI AatII AbsI AccI AccII AccIII Acc16I Acc36I Acc65I AccB1I AccB7I AccBSI AciI AclI AclWI AcoI AcsI AcuI AcvI AcyI AdeI AfaI AfeI AfiI AflII AflIII AgeI AhdI AhlI AjiI AjnI AjuI AleI AlfI AloI AluI AluBI AlwI Alw21I Alw26I Alw44I AlwNI Ama87I Aor13HI Aor51HI ApaI ApaLI ApeKI ApoI AscI AseI AsiGI AsiSI AspI Asp700I Asp718I AspA2I AspEI AspLEI AspS9I AssI AsuC2I AsuHPI AsuNHI AvaI AvaII AviII AvrII AxyI BaeI BalI BamHI BanI BanII BanIII BarI BasI BauI BbeI BbrPI BbsI BbuI BbvI Bbv12I BbvCI BccI BceAI BcgI BciVI BclI BcnI BcuI BdaI BfaI BfiI BfmI BfrI BfuI BfuAI BfuCI BglI BglII BisI BlnI BlpI BlsI BmcAI Bme18I Bme1390I Bme1580I BmeRI BmeT110I BmgBI BmgT120I BmiI BmrI BmrFI BmtI BmuI BoxI BpiI BplI BpmI Bpu10I Bpu14I Bpu1102I BpuAI BpuEI BpuMI BpvUI BsaI Bsa29I BsaAI BsaBI BsaHI BsaJI BsaMI BsaWI BsaXI Bsc4I Bse1I Bse8I Bse21I Bse118I BseAI BseBI BseCI BseDI Bse3DI BseGI BseJI BseLI BseMI BseMII BseNI BsePI BseRI BseSI BseXI BseX3I BseYI BsgI Bsh1236I Bsh1285I BshFI BshNI BshTI BshVI BsiEI BsiHKAI BsiHKCI BsiSI BsiWI BsiYI BslI BslFI BsmI BsmAI BsmBI BsmFI BsnI Bso31I BsoBI Bsp13I Bsp19I Bsp68I Bsp119I Bsp120I Bsp143I Bsp1286I Bsp1407I Bsp1720I BspACI BspANI BspCNI BspDI BspEI BspFNI BspHI BspLI BspLU11I BspMI BspMAI BspOI BspPI BspQI BspTI BspT104I BspT107I BspTNI BspXI BsrI BsrBI BsrDI BsrFI BsrGI BsrSI BssAI BssECI BssHII BssKI BssMI BssNI BssNAI BssSI BssT1I Bst6I Bst98I Bst1107I BstACI BstAPI BstAUI BstBI Bst2BI BstBAI Bst4CI BstC8I BstDEI BstDSI BstEII BstENI BstF5I BstFNI BstH2I BstHHI BstKTI BstMAI BstMBI BstMCI BstMWI BstNI BstNSI BstOI BstPI BstPAI BstSCI BstSFI BstSLI BstSNI BstUI Bst2UI BstV1I BstV2I BstXI BstX2I BstYI BstZI BstZ17I Bsu15I Bsu36I BsuRI BsuTUI BtgI BtgZI BtrI BtsI BtsCI BtuMI BveI Cac8I CaiI CciNI CelII CfoI CfrI Cfr9I Cfr10I Cfr13I Cfr42I ClaI CpoI CseI CspI Csp6I Csp45I CspAI CspCI CviAII CviJI CviKI-1 CviQI DdeI DinI DpnI DpnII DraI DraII DraIII DrdI DriI DseDI EaeI EagI Eam1104I Eam1105I EarI EciI Ecl136II EclHKI EclXI Eco24I Eco31I Eco32I Eco47I Eco47III Eco52I Eco57I Eco72I Eco81I Eco88I Eco91I Eco105I Eco130I Eco147I EcoICRI Eco57MI EcoNI EcoO65I EcoO109I EcoP15I EcoRI EcoRII EcoRV EcoT14I EcoT22I EcoT38I EgeI EheI ErhI Esp3I FaeI FalI FaqI FatI FauI FauNDI FbaI FblI Fnu4HI FokI FriOI FseI FspI FspAI FspBI Fsp4HI GlaI GluI GsuI HaeII HaeIII HapII HgaI HhaI Hin1I Hin1II Hin4I Hin6I HinP1I HincII HindII HindIII HinfI HpaI HpaII HphI Hpy8I Hpy99I Hpy188I Hpy188III HpyAV HpyCH4III HpyCH4IV HpyCH4V HpyF3I HpyF10VI Hsp92I Hsp92II HspAI ItaI KasI KpnI Kpn2I KspI Ksp22I Ksp632I KspAI Kzo9I LguI LweI MabI MaeI MaeII MaeIII MalI MamI MbiI MboI MboII MfeI MflI MhlI MlsI MluI MluNI MlyI Mly113I MmeI MnlI Mph1103I MreI MroI MroNI MroXI MscI MseI MslI MspI Msp20I MspA1I MspCI MspR9I MssI MunI MvaI Mva1269I MvnI MvrI MwoI NaeI NarI NciI NcoI NdeI NdeII NgoMIV NheI NlaIII NlaIV NmeAIII NmuCI NotI NruI NsbI NsiI NspI NspV OliI PacI PaeI PaeR7I PagI PalAI PasI PauI PceI PciI PciSI PctI PdiI PdmI PfeI Pfl23II PflFI PflMI PfoI PhoI PinAI PleI Ple19I PmaCI PmeI PmlI PpiI PpsI Ppu21I PpuMI PscI PshAI PshBI PsiI Psp5II Psp6I Psp1406I Psp124BI PspCI PspEI PspGI PspLI PspN4I PspOMI PspPPI PspXI PsrI PstI PsuI PsyI PvuI PvuII RcaI RgaI RigI RsaI RsaNI RseI RsrII Rsr2I SacI SacII SalI SanDI SapI SatI Sau96I Sau3AI SbfI ScaI SchI ScrFI SdaI SduI SetI SexAI SfaNI SfcI SfiI SfoI Sfr274I Sfr303I SfuI SgfI SgrAI SgrBI SgrDI SgsI SinI SlaI SmaI SmiI SmiMI SmlI SmoI SmuI SnaBI SpeI SphI SrfI Sse9I Sse8387I SseBI SsiI SspI SstI SstII StrI StuI StyI StyD4I SwaI TaaI TaiI TaqI TaqII TasI TatI TauI TfiI TliI Tru1I Tru9I TseI TsoI Tsp45I Tsp509I TspDTI TspEI TspGWI TspMI TspRI TstI Tth111I Van91I Vha464I VneI VpaK11BI VspI XagI XapI XbaI XceI XcmI XhoI XhoII XmaI XmaCI XmaJI XmiI XmnI XspI ZraI ZrmI Zsp2I

Only use enzymes with known bases (no N,R,Y...)

Include Type IIb restriction enzymes

Include Type IIs restriction enzymes When two or more input sequences are searched:

Show only endonucleases showing different restriction patterns for searched sequences.

Reverse Complement Gadget

	Reverse Complement - Bioinformatics Tools

Description:"Reverse Complement - Bioinformatics Tools" Reverse Complement converts a DNA sequence into its reverse, complement, or reverse-complement counterpart. You may want to work with the reverse-complement of a sequence if it contains an ORF on the reverse strand.
Author: Your Lab Data

Melting Temperature (Tm) calculator

This tool will calculate melting temperature for an oligonucleotide. Formulas for basic tm calculation are explained in the script. For Base-Stacking Tm computing, references are provided.

Microsatellite Repeats Finder

This tool finds microsatellites in DNA sequences. Microsatellites are copies ofsimple di, tri, tetra, and pentanucleotides which lie adjacent to each other. For example the sequence ACGTACGTACGTACGTACGT is a microsatellite repeat of tetranucleotide ACGT.

In Silico PCR Amplification

In Silico PCR Amplification

Description: Simulation of PCR amplification. Allows one mismatch between primer and template.
Author: Your Lab Data

Primer3 (Basic Edition)

Primer3 (Basic Edition)

Description:Primer3 is a widely used program for designing PCR primers (PCR = 'Polymerase Chain Reaction'). PCR is an essential and ubiquitous tool in genetics and molecular biology. Primer3 can also design hybridization probes and sequencing primers. This is a basic edition with only basic input. A full featured edition is comming soon.
Author: Your Lab Data

Com explorar l’estat de la grip a tot el món

Es pot fer un seguiment "a temps real" de l'estat de la grip a tot el món? Es pot fer a partir de la informació que el cercador google emmagatzema sobre la freqüència d'ús de certes paraules i combinacions quan els usuaris utilitzen aquest cercador?
Segons el nou servei que acaba de llançar Google, anomenat "Flu Trends":

"Ens hem adonat que certs termes de cerca són bons indicadors de la incidència de la grip. "Google Flu Trends" utilitza dades globals de la Cerca de Google per calcular la incidència actual de la grip a tot el món pràcticament en temps real.

Cada setmana, milions d'usuaris de tot el món cerquen informació relacionada amb la salut en línia. Com és d'esperar, hi ha més cerques relacionades amb la grip durant la seva temporada, més cerques relacionades amb les al·lèrgies durant la seva temporada i més cerques relacionades amb les cremades solars durant l'estiu. Podeu explorar tots aquests fenòmens amb Estadístiques de cerca de Google. Però, poden proporcionar les tendències de les consultes la base d'un model precís i fiable sobre els fenòmens del món real? Els nostres resultats s'han publicat a la revista Nature (en anglès).

Hem detectat una estreta relació amb la quantitat de persones que cerquen temes relacionats amb la grip i la quantitat de persones que presenten símptomes de grip. Per descomptat, no tothom que cerca la paraula "grip" té la malaltia, però sorgeix un patró quan totes les consultes de cerca relacionades amb la grip se sumen. Hem comparat els nostres nombres de consultes amb els sistemes tradicionals de monitoratge de la grip i hem detectat que moltes consultes de cerca tendeixen a ser populars en el moment exacte en què es produeix la temporada de la grip. En comptar la freqüència amb què veiem aquestes consultes de cerca, podem calcular quanta grip circula en diversos països i regions de tot el món. Els nostres resultats s'han publicats a la revista Nature (en anglès)."

Criteris de cerca (en anglès) utilitzats per a predir els casos de grip. En blau: Càlcul de Google. En groc: Dades reals de casos de grip a Espanya

Incidència de la grip a Espanya. En blau: Càlcul de Google. En groc: Dades reals de casos de grip a Espanya

La idea em sembla bona. L'article on es descriu és del febrer del 2009 i per tant feia referència a l'anomenada grip estacional. Aprofitant la "pandèmia" actual de la grip nova s'han decidit a possar-ho a Internet, creant el "Google Flu Trends". Però no m'imagino un pitjor moment per a fer-ho. Resulta que ara les cerques a Internet sobre la grip segur que han augmentat però degut a l'alarma social i no per un augment del nombre de casos.

Altres recursos sobre la grip:

• Xarxa Europea de Vigilància de la Grip
  
• Influenza Virus Resource
  
• Human/Swine A/H1N1 Influenza Origins and Evolution
  
• PLoS Currents: Influenza
  
• The early molecular epidemiology of the swine-origin A/H1N1 human influenza pandemic.
  

Bioinformatica i Playstation

Necessiteu una excusa per a comprar o que us regalin una Playstation3? Aquí en teniu una: Cada cop es fa servir més per fer Ciència. No, no és broma. Resulta que la gran potencia de càlcul del processador (anomenat Cell Broadband Engine, Cell BE) juntament amb el seu preu assequible, fan que sigui una opció interessant per a executar programes informàtics que requereixen una gran quantitat de càlculs. Així per exemple, alguns dels algoritmes bioinformàtics més usuals s'han implementat ja per poder-los executar en una Playstation 3. Algunes de les implementacions ja existents o en desenvolupament són:

• L'algoritme de Smith-Waterman utilitzat per alinear seqüències
  
• El programa eHITS de l'empresa SymBioSys per fer docking

De fet, una de les primeres notícies que vaig tenir sobre aquesta utilització provenia d'un grup de recerca de l'IMIM-UPF. Aquest grup ha iniciat el que s'anomena PS3GRID, una xarxa d'usuaris de videoconsoles que vulguin col·laborar en investigacions científiques. Consisteix en instal·lar un petit programa en una Playstation3, i cedir la potència de càlcul de la màquina durant les estones que està en marxa però en les que l'usuari no l'està fent servir, i col·laborar així en la recerca científica, en aquest cas sobre simulacions moleculars que estudien el plegament de les proteïnes. No és la única iniciativa de xarxa d'usuaris que cedeixen les seves CPUs. Al projecte Folding@Home també dedicat a la comprensió del plegament i agregació de les proteïnes i les malalties relacionades, es pot contribuir des de qualsevol ordinador i sistema operatiu. Però és a través de la Playstation3 que reben més resultats, tot i tenir menys usuaris. I qui no recorda el projecte SETI, l'impulsor d'aquest tipus de xarxes, en aquest cas per la recerca de vida extraterrestre.

Una manera divertida d'apendre la taula periòdica

No és que m'enyori dels meus temps d'estudiant de Química, al contrari, tant de bo hagués tingut una eina com la que aquí us presento quan vaig haver d'estudiar la taula periòdica. A la Universitat de Nottingham trobareu "The Periodic Table of Videos". Consisteix en una explicació de cada element de la taula periòdica a través de vídeos curts on hi ha alguna explicació i fins i tot alguna demostració en alguns d'ells. Us deixo amb el vídeo de l'element C subtitulat al castellà, aquí trobareu alguns dels altres vídeos amb subtítols. No us perdeu la "pinta" d'un dels científics que ho explica, una prova més del tòpic de que els científics no són gaire sexis:


Altres vídeos sobre la taula periòdica els podeu trobar en altres blogs, com per exemple en el blog Globin77.

Ciència i Internet (ii)

Segons un estudi de l'"Asociación de Internautas" dos de cada tres internautes confessa que no sap distingir una notícia d'un "bulo". Això és molt preocupant.

Qualsevol persona pot publicar gairebé el que vulgui a Internet. A diferència de moltes fonts escrites, per “penjar” alguna cosa a Internet no s’ha de passar cap procés d’edició o revisió. Molts llocs poden expressar opinions personals que no tenen per què ser certes. Molts cops els propòsits d'una pàgina web no són clars. A més, la informació pot estar motivada per interessos comercials, polítics, religiosos, ... Algunes pàgines comercials poden donar informació esbiaixada per vendre els seus productes.

Per tot això, tota la informació que trobem a Internet no és adequada per a nosaltres o no té el rigor o profunditat que nosaltres busquem. Això fa que cada cop sigui més important avaluar la credibilitat de la informació que trobem a Internet.

Aquí us deixo algunes coses a tenir en compte per fer-ho:

• És útil tractar de localitzar la pàgina principal de la pàgina que visites. Per fer-ho pots intentar de treure tot allò que hi ha al final de l’adreça URL, mantenint l’estructura http://www. .es o .com .....
  
• Els prefixes .org .gov .com .edu etc... Tenen un significat que ens pot ajudar a identificar el tipus de plana web que estem visitant (comercial, d'una institució institucional, ...). En canvi els .es .us .uk etc .. només ens informen del país on es troba hostatjada la pàgina web
  
• Les pàgines que contenen el símbol “~” en l’adreça solen ser pàgines personals.
  
• La data de creació o modificació de la pàgina pot ser important. Si estem buscant informació recent o volem posar-nos al dia en una matèria, hem de tenir en compte que moltes pàgines web no estan actualitzades o es queden desfasades.
  

És útil que ens fem també aquestes preguntes?

• Qui és el creador de la pàgina?
  
• Quin és el seu propòsit?
  
• A qui va dirigida?
  
• Pots comprar algun producte o fan propaganda d'algun?
  
• Hi ha informació addicional o enllaços a altres pàgines?
  
• Hi ha referències bibliogràfiques?
  
• La pàgina està hostatjada en un domini comercial, universitari, ...
  
• Hi ha informació sobre l’autor o autors de la pàgina?
  
• Quins resultats obtens si busques més informació sobre els autors?
  
• S’explica només un punt de vista o pel contrari s’expliquen diversos?
  

Hem d'estar atents de no creure'ns tot el que trobem...

Per acabar us deixo un vídeo per a que m'ajudeu a analitzar. Es tracta d'un vídeo d'una empresa comercial que ven enzims digestius com a suplements alimentaris. Podem donar com a bona la primera part del vídeo on es descriu el paper dels enzims en la digestió dels aliments, però a partir del minut 5:20 què us sembla tot el que diu? Quines coses ometen o no diuen correctament? Serveixen d'alguna cosa aquests productes?

Ciència i Internet

Sens dubte Internet ha tingut una gran repercussió en tots els àmbits, i la ciència no és una excepció. La contribució més clara que ha tingut Internet en l'àmbit científic en general potser ha estat en la transmissió del coneixement. Tenim a l'abast ara i molt fàcilment una quantitat molt gran d'informació. Informació sovint científicament poc rigorosa, a vegades enganyosa i en algunes ocasions fins i tot falsa. La gran quantitat d'informació disponible també fa que cada cop sigui més difícil trobar allò que busquem. Aquests dies, però, Internet ha ajudat al progrés científic, d'una manera molt poc esperada. Resulta que un investigador anglès va comprar un insecte (un pugó o pulgón en castellà) fossilitzat per 25 euros a través d'eBay i després va descobrir que el fòssil es tractava d'una espècie d'insecte nova que havia viscut fa uns 40 o 50 milions d'anys. Volien batejar a la nova espècie Mindarus ebayi, però al final ha estat batejada Mindarus harringtoni (el científic que va comprar el fòssil es diu Richard Harrington). Aquí teniu un link a la notícia.

Amb el desenvolupament cada cop més gran d'Internet està clar que el seu ús tindrà cada cop més repercussió. A nivell científic algunes de les últimes coses que he trobat més útils és la possibilitat d'assistir a cursos on-line (veus les diapositives a través d'Internet, escoltes la veu per telèfon i fins i tot pots fer preguntes) i veure conferències. En aquest primer link podeu veure classes magistrals sobre molts temes. No és gratuït però pots veure alguns dels trossos. Aquest segon link és molt més interessant. És gratuït i podeu veure conferències (veient al conferenciant i les diapositives que exposa) de "gent important" o almenys "molt coneguda". Està bé veure conferències de gent com l'Al-Gore, Craig Venter, etc ... que són grans comunicadors. Us deixo també una conferència relativament curta del passat mes de febrer on el Dr. Craig Venter parla sobre la creació de bacteris artificials. Fixeu-vos en el minut 12:55 aproximadament. A veure si a algú li crida l'atenció el mateix que a mi, relacionat amb alguna eina bioinformàtica desenvolupada recentment a la URV.