Aquí van una serie de Gadgets sobre Bioinformàtica molt útils desenvolupats per Your Lab Data.DNA to Protein |
| Translated DNA sequence to protein by using all genetic codes, including customised ones. All frames are translated. |
Sequence Manipulation |
| The sequence is manipulate to remove non-coding characters, to get reverse and complement strands, to obtain both strands, to calculate G+C content and nucleotide composition, or may be converted to RNA. |
Protein to DNA |
| Enter a protein sequence and obtain its reverse translation. Useful in design of degenerate oligonucleotides. All genetic codes are available. |
Restriction digest of DNA | ||
| Restriction digestion of DNA sequences with endonucleases. Allows restriction of one or more sequences, and also the comparison of restriction patterns. All commercially available restriction enzymes are included as of REBASE version 711. This service recognizes 253 different cleavage patterns (from all 624 commercially available endonucleases). |
| Sequence: |
| Show code |
| Min. recognition size for each enzyme |
| Type of restriction enzyme |
| Use only this endonuclease |
| Only use enzymes with known bases (no N,R,Y...) |
| Include Type IIb restriction enzymes |
| Include Type IIs restriction enzymes When two or more input sequences are searched: |
| Show only endonucleases showing different restriction patterns for searched sequences. |
| Reverse Complement - Bioinformatics Tools | |||
|
Melting Temperature (Tm) calculator |
| This tool will calculate melting temperature for an oligonucleotide. Formulas for basic tm calculation are explained in the script. For Base-Stacking Tm computing, references are provided. |
Microsatellite Repeats Finder |
| This tool finds microsatellites in DNA sequences. Microsatellites are copies ofsimple di, tri, tetra, and pentanucleotides which lie adjacent to each other. For example the sequence ACGTACGTACGTACGTACGT is a microsatellite repeat of tetranucleotide ACGT. |
| In Silico PCR Amplification | |
 | |
| Primer3 (Basic Edition) | |
| |
Des de fa uns anys ençà han sorgit tot una sèrie d'empreses relacionades amb el món dels tests genètics. L'usuari els hi envïa una mostra del seu DNA, l'empresa l'analitza i et ven els resultats. Un tipus d'aquestes empreses et venen "anàlisis d'origen", per exemple:Un test .... le permitirá investigar su origen mediante una simple muestra de saliva. Se determinarán su haplogrupo, su pueblo originario y su región de origen. Dependiendo de su perfil genético, una categorización en un solo pueblo antiguo no es posible. Al ser este el caso, recibirá una lista con cada pueblo antiguo posible. El test incluye un acceso sin restricción de tiempo al mayor banco de datos de genealogía ADN en el mundo. Allí puede encontrar familiares que hasta el momento le eran desconocidos.
Un del tests de la companyia iGenea t'ofereixen descobrir si ets descendent de Napoleò: La gran oportunidad de comparar los perfiles genéticos de los descendientes masculinos directos de Napoleón : compare su perfil con los de otros posibles descendientes.
iGENEA busca personas que tengan ascendencia directa por la línea masculina de Napoleón Bonaparte I. La línea directa masculina incluye a su vez los siguientes parentescos con Napoleón.
El 24 de Novembre de 1859 (avui fa 150 anys) es va publicar la primera edició de l'origen de les espècies de Charles Darwin. A Internet hi han forces llocs on es fan ressò d'aquest fet. Jo us aconsello la visita als següents:
Es pot fer un seguiment "a temps real" de l'estat de la grip a tot el món? Es pot fer a partir de la informació que el cercador google emmagatzema sobre la freqüència d'ús de certes paraules i combinacions quan els usuaris utilitzen aquest cercador?"Ens hem adonat que certs termes de cerca són bons indicadors de la incidència de la grip. "Google Flu Trends" utilitza dades globals de la Cerca de Google per calcular la incidència actual de la grip a tot el món pràcticament en temps real.
Cada setmana, milions d'usuaris de tot el món cerquen informació relacionada amb la salut en línia. Com és d'esperar, hi ha més cerques relacionades amb la grip durant la seva temporada, més cerques relacionades amb les al·lèrgies durant la seva temporada i més cerques relacionades amb les cremades solars durant l'estiu. Podeu explorar tots aquests fenòmens amb Estadístiques de cerca de Google. Però, poden proporcionar les tendències de les consultes la base d'un model precís i fiable sobre els fenòmens del món real? Els nostres resultats s'han publicat a la revista Nature (en anglès).
Hem detectat una estreta relació amb la quantitat de persones que cerquen temes relacionats amb la grip i la quantitat de persones que presenten símptomes de grip. Per descomptat, no tothom que cerca la paraula "grip" té la malaltia, però sorgeix un patró quan totes les consultes de cerca relacionades amb la grip se sumen. Hem comparat els nostres nombres de consultes amb els sistemes tradicionals de monitoratge de la grip i hem detectat que moltes consultes de cerca tendeixen a ser populars en el moment exacte en què es produeix la temporada de la grip. En comptar la freqüència amb què veiem aquestes consultes de cerca, podem calcular quanta grip circula en diversos països i regions de tot el món. Els nostres resultats s'han publicats a la revista Nature (en anglès)."
"The Nobel Prize in Chemistry for 2009 awards studies of one of life's core processes: the ribosome's translation of DNA information into life. Ribosomes produce proteins, which in turn control the chemistry in all living organisms. As ribosomes are crucial to life, they are also a major target for new antibiotics.
This year's Nobel Prize in Chemistry awards Venkatraman Ramakrishnan, Thomas A. Steitz and Ada E. Yonath for having showed what the ribosome looks like and how it functions at the atomic level. All three have used a method called X-ray crystallography to map the position for each and every one of the hundreds of thousands of atoms that make up the ribosome.
Inside every cell in all organisms, there are DNA molecules. They contain the blueprints for how a human being, a plant or a bacterium, looks and functions. But the DNA molecule is passive. If there was nothing else, there would be no life."
"El Premio Nobel de Química en 2009 los estudios de los premios de uno de los procesos básicos de la vida: la traducción del ribosoma de la información del ADN en la vida. Los ribosomas producen proteínas, que a su vez, el control de la química en todos los organismos vivos. Como los ribosomas son cruciales para la vida, también son un blanco importante de nuevos antibióticos.
Nobel de este año los premios Nobel de Química Venkatraman Ramakrishnan, Thomas A. Steitz y Ada E. Yonath por haber demostrado lo que el ribosoma, como se ve y cómo funciona a nivel atómico. Los tres han usado un método llamado cristalografía de rayos X para trazar la posición de todos y cada uno de los cientos de miles de átomos que componen el ribosoma.
Dentro de cada célula en todos los organismos, hay moléculas de ADN. Contienen los planos de cómo un ser humano, una planta o una bacteria, se ve y funciona. Sin embargo, la molécula de ADN es pasiva. Si no había nada más, no habría vida."
"La Real Academia Sueca de las Ciencias concedió hoy el Premio Nobel de Química 2009 a tres científicos por descifrar el funcionamiento de los ribosomas, que producen las proteínas necesarias para mantener con vida el ADN.
Los científicos estadounidenses Venkatraman Ramakrishnan y Thomas A. Steitz y la israelí Ada E. Yonath lograron mostrar el aspecto y funcionamiento de los ribosomas a nivel molecular mediante un método denominado cristalografía de rayos X.
En toda célula de un organismo hay moléculas de ADN que contienen las huellas personales de cada ser vivo, bien sea humano, planta o bacteria.
La molécula de ADN, sin embargo, es pasiva y no sería nada si no fuera convertida en materia viva, proceso en el que los ribosomas desempeñan un papel crucial, pues son los responsables de crear las proteínas, las herramientas universales de la vida."
"Nobel de Química per als pioners de la genètica per al desenvolupament de nous antibiòtics.
Els científics nord-americans Venkatraman Ramakrishnan i Thomas A. Steitz i la israeliana Ada E. Yonath han guanyat el Nobel de Química 2009 pels seus estudis sobre l'estructura i la funció del ribosoma, que produeix les proteïnes necessàries per mantenir amb vida l'ADN. Es tracta dels pioners de la genètica per al desenvolupament de nous antibiòtics. L'Acadèmia Sueca lliurarà el premi el proper 10 de desembre, en l'aniversari de la mort del seu fundador, Alfred Nobel."
La Reial Acadèmia Sueca de les Ciències ha anunciat avui la concessió del Premi Nobel de Química 2009 als científics nordamericans Venkatraman Ramakrishnan (del MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK), Thomas A. Steitz (del Howard Hughes Medical Institute, Yale University) i la científica israeliana Ada E. Yonath (del Weizmann Institute of Science, Israel) pels "seus estudis sobre l'estructura i funció dels ribosomes". Els ribosomes (orgànuls formats per una part proteica i RNA ribosòmic, on té lloc la traducció) són peces essencials per a la vida ja que en ells té lloc la síntesi de proteïnes. Els ribosomes, doncs, els trobem en tots els éssers vius. Hi ha però algunes diferències, especialment de mida, entre els ribosomes dels bacteris i els de les cèl·lules eucariotes. Són precisament aquestes diferències les que han permès dissenyar antibiòtics que inhibeixen selectivament la funció dels ribosomes dels bacteris. I és que inhibir la funció dels ribosomes representa la mort per a les cèl·lules.
Per fi tinc entre les mans una nova edició en català i il·lustrada de l'"origen de les espècies" de Charles Darwin. Es tracta d'un llibre de gran format per la seva mida però també per la seva curada edició. No estem davant d'una reedició d'una traducció ja existent, si no que es tracta d'una traducció feta pels investigadors de la Universitat de València Juli Peretò i Andrés Moya de la primera edició. Tal i com els autors esmenten en el pròleg "Hi ha una opinió general que, de les sis que es publicaren al llarg de quasi vint anys, la primera edició de L'origen és la més vívida i audaç, la que presenta el pensament de Darwin d'una manera més original i directa, sense la càrrega afegida de les respostes a la pluja de crítiques rebudes, moltes de les quals, vistes d'avui, tenen un escàs valor i interès.". Com a curiositat podeu veure totes les modificacions que Darwin va fer al llarg de les sis edicions de l'obra a l'adreça http://benfry.com/traces/. 
Malta: La malta no es res més que l'ordi (barley en anglès o cebada en castellà) germinat. El primer pas del procés d'elaboració de la cervesa, anomenat Maltatge o malting té com a objectiu transformar l'ordi, germinant-lo en malta. En aquest procés es sintetitzen els enzims (amilases, cel·lulases i proteases principalment del propi ordi, amb l'objectiu de que la llavor creixi per regenerar una nova planta) per a transformar el midó en glucosa i maltosa. En aquest procés cal controlar molt bé la Temperatura i humitat. Obtenir una bona cervesa depèn en bona part de la qualitat de l'ordi i malta obtinguts.
Llúpol (lúpulo en castellà o hop en anglès): És un producte vegetal que es va introduir l'any 1133 per conservar millor el producte final. Això és pels seus efectes bactericides. Avui en dia no caldria afegir-ho per aquest motiu, però resulta que és l'ingredient que li dóna el característic gust amarg a la cervesa, així doncs el gust d'una cervesa sense llúpol ja no ens semblaria cervesa. S'afegeix en el procés de cocció del most o boiling. El temps i T de la cocció influiran en el producte final. La cervesa negra està més "torrada" que la rosa.
Budweiser: Si ens fixem en els ingredients que figuren en l'etiqueta d'aquesta cervesa hi podrem llegir: "Brewed by our original all natural process using the Choicest Hops, Rice and Best Barley Malt", una cosa com Elaborada fent servir un procés original i natural fent servir Llúpols seleccionats, Arròs i la millor Malta d'ordi. Arròs? Sí. Una possibilitat en la elaboració de la cervesa és afegir juntament amb la Malta, altres tipus de cereal o arròs. Així es dóna a la cervesa un toc diferent. Segons la web de Budweiser: "We brew our lager using fresh, verdant rice -milled, polished, graded and immediately brewed -never stored- to give Budweiser its light, crisp and refreshing taste"
Entrades
Comentaris
